基因网络分析的统计模型研究
| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-26页 |
| ·系统生物学概述 | 第14-23页 |
| ·系统生物学的定义 | 第15-18页 |
| ·系统生物学的网络研究 | 第18-23页 |
| ·本文的研究内容 | 第23-26页 |
| ·研究意义 | 第23-24页 |
| ·内容安排 | 第24-26页 |
| 第二章 基因共表达网络的模块分析 | 第26-46页 |
| ·研究背景 | 第26-28页 |
| ·基因权重共表达网络分析 | 第28-33页 |
| ·共表达相似性度量 | 第29-30页 |
| ·邻接函数 | 第30-31页 |
| ·邻接函数的参数选择 | 第31页 |
| ·节点间差异度量 | 第31-32页 |
| ·基因模块提取 | 第32-33页 |
| ·数据和分析方法 | 第33-35页 |
| ·数据集 | 第33-34页 |
| ·富集分析 | 第34-35页 |
| ·eQTL 分析 | 第35页 |
| ·结果与讨论 | 第35-44页 |
| ·网络构建及模块提取 | 第35-36页 |
| ·模块的富集分析 | 第36-38页 |
| ·拓扑重合与皮尔逊相关的比较 | 第38-39页 |
| ·模块的一致性分析 | 第39-40页 |
| ·模块的遗传学分析 | 第40-44页 |
| ·结论 | 第44-46页 |
| 第三章 多类型基因表达数据的基因调控网络重构 | 第46-66页 |
| ·研究背景 | 第46-52页 |
| ·统计整合模型 | 第52-59页 |
| ·基因表达数据类型 | 第52-54页 |
| ·误差模型 | 第54-57页 |
| ·关联网络 | 第57-58页 |
| ·微分方程模型 | 第58页 |
| ·统计整合 | 第58-59页 |
| ·数据与评价标准 | 第59-61页 |
| ·仿真数据 | 第59-60页 |
| ·DRREM4 数据 | 第60页 |
| ·评价准则 | 第60-61页 |
| ·结果与讨论 | 第61-64页 |
| ·仿真数据 | 第61-63页 |
| ·DREAM3 数据 | 第63页 |
| ·DREAM4 数据 | 第63-64页 |
| ·结论 | 第64-66页 |
| 第四章 基因网络差异分析的贝叶斯层次模型 | 第66-88页 |
| ·研究背景 | 第66-68页 |
| ·贝叶斯层次模型 | 第68-76页 |
| ·高斯图模型 | 第68-70页 |
| ·贝叶斯层次模型 | 第70-73页 |
| ·后验仿真 | 第73-75页 |
| ·后验推断 | 第75-76页 |
| ·仿真实验 | 第76-82页 |
| ·仿真数据 | 第76-77页 |
| ·比较方法 | 第77-78页 |
| ·评价准则 | 第78-79页 |
| ·仿真结果 | 第79-82页 |
| ·生物数据分析 | 第82-84页 |
| ·结论 | 第84-88页 |
| 第五章 总结与展望 | 第88-92页 |
| 参考文献 | 第92-102页 |
| 攻读博士学位期间的研究成果 | 第102-104页 |
| 论文情况 | 第102-103页 |
| 参与的科研工作 | 第103-104页 |
| 致谢 | 第104-105页 |
