| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-10页 |
| 第1章 绪论 | 第10-28页 |
| ·蛋白质相互作用概况 | 第10页 |
| ·研究意义 | 第10-11页 |
| ·蛋白质-蛋白质相互作用类型 | 第11-13页 |
| ·DOCKING 算法的发展历史 | 第13-17页 |
| ·CAPRI 比赛概况 | 第17页 |
| ·蛋白质相互作用预测的理论方法 | 第17-28页 |
| ·FTDock | 第17-22页 |
| ·Zdock | 第22-23页 |
| ·RosettaDock | 第23-26页 |
| ·HADDOCK | 第26-28页 |
| 第2章 ASPDOCK | 第28-48页 |
| ·概述 | 第28页 |
| ·ASPDOCK 原理与方法 | 第28-42页 |
| ·FFT 方法中常用的打分方式 | 第28-30页 |
| ·原子溶剂化参数模型介绍 | 第30-34页 |
| ·ASPDock 的方法 | 第34-42页 |
| ·ASPDOCK 的结果 | 第42-46页 |
| ·结合能计算 | 第42-43页 |
| ·对Benchmark3.0 的计算结果 | 第43-46页 |
| ·ASPDOCK 在CAPRI 中的表现 | 第46-47页 |
| ·小结 | 第47-48页 |
| 第3章 SOFT RESTRICTING METHOD（SRM） | 第48-69页 |
| ·概述 | 第48页 |
| ·SRM 的原理和方法 | 第48-57页 |
| ·目前预测相互作用位点的方法和现状 | 第48-50页 |
| ·目前Docking 算法运用位点信息的方法和现状 | 第50-51页 |
| ·SRM 方法介绍以及计算结果 | 第51-57页 |
| ·SRM 的计算结果 | 第57-68页 |
| ·抗体-抗原的计算分析 | 第57-61页 |
| ·对Dockground 3.0 的计算分析 | 第61-63页 |
| ·对酶-抑制剂和其他蛋白质复合体计算分析 | 第63-68页 |
| ·小结 | 第68-69页 |
| 第4章 CAPRI | 第69-78页 |
| ·概述 | 第69页 |
| ·CAPRI 介绍 | 第69-71页 |
| ·我们的方法在CAPRI 中的应用以及结果 | 第71-76页 |
| ·方法与步骤 | 第72-73页 |
| ·对T40 的计算结果 | 第73-76页 |
| ·对T41 的计算结果 | 第76页 |
| ·小结 | 第76-78页 |
| 第5章 总结与展望 | 第78-81页 |
| 致谢 | 第81-82页 |
| 参考文献 | 第82-94页 |
| 附录 攻读学位期间发表论文目录 | 第94页 |