| 中文摘要 | 第1-13页 |
| ABSTRACT | 第13-19页 |
| 第一章 绪论 | 第19-29页 |
| 1.概述 | 第19-20页 |
| 2.选题背景 | 第20-22页 |
| 3.研究进展 | 第22-23页 |
| 4.理论方法 | 第23-24页 |
| 5.本文工作 | 第24-26页 |
| 参考文献 | 第26-29页 |
| 第二章 谷氨酸-Ca~(2+)复合物的结合特征及其在跨膜钙通道中的作用 | 第29-59页 |
| 1.计算方法 | 第31-32页 |
| 2.结果和讨论 | 第32-53页 |
| ·几何构型 | 第32-36页 |
| ·三齿耦合 | 第34-35页 |
| ·双齿耦合 | 第35-36页 |
| ·单齿耦合 | 第36页 |
| ·相对能量 | 第36-39页 |
| ·三齿耦合 | 第37-38页 |
| ·双齿耦合 | 第38-39页 |
| ·单齿耦合 | 第39页 |
| ·不同异构体之间的转化 | 第39-42页 |
| ·电荷布居分析 | 第42-44页 |
| ·键合分析 | 第44-50页 |
| ·红外光谱特征 | 第50-53页 |
| 3.结论 | 第53-55页 |
| 参考文献 | 第55-59页 |
| 第三章 谷氨酸-Ca~(2+)复合物的逐步水合效应及其生物意义 | 第59-84页 |
| 1.计算方法 | 第60-63页 |
| ·前期工作 | 第60-62页 |
| ·计算细节 | 第62-63页 |
| 2.结果和讨论 | 第63-78页 |
| ·第一层耦合模式 | 第63-72页 |
| ·几何特征 | 第63-71页 |
| ·能量分析 | 第71-72页 |
| ·水分子同时结合在第一和第二层的耦合模式 | 第72-77页 |
| ·几何特征 | 第72-74页 |
| ·能量分析 | 第74-77页 |
| ·相关生物意义 | 第77-78页 |
| 3.结论 | 第78-80页 |
| 参考文献 | 第80-84页 |
| 第四章 Ca~(2+)-ATP酶在其酶-水界面和钙通道内部处对Ca~(2+)的选择性 | 第84-119页 |
| 1.计算方法 | 第85-88页 |
| ·计算模型 | 第86-87页 |
| ·计算细节 | 第87-88页 |
| 2.计算结果 | 第88-108页 |
| ·Trp耦合模式 | 第88-98页 |
| ·芳香性吲哚配体和其它脂肪族氨基酸对水合Ca~(2+)和Mg~(2+)的协同区分作用 | 第98-108页 |
| ·Trp-Gln协同耦合模式 | 第99-102页 |
| ·Trp-Glu协同耦合模式 | 第102-106页 |
| ·Trp-Arg协同耦合模式 | 第106页 |
| ·Trp-Trp协同耦合模式 | 第106-108页 |
| 3.讨论 | 第108-112页 |
| ·金属离子性质对其选择性的影响 | 第108页 |
| ·耦合蛋白配体性质对离子选择性的影响 | 第108-110页 |
| ·配体电负性的影响 | 第108-109页 |
| ·配体结合模式的影响 | 第109-110页 |
| ·对实际生物体中Ca~(2+)选择性的解释 | 第110-112页 |
| 4.结论 | 第112-114页 |
| 参考文献 | 第114-119页 |
| 第五章 Ca~(2+)-π非键耦合在Ca~(2+)跨膜传输中的作用及相关特性 | 第119-144页 |
| 1.计算方法 | 第121-122页 |
| 2.结果和讨论 | 第122-137页 |
| ·Ca~(2-)-π相互作用模式 | 第122-131页 |
| ·结构及能量特征 | 第122-125页 |
| ·电荷布居分析 | 第125-129页 |
| ·轨道分析及电子特性 | 第129-131页 |
| ·Ca~(2+)与芳香族和脂肪族氨基酸边链的共耦合作用 | 第131-136页 |
| ·乙酸根和苯对Ca~(2+)的共耦合 | 第131-134页 |
| ·甲酰胺和苯对Ca~(2+)的共耦合 | 第134-136页 |
| ·甲胺阳离子与Ca~(2+)-π复合物的耦合 | 第136页 |
| ·HOMO-LUMO能差 | 第136页 |
| ·相关生物学意义 | 第136-137页 |
| 3.结论 | 第137-139页 |
| 参考文献 | 第139-144页 |
| The Coupling Character of Ca~(2+)with Glutamic Acid:Implicaion for the Conformational Behavior and Transformation of Ca~(2+)-ATPase in Transmembrane Ca~(2+)-channel | 第144-175页 |
| 1.Introduction | 第144-147页 |
| 2.Computational Methods | 第147-149页 |
| 3.Results and Discussions | 第149-171页 |
| ·Geometries | 第149-153页 |
| ·Tridentate Forms | 第151-152页 |
| ·Bidentate Forms | 第152页 |
| ·Monodentate Form | 第152-153页 |
| ·Relative Energies | 第153-156页 |
| ·Tridentate Forms | 第154-155页 |
| ·Bidentate Forms | 第155-156页 |
| ·Monodentate Form | 第156页 |
| ·Transformations Among Different Conformers | 第156-159页 |
| ·Charge Distributions and Bonding Analysis | 第159-167页 |
| ·IR Spectroscopic Character | 第167-171页 |
| 4.Conclusions | 第171-173页 |
| References | 第173-175页 |
| Ca~(2+)Selectivity of the Sarcoplasmic Reticulum Ca~(2+)-ATPase at the Enzyme-Water Interface and in the Ca~(2+)Entrance Channel | 第175-212页 |
| 1.Introduction | 第175-178页 |
| 2.Computational Methods | 第178-180页 |
| ·Models | 第178-179页 |
| ·DFT Calculations | 第179-180页 |
| 3.Results | 第180-202页 |
| ·The Discrimination of the Aromatic Indole Ligand Between Ca~(2+)and Mg~(2+) | 第180-194页 |
| ·The Concerted Discrimination of the Aromatic Indole and Other Aliphatic Amono Acid Ligands Between Hydrated Ca~(2+)and Mg~(2+) | 第194-202页 |
| ·Trp-Gln Case | 第195-198页 |
| ·Trp-Glu Case | 第198-200页 |
| ·Trp-Arg Case | 第200-201页 |
| ·Trp-Trp Case | 第201-202页 |
| 4.Discussions | 第202-207页 |
| ·Dependence on the Nature of the Metal Ions | 第202-203页 |
| ·Dependence on the Coordinated Protein Ligands | 第203-204页 |
| ·Effect of the Ligand electronegativity | 第203页 |
| ·Effect of the Ligand-Binding Forms | 第203-204页 |
| ·The Implications to the actual Ca~(2+)selectivity of the Ca~(2+)-ATPase | 第204-207页 |
| 5.Conclusions | 第207-209页 |
| References | 第209-212页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文及完成的工作 | 第212-213页 |
| 致谢 | 第213-214页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第214页 |
