| 中文摘要 | 第1-15页 |
| ABSTRACT | 第15-20页 |
| 第一章 绪论 | 第20-29页 |
| ·酶的概述 | 第20-26页 |
| ·酶的概念、特性及分类 | 第20-21页 |
| ·酶的结构 | 第21-22页 |
| ·酶分子的化学组成 | 第21-22页 |
| ·酶的活性中心 | 第22页 |
| ·酶的催化机制 | 第22-24页 |
| ·酶与底物的结合 | 第22-23页 |
| ·酶加快反应速率的因素 | 第23-24页 |
| ·酶的反应速率及影响因素 | 第24-25页 |
| ·酶的反应速率 | 第24页 |
| ·影响酶反应速率的因素 | 第24-25页 |
| ·酶催化反应的应用及前景 | 第25-26页 |
| ·本论文的研究目的和内容 | 第26页 |
| ·本论文的特色和创新之处 | 第26-27页 |
| ·工作展望 | 第27页 |
| 参考文献 | 第27-29页 |
| 第二章 理论基础与计算方法 | 第29-37页 |
| ·量子化学方法 | 第29-30页 |
| ·分子对接方法 | 第30-31页 |
| ·分子动力学方法 | 第31-33页 |
| ·量子力学/分子力学组合方法(QM/MM方法) | 第33-34页 |
| 参考文献 | 第34-37页 |
| 第三章 苯丙氨酸氨基变位酶的催化机理研究 | 第37-54页 |
| ·前言 | 第37-40页 |
| ·计算细节 | 第40页 |
| ·计算方法 | 第40页 |
| ·活性口袋的团簇模型 | 第40页 |
| ·结果与讨论 | 第40-48页 |
| ·米切尔加成反应(Michael Addition Reaction) | 第40-46页 |
| ·氨基离去过程 | 第42-45页 |
| ·C1-Cα键的旋转 | 第45-46页 |
| ·(3R)-β-苯丙氨酸的生成 | 第46页 |
| ·傅氏反应(Friedel Crafts Reaction) | 第46-47页 |
| ·讨论 | 第47-48页 |
| ·本章小节 | 第48页 |
| 参考文献 | 第48-54页 |
| 第四章 多聚腺苷二磷酸核糖的降解机理研究 | 第54-66页 |
| ·前言 | 第54-56页 |
| ·计算方法 | 第56-57页 |
| ·结果与讨论 | 第57-60页 |
| ·本章小结 | 第60页 |
| 参考文献 | 第60-66页 |
| 第五章 丙酮酸脱羧酶的催化机理研究 | 第66-82页 |
| ·前言 | 第66-69页 |
| ·计算方法 | 第69-70页 |
| ·结果与讨论 | 第70-76页 |
| ·关键残基的质子化状态 | 第70-71页 |
| ·反应机理 | 第71-76页 |
| ·模型A | 第71-74页 |
| ·模型B | 第74-75页 |
| ·模型C | 第75-76页 |
| ·讨论 | 第76-77页 |
| ·本章小结 | 第77页 |
| 参考文献 | 第77-82页 |
| 第八章 O~6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶的催化机理研究 | 第82-94页 |
| ·前言 | 第82-83页 |
| ·研究方法 | 第83-85页 |
| ·计算模型 | 第83-84页 |
| ·QM/MM计算 | 第84-85页 |
| ·结果与讨论 | 第85-90页 |
| ·AGT-DNA复合物的结构 | 第85-86页 |
| ·反应路径 | 第86-90页 |
| ·水分子协助的质子转移过程 | 第87-88页 |
| ·甲基转移过程 | 第88-90页 |
| ·本章小节 | 第90页 |
| 参考文献 | 第90-94页 |
| 第七章 苯乙胺-N-甲基转移酶的催化机理研究 | 第94-110页 |
| ·前言 | 第94-96页 |
| ·计算细节 | 第96-98页 |
| ·计算模型 | 第96-97页 |
| ·QM/MM计算 | 第97-98页 |
| ·结果和讨论 | 第98-105页 |
| ·复合物的结构 | 第98-99页 |
| ·反应路径 | 第99-103页 |
| ·蛋白环境的影响 | 第103-105页 |
| ·本章小节 | 第105页 |
| 参考文献 | 第105-110页 |
| 第八章 柠檬烯-1,2-环氧化物水解酶的催化机理研究 | 第110-122页 |
| ·前言 | 第110-111页 |
| ·计算细节 | 第111-113页 |
| ·计算模型 | 第111-112页 |
| ·QM/MM计算 | 第112-113页 |
| ·结果和讨论 | 第113-117页 |
| ·LEH的结构 | 第113页 |
| ·反应路径 | 第113-115页 |
| ·酶环境的影响 | 第115-117页 |
| ·本章小结 | 第117页 |
| 参考文献 | 第117-122页 |
| 第九章 新型双功能酶1,6-二磷酸果糖醛缩酶/磷酸酶的催化机理研究 | 第122-132页 |
| ·前言 | 第122-124页 |
| ·计算方法 | 第124页 |
| ·结果与讨论 | 第124-129页 |
| ·反应路径 | 第124-128页 |
| ·讨论 | 第128-129页 |
| ·本章小结 | 第129页 |
| 参考文献 | 第129-132页 |
| 博士期间发表的论文 | 第132-134页 |
| 致谢 | 第134-135页 |
| 附外文论文 | 第135-170页 |
| 附表 | 第170页 |
