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轮枝镰孢及菌寄生真菌纤细齿梗孢蛋白激酶基因的克隆与功能分析

英文缩略词及中文对照第1-17页
中文摘要第17-19页
英文摘要第19-21页
第一章 前言第21-65页
 第一节 丝状真菌的遗传转化研究进展第21-42页
  1 丝状真菌的转化方法第22-41页
   ·原生质体-PEG 转化第22页
   ·脂质体转化法第22页
   ·电击转化法第22页
   ·醋酸锂转化法第22-23页
   ·限制酶介导的转化(restriction enzyme-mediated integration,REMI)第23-28页
     ·REMI 的机理第23页
     ·REMI 转化的一般步骤第23-24页
     ·REMI 插入突变的主要优点第24-25页
     ·REMI 在植物病原真菌上的应用第25-26页
     ·REMI 技术的其他用途第26-27页
     ·REMI 技术的展望第27-28页
   ·农杆菌介导的转化第28-41页
     ·根癌农杆菌第29页
     ·农杆菌的生物学特性第29页
     ·农杆菌的分类第29页
     ·农杆菌Ti 质粒的结构第29-30页
     ·根癌农杆菌介导真菌遗传转化的机理第30-31页
     ·根癌农杆菌介导转化的真菌种类第31-38页
     ·根癌农杆菌介导丝状真菌转化的特点第38-39页
     ·根癌农杆菌介导真菌遗传转化的应用第39-41页
     ·农杆菌介导真菌遗传转化技术展望第41页
  2 关于轮枝镰孢菌和纤细齿梗孢的遗传转化第41-42页
 第二节 蛋白激酶及其信号通路研究进展第42-62页
  1 蛋白激酶概述第42-48页
   ·蛋白激酶在细胞信号转导中的作用和意义第42-43页
   ·蛋白激酶的分类研究第43-44页
   ·蛋白激酶的共同特征第44-47页
     ·蛋白激酶一级结构的特征第45-47页
     ·蛋白激酶的生化特征第47页
   ·蛋白激酶的调控机制第47-48页
     ·蛋白激酶对靶底物的调控方式第47-48页
     ·蛋白激酶活性的激活和抑制第48页
  2 真菌及植物病原真菌蛋白激酶的研究现状第48-62页
   ·蛋白激酶在真菌信号传导中的作用第48-49页
   ·丝状真菌蛋白激酶的种类及研究现状第49-62页
     ·cAMP 依赖性蛋白激酶PKA第50-53页
     ·蛋白激酶C第53-54页
     ·促分裂蛋白激酶 MAPK第54-60页
     ·其他的Ser/Thr 激酶第60-62页
 第三节 本研究的立题依据、研究内容和技术路线第62-65页
  1 立题依据第62页
  2 研究内容第62-63页
  3 技术路线第63-65页
第二章 轮枝镰孢菌和纤细齿梗孢遗传转化体系建立及随机插入突变体的筛选第65-104页
 第一节 限制性内切酶介导的轮枝镰孢菌和纤细齿梗孢的遗传转化第65-86页
  1 材料与方法第65-72页
   ·材料和试剂第65-67页
     ·供试菌株和质粒第66页
     ·试剂和药品第66页
     ·仪器和设备第66页
     ·培养基及配制第66页
     ·溶液配制第66-67页
   ·实验方法第67-72页
     ·原生质体的制备与再生第67-68页
       ·菌龄对原生质体制备的影响第68页
       ·酶浓度对原生质体制备的影响第68页
       ·酶解时间对原生质体制备的影响第68页
       ·酶解温度对原生质体制备的影响第68页
       ·稳渗剂对原生质体制备的影响第68页
     ·原生质体的纯化第68页
     ·质粒pUCATPH 的扩增、提取第68-69页
     ·质粒pUCATPH 的线性化第69页
     ·DNA 琼脂糖凝胶电泳第69-70页
     ·潮霉素B 对轮枝孢镰孢菌和纤细齿梗孢菌丝生长和孢子萌发抑制浓度的筛选第70页
     ·REMI 转化第70-71页
     ·转化子的PCR 检测第71-72页
       ·被转化菌总DNA 的提取第71页
       ·PCR 检测第71-72页
     ·转化子的稳定性测定第72页
     ·突变体的表型鉴定第72页
     ·突变体致病性测定第72页
