生物序列分析中的非比对方法及其应用
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 1 绪论 | 第9-21页 |
| ·计算分子生物学概述 | 第9-13页 |
| ·计算分子生物学的研究内容 | 第10-12页 |
| ·计算分子生物学研究中的数学方法 | 第12-13页 |
| ·分子生物学的知识概论 | 第13-19页 |
| ·DNA、RNA和蛋白质 | 第13-17页 |
| ·分子遗传学机制 | 第17-19页 |
| ·本文主要工作 | 第19-21页 |
| 2 生物序列分析中的非比对方法 | 第21-51页 |
| ·引言 | 第21页 |
| ·生物序列分析中的比对方法 | 第21-25页 |
| ·两条生物序列的比对 | 第21-23页 |
| ·多条生物序列的比对 | 第23-24页 |
| ·多序列比对中的打分矩阵 | 第24-25页 |
| ·生物序列分析中的非比对方法 | 第25-35页 |
| ·几何方法 | 第26-31页 |
| ·代数方法 | 第31-35页 |
| ·概率向量的正规化欧氏距离 | 第35-39页 |
| ·DNA序列L-联体的特征分布 | 第39-42页 |
| ·DNA序列的向量表示及相关矩阵 | 第42-49页 |
| ·DNA序列的8D向量表示及相关矩阵 | 第42-44页 |
| ·DNA序列的高维向量表示及相关矩阵 | 第44-49页 |
| ·小结 | 第49-51页 |
| 3 基于非比对方法构建种系发生树 | 第51-69页 |
| ·引言 | 第51-52页 |
| ·种系发生树的重建步骤及方法 | 第52-55页 |
| ·基于DNA序列的高维向量表示构建种系树 | 第55-57页 |
| ·基于生物序列L-联体的特征分布构建种系树 | 第57-64页 |
| ·冠状病毒全基因组序列的种系树 | 第58-59页 |
| ·哺乳动物线粒体基因组序列的种系树 | 第59-61页 |
| ·跨膜蛋白序列的种系树 | 第61-64页 |
| ·小结 | 第64-69页 |
| 附录 8D表示法唯一性的讨论 | 第69-73页 |
| 结论 | 第73-75页 |
| 参考文献 | 第75-83页 |
| 攻读博士学位期间完成、发表学术论文情况 | 第83-85页 |
| 致谢 | 第85-87页 |
