基于高通量测序的济宁青山羊和莱芜黑山羊卵巢转录组研究
| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-12页 |
| 第一章 引言 | 第12-24页 |
| ·本研究所要解决的问题及研究的意义 | 第12页 |
| ·山羊基因组信息研究进展 | 第12-13页 |
| ·基因组概况 | 第13-14页 |
| ·转录组测序技术的原理及流程 | 第14-17页 |
| ·Sanger 法测序原理 | 第14-15页 |
| ·Solexa 测序原理及流程介绍 | 第15-16页 |
| ·454 测序 | 第16-17页 |
| ·SOLiD 测序 | 第17页 |
| ·转录组测序 | 第17-20页 |
| ·转录组测序兴起的背景 | 第17页 |
| ·转录组测序的特点 | 第17-18页 |
| ·高通量转录组测序的优势 | 第18页 |
| ·转录组测序的实验与测序流程 | 第18-20页 |
| ·基因功能注释及注释库简介 | 第20-24页 |
| ·基因功能注释简介 | 第20页 |
| ·BLAST | 第20-22页 |
| ·nr 和 nt | 第22页 |
| ·Uniprot | 第22页 |
| ·COG | 第22页 |
| ·KEGG | 第22-23页 |
| ·基因功能注释库简介 | 第23-24页 |
| 第二章 材料和方法 | 第24-28页 |
| ·实验材料 | 第24-25页 |
| ·主要试剂 | 第24页 |
| ·主要仪器设备 | 第24-25页 |
| ·实验动物 | 第25页 |
| ·实验方法 | 第25-28页 |
| ·对母羊进行同期发情处理和采样 | 第25页 |
| ·总 RNA 提取以及 RNA 纯度和浓度检测 | 第25页 |
| ·测序文库构建 | 第25-26页 |
| ·Illumina/ Solexa 测序 | 第26-27页 |
| ·可变剪接分析 | 第27页 |
| ·差异基因分析 | 第27页 |
| ·差异基因的功能注释分析 | 第27-28页 |
| 第三章 结果与分析 | 第28-41页 |
| ·卵巢组织总 RNA 的提取与纯化 | 第28-29页 |
| ·结果与分析 | 第29页 |
| ·数据库的建立 | 第29页 |
| ·转录组数据的基本分析 | 第29-31页 |
| ·插入片段（Insert size）检验 | 第29-30页 |
| ·比对信息统计 | 第30页 |
| ·基因覆盖度、深度和表达量统计 | 第30-31页 |
| ·转录组数据的高级分析 | 第31-39页 |
| ·发现保留的内含子、不表达的外显子以及新的外显子 | 第31-33页 |
| ·发现新的基因 | 第33页 |
| ·新基因的功能分类 | 第33-35页 |
| ·差异基因的分析 | 第35页 |
| ·差异基因的表达分析 | 第35页 |
| ·差异基因的 GO 分析 | 第35-36页 |
| ·差异基因的 KEGG 分析 | 第36-38页 |
| ·Pathway 功能富集性分析 | 第38-39页 |
| ·讨论 | 第39-41页 |
| 第四章 全文结论 | 第41-42页 |
| 参考文献 | 第42-46页 |
| 致谢 | 第46-47页 |
| 作者简介 | 第47页 |