  2 结果与分析第72-80页
   ·原生质体制备第72-76页
     ·不同条件对原生质体制备的影响第72-75页
       ·菌龄对原生质体制备的影响第72-73页
       ·溶壁酶浓度对原生质体制备的影响第73-74页
       ·酶解时间对原生质体制备的影响第74页
       ·酶解温度对原生质体制备的影第74-75页
       ·稳渗剂对原生质体制备的影响第75页
     ·原生质体的再生第75页
     ·原生质体形成与再生过程的显微镜观察第75-76页
   ·线性质粒pUCATPH 的制备第76页
   ·轮枝镰孢的潮霉素最佳抑制浓度的筛选第76-78页
   ·REMI 转化第78页
   ·转化子的PCR 验证第78-79页
   ·表型突变体的鉴定第79页
   ·致病性突变体第79-80页
  3 结论与讨论第80-86页
   ·原生质体的制备与再生第80-82页
     ·影响原生质体制备的因素第80-81页
     ·影响原生质体再生的因素第81-82页
   ·REMI 转化第82-86页
     ·REMI 的插入位点第82-83页
     ·REMI 中的限制性内切酶第83-84页
     ·REMI 中的质粒第84-85页
     ·REMI 的局限性第85-86页
 第二节 根癌农杆菌介导的轮枝镰孢菌遗传转化及T-DNA插入突变体的获得第86-101页
  1 材料和方法第86-92页
   ·材料第86-87页
     ·供试菌和转化质粒第86页
     ·抗生素和试剂第86页
     ·培养基第86-87页
   ·载体的构建第87-89页
   ·重组质粒转化农杆菌LBA4404 受体细胞第89-90页
   ·抑制农杆菌生长的抗生素最佳浓度筛选第90页
   ·农杆菌介导的遗传转化操作方法第90-91页
   ·转化条件变化对转化效率的影响第91页
     ·AS 浓度的影响第91页
     ·共培养时间的影响第91页
     ·受体菌孢子浓度的影响第91页
     ·农杆菌浓度的影响第91页
   ·转化子的PCR 分析第91页
   ·转化子的稳定性测定第91-92页
   ·表型突变体的鉴定第92页
  2 结果与分析第92-98页
   ·载体pROK2-PtrpC-hph-TtrpC 的构建第92-94页
     ·在pROK2 基础上构建pROK2-PtrpC-hph-TtrpC 二元载体第92页
     ·质粒pUCATPH 和pROK2 的酶切产物第92-93页
     ·含潮霉素B 抗性基因的DNA 片段PtrpC-hph-TtrpC 的插入识别第93-94页
   ·农杆菌对头孢霉素敏感性的测定结果第94-95页
   ·轮枝镰孢菌的ATMT 转化第95-97页
     ·转化结果第95页
     ·转化条件对转化效率的影响第95-97页
   ·转化子的PCR 验证第97-98页
   ·稳定性检验第98页
   ·表型观察第98页
  3 结论与讨论第98-101页
   ·农杆菌菌株的选择第99页
   ·共培养时间第99页
   ·共培养温度第99-100页
   ·AS 的浓度第100页
   ·农杆菌和受体菌的比例第100-101页
 第三节 本章小结第101-104页
  1 结果及原因分析第101-103页
   ·结果第101页
   ·原因分析第101-103页
  2 下一步工作建议与展望第103-104页
   ·关于纤细齿梗孢的转化第103页
   ·关于轮枝镰孢菌的转化第103-104页
第三章 两种真菌丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶基因的克隆第104-175页
 第一节 轮枝镰孢 cAMP 依赖的丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶基因 fpk1 的克隆第104-130页
  1 材料和方法第104-116页
   ·材料第104-105页
     ·供试菌株与质粒第104-105页
     ·酶和生化试剂第105页
     ·主要仪器和设备第105页
     ·培养基第105页
     ·试剂与溶液的配置第105页
   ·目的基因的克隆第105-116页
     ·引物设计第105-107页
