| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-24页 |
| ·引言 | 第12-13页 |
| ·研究背景 | 第13-22页 |
| ·遗传密码的特点 | 第13页 |
| ·同义密码子使用偏好性及其生物学基础 | 第13-15页 |
| ·遗传密码子的集中研究 | 第15-16页 |
| ·衡量同义密码子偏好性的指标 | 第16-18页 |
| ·密码对偏好使用的研究现状 | 第18-21页 |
| ·生物进化的二界论与三域学说 | 第21-22页 |
| ·论文的研究内容与安排 | 第22-24页 |
| 第二章 理论方法 | 第24-33页 |
| ·密码对相对模式数随频数的分布和分布模型拟合理论 | 第24-29页 |
| ·编码序列与基因间序列的选取方法 | 第24页 |
| ·密码对的频数 | 第24-25页 |
| ·三联体对的频数 | 第25页 |
| ·密码对相对模式数随频数的分布(DNM) | 第25-26页 |
| ·密码对相对模式数随频数分布的拟合方法 | 第26页 |
| ·伽玛分布函数 | 第26-27页 |
| ·密码对和三联体对相对频数的定义 | 第27页 |
| ·拟合优度检验 | 第27-29页 |
| ·基于密码对使用模式的基因组相似性分析方法 | 第29-30页 |
| ·两样本间距离的定义 | 第29页 |
| ·类与类间距离的定义 | 第29页 |
| ·系统聚类方法 | 第29-30页 |
| ·密码对使用在DNA双链上的不对称性分析方法 | 第30-32页 |
| ·密码对使用偏好性指标的定义 | 第30-31页 |
| ·DNA双链密码对使用偏好性差异指标的定义 | 第31-32页 |
| ·线性相关分析 | 第32-33页 |
| 第三章 密码对的相对模式数分布与基因组进化 | 第33-50页 |
| ·数据资料 | 第33-34页 |
| ·分析方法 | 第34-35页 |
| ·密码对(或三联体对)相对模式数随频数的分布 | 第34-35页 |
| ·结果和讨论 | 第35-48页 |
| ·密码对和三联体对相对模式数随绝对频数分布的拟合结果 | 第35-42页 |
| ·密码对和三联体对相对模式数随相对频数分布的拟合结果 | 第42-48页 |
| ·结论 | 第48-50页 |
| 第四章 基于密码对使用的基因组相似性研究 | 第50-61页 |
| ·数据资料 | 第50页 |
| ·分析方法 | 第50-53页 |
| ·基于密码对中二核苷酸的聚类 | 第50-51页 |
| ·基于密码对使用偏好性的聚类 | 第51-53页 |
| ·结果与讨论 | 第53-60页 |
| ·基于密码对中二核苷酸频率的聚类结果 | 第53-54页 |
| ·基于密码对使用偏好性的聚类结果 | 第54-57页 |
| ·增加物种之后的聚类结果 | 第57-60页 |
| ·总结 | 第60-61页 |
| 第五章 DNA双链密码对使用的不对称性 | 第61-68页 |
| ·数据资料 | 第61-62页 |
| ·分析方法 | 第62页 |
| ·结果与讨论 | 第62-66页 |
| ·前导链和滞后链上密码对使用偏好性的差异 | 第62-65页 |
| ·前导链和滞后链上未出现的密码对模式 | 第65-66页 |
| ·总结 | 第66-68页 |
| 第六章 密码对的偏倚与基因组进化的线性相关分析 | 第68-75页 |
| ·数据资料 | 第68页 |
| ·分析方法 | 第68-70页 |
| ·结果与讨论 | 第70-74页 |
| ·密码对偏好性参数r值和基因组进化参数α值两者线性拟合结果 | 第70-72页 |
| ·密码子第三位点与紧邻密码子第一位点的二核苷酸使用 | 第72页 |
| ·古菌、细菌和真核三类生物密码对的偏好与稀有模式 | 第72-74页 |
| ·总结 | 第74-75页 |
| 第七章 厌氧性粘杆菌基因组中密码对的使用 | 第75-83页 |
| ·数据资料 | 第75页 |
| ·分析方法 | 第75-76页 |
| ·结果与讨论 | 第76-82页 |
| ·密码对的使用偏好性 | 第76页 |
| ·密码对各个位点上二核苷酸的分布 | 第76-79页 |
| ·密码子第三位点的GC含量与密码对的偏好性 | 第79页 |
| ·偏好密码对与稀有密码对中二核苷酸使用 | 第79-80页 |
| ·基因组中二肽的偏好性对密码对偏好性的影响 | 第80-82页 |
| ·总结 | 第82-83页 |
| 第八章 总结与展望 | 第83-87页 |
| 参考文献 | 第87-104页 |
| 附录 | 第104-119页 |
| 攻读博士学位期间发表和完成的论文目录 | 第119-120页 |
| 致谢 | 第120页 |
