| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 1 绪论 | 第10-28页 |
| ·蛋白质相互作用信息提取研究意义 | 第10-11页 |
| ·蛋白质相互作用信息提取研究现状 | 第11-25页 |
| ·蛋白质相互作用信息提取流程 | 第11-12页 |
| ·文本挖掘方法评价标准 | 第12-13页 |
| ·蛋白质命名实体识别 | 第13-16页 |
| ·蛋白质相互作用关系提取 | 第16-19页 |
| ·蛋白质相互作用注释信息提取 | 第19-21页 |
| ·生物文本挖掘评测会议 | 第21-22页 |
| ·蛋白质相互作用信息提取相关工具 | 第22-25页 |
| ·蛋白质相互作用信息提取面临的挑战 | 第25-26页 |
| ·本文研究内容 | 第26-27页 |
| ·论文结构 | 第27-28页 |
| 2 蛋白质相互作用本体构建 | 第28-44页 |
| ·引言 | 第28-32页 |
| ·领域本体及其构建 | 第28-29页 |
| ·蛋白质相互作用本体相关资源 | 第29-32页 |
| ·构建蛋白质相互作用本体框架 | 第32-35页 |
| ·蛋白质相互作用信息内涵及表示 | 第32页 |
| ·蛋白质相互作用本体模型 | 第32-35页 |
| ·整合蛋白质相互作用本体相关资源 | 第35-36页 |
| ·构建蛋白质相互作用类型本体 | 第36-42页 |
| ·PPI 类型本体顶层分类 | 第36-38页 |
| ·PPI 类型本体底层聚类 | 第38-42页 |
| ·结果与讨论 | 第42-43页 |
| ·本章小结 | 第43-44页 |
| 3 蛋白质相互作用关系提取 | 第44-54页 |
| ·引言 | 第44-45页 |
| ·问题定义 | 第44-45页 |
| ·支持向量机模型 | 第45页 |
| ·基于SVM 方法提取蛋白质相互作用关系 | 第45-51页 |
| ·总体流程 | 第46页 |
| ·句子特征选择 | 第46-48页 |
| ·SVM 分类模型训练及评估 | 第48-49页 |
| ·SVM 分类模型应用 | 第49-51页 |
| ·基于ProteinCorral 提取蛋白质相互作用关系 | 第51-53页 |
| ·ProteinCorral 介绍 | 第51页 |
| ·ProteinCorral 挖掘结果 | 第51-53页 |
| ·本章小结 | 第53-54页 |
| 4 蛋白质相互作用注释信息提取 | 第54-62页 |
| ·引言 | 第54-55页 |
| ·实验语料 | 第55-56页 |
| ·蛋白质相互作用本体受控词汇识别 | 第56-58页 |
| ·基于词典方法实现 | 第56-57页 |
| ·基于EBIMed 方法实现 | 第57-58页 |
| ·基于共出现方法提取蛋白质相互作用信息 | 第58-60页 |
| ·SVM 方法结合基于词典方法 | 第58-59页 |
| ·ProteinCorral 结合EBIMed 方法 | 第59-60页 |
| ·讨论 | 第60-61页 |
| ·本章小结 | 第61-62页 |
| 5 蛋白质相互作用信息数据库构建 | 第62-70页 |
| ·蛋白质相互作用数据库现状及构建目标 | 第62-63页 |
| ·蛋白质相互作用信息数据库系统 | 第63-66页 |
| ·架构设计 | 第63-64页 |
| ·开发环境与关键技术 | 第64页 |
| ·数据来源 | 第64-65页 |
| ·数据库结构设计 | 第65-66页 |
| ·蛋白质相互作用信息数据库实现与使用 | 第66-69页 |
| ·数据库信息查询 | 第66-67页 |
| ·本体视图与表格视图 | 第67-68页 |
| ·网络化视图 | 第68-69页 |
| ·本章小结 | 第69-70页 |
| 6 总结与展望 | 第70-73页 |
| ·工作总结 | 第70-71页 |
| ·研究展望 | 第71-73页 |
| 致谢 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-81页 |
| 在学期间取得的学术成果 | 第81-82页 |
| 附录 | 第82-107页 |
| 附录1 相互作用类型本体动词表 | 第82-85页 |
| 附录2 部分PPIO 受控词汇与参考来源 | 第85-87页 |
| 附录3 综述 | 第87-107页 |
| 个人简历 | 第107页 |