     ·总RNA 的提取(Trizol 法)第107页
     ·紫外检测RNA 产率和纯度第107页
     ·反转录cDNA 第一链的合成第107-108页
     ·目的基因cDNA 中间片段的分离第108-110页
       ·基因cDNA 中间片段的扩增第108页
       ·PCR 产物回收第108页
       ·载体连接第108-109页
       ·大肠杆菌DH5α感受态细胞的制备和转化第109页
         ·DH5α感受态制备第109页
         ·大肠杆菌感受态的转化第109页
       ·重组质粒的筛选与鉴定第109-110页
         ·IPTG-X-gal 筛选第109页
         ·菌落PCR 检测第109-110页
         ·碱法小量提取质粒DNA第110页
         ·质粒DNA 的酶切鉴定第110页
         ·序列测定第110页
     ·目的基因3’末端的分离(3’-RACE)第110-111页
     ·目的基因5’末端的分离(5’-RACE)第111-116页
     ·蛋白激酶基因 fpk1 的全长 DNA 序列的克隆第116页
     ·全长序列的生物信息学分析第116页
  2 结果与分析第116-130页
   ·总 RNA 的提取第116页
   ·中间片段的获得第116-118页
   ·fpk1 基因的 3’端序列的获得第118-120页
   ·fpk1 基因 5’端序列的获得第120-124页
   ·fpk1 基因全长 DNA 序列的克隆第124-125页
   ·基因fpk1预测蛋白的相似性比对第125-127页
   ·基因 fpk1 预测编码蛋白的结构分析第127-130页
 第二节 纤细齿梗孢一丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶基因 opk1 的克隆及序列分析第130-148页
  1 材料和方法第130-132页
   ·菌株第130页
   ·酶和生化试剂第130页
   ·主要仪器和设备第130页
   ·培养基、试剂与溶液第130页
   ·实验方法第130-132页
     ·引物设计第130页
     ·OPK1 基因中间片段的克隆第130-131页
     ·opk1 基因全长序列的克隆第131-132页
  2 结果与分析第132-148页
   ·opk1 中间片段的获得第132-133页
   ·蛋白激酶基因 opk15’端序列的克隆第133-137页
   ·opk1基因3’端克隆第137-139页
   ·全长序列的拼接与扩增第139-143页
   ·相似性比对与预测蛋白的结构及功能分析第143-148页
 第三节 轮枝镰孢和纤细齿梗孢 FUS3/KSS1 类 MAPK 基因的克隆与序列分析第148-167页
  1 实验材料和方法第148-149页
   ·材料第148-149页
     ·供试菌株第148页
     ·酶和生化试剂第148-149页
   ·主要仪器和设备第149页
   ·培养基、试剂与溶液第149页
   ·实验方法第149页
     ·引物设计第149页
     ·两基因中间片段的克隆第149页
     ·基因两端序列的克隆第149页
     ·基因全长 DNA 和 cDNA 序列的克隆第149页
     ·基因的同源性分析及功能预测第149页
  2 结果与分析第149-167页
   ·两基因中间片段的获得第149-152页
   ·两基因3’端序列的克隆第152-154页
   ·两基因5’末端序列的获得第154-157页
   ·两基因全长 DNA 和 cDNA 序列的克隆及分析第157-163页
   ·两基因的相似性分析第163-165页
   ·两基因预测蛋白的结构和功能分析第165-167页
 第四节 本章结论与讨论第167-175页
  1 结论第167页
  2 讨论第167-175页
   ·菌丝总RNA 的提取第168页
   ·PCR 引物设计第168-170页
   ·RACE 技术第170-172页
   ·TAIL-PCR 有关问题第172-174页
   ·PCR 常见问题及解决方案第174-175页
第四章 轮枝镰孢两蛋白激酶 fpk1 和 fmk1 的功能研究第175-215页
 第一节 轮枝镰孢 cAMP 依赖的蛋白激酶 fpk1 的功能研究第175-196页
  1 材料与方法第175-183页
   ·材料第175页
   ·仪器和设备第175页
   ·载体、酶、试剂和溶液等第175-176页
   ·方法第176-183页
     ·构建突变载体第176-178页
       ·策略第176页
       ·步骤及流程第176-178页
     ·原生质体制备和REMI 转化第178页
     ·转化子和突变体的筛选第178-179页
     ·Southern 杂交第179-182页
       ·试剂及溶液配置第179页
       ·杂交探针的制备第179-180页
       ·基因组 DNA 提取和酶切第180页
       ·电泳第180-181页
       ·印迹第181页
         ·凝胶处理第181页
         ·印迹第181页
       ·预杂交与杂交第181-182页
       ·洗膜与显影第182页
     ·蛋白激酶基因的 RT-PCR第182页
     ·突变体表型分析第182-183页
       ·菌落生长及菌丝分化状态观察第182页
       ·孢子产生及萌发情况分析第182-183页
       ·溶壁酶酶解菌丝比较第183页
       ·致病性测定第183页
  2 结果与分析第183-196页
   ·载体的构建第183-186页
     ·蛋白激酶基因全长DNA 序列的克隆第183-184页
     ·第一步重组第184-185页
     ·第二步重组第185-186页
   ·REMI 转化及突变体的筛选验证第186-188页
   ·Southern 杂交第188-190页
   ·蛋白激酶基因的 RT-PCR第190-191页
   ·突变体表型变化的研究第191-196页
     ·菌丝生长的变化第191-192页
     ·突变体产孢量能力的变化第192-193页
     ·孢子萌发与芽管伸长的变化第193-194页
     ·溶壁酶酶解菌丝的差别第194页
     ·对玉米幼苗致病性的变化第194-196页
 第二节 轮枝镰孢蛋白激酶基因 fmk1 的功能研究第196-212页
  1 材料与方法第196-201页
   ·材料和菌株第196页
   ·仪器和设备第196页
   ·载体、酶、试剂和溶液等第196页
   ·方法第196-201页
     ·构建突变载体第196-199页
       ·策略及流程第196-197页
       ·fmk1 基因上、下游片段的 PCR 扩增第197-198页
       ·第一步重组第198-199页
       ·第二步重组第199页
     ·原生质体制备和REMI 转化第199页
     ·转化子和突变体的筛选第199页
     ·Southern 杂交验证第199页
     ·蛋白激酶基因的 RT-PCR第199-200页
     ·突变体表型分析第200-201页
       ·菌落生长及菌丝分化状态观察第200页
       ·孢子产生及萌发情况分析第200页
       ·溶壁酶酶解及胞壁分化影响的分析第200页
       ·致病性测定第200-201页
  2 结果与分析第201-212页
   ·载体的构建第201-202页
     ·上下游基因片段的扩增第201页
     ·第一次重组第201-202页
     ·第二次重组第202页
   ·REMI 转化和敲除突变体的筛选第202-205页
   ·Southern 杂交结果第205-206页
   ·蛋白激酶基因的 RT-PCR第206-207页
   ·突变体表性分析第207-212页
     ·生长与形态变化第207-209页
     ·产孢量的变化第209页
     ·孢子萌发与芽管伸长的变化第209-210页
     ·致病性变化第210-212页
 第三节 本章结论和讨论第212-215页
  1 结论第212页
  2 讨论第212-215页
参考文献第215-235页
附录第235-236页
致谢第236-237页
攻读学位期间发表论文第237页

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