| 作者简介 | 第1-4页 |
| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-21页 |
| ·研究背景 | 第11-12页 |
| ·代谢网络研究现状 | 第12-17页 |
| ·代谢网络的拓扑特征 | 第13-15页 |
| ·代谢网络的功能与进化性 | 第15-16页 |
| ·代谢网络与系统发生分析 | 第16-17页 |
| ·本文主要工作及结构安排 | 第17-21页 |
| ·本文主要工作及创新 | 第17-19页 |
| ·本文结构安排 | 第19-21页 |
| 第二章 基于KEGG数据库的代谢网络重建 | 第21-39页 |
| ·KEGG代谢网络数据库简介 | 第21-26页 |
| ·KEGG/PATHWAY数据库 | 第22-24页 |
| ·KEGG/LIGAND数据库 | 第24-25页 |
| ·KEGG的文档组织结构 | 第25-26页 |
| ·KEGG代谢网络的重建 | 第26-35页 |
| ·图的相关定义 | 第26-28页 |
| ·代谢网络重建问题 | 第28-30页 |
| ·现有代谢网络重建方法的缺陷 | 第30-32页 |
| ·重建酶图 | 第32-33页 |
| ·重建化合物图 | 第33-35页 |
| ·代谢网络的拓扑特征分析 | 第35-38页 |
| ·代谢网络的度分布 | 第35-36页 |
| ·代谢网络的小世界特性 | 第36-37页 |
| ·代谢网络的模块化组织结构 | 第37-38页 |
| ·小结 | 第38-39页 |
| 第三章 基于环分布的功能模体发现算法 | 第39-59页 |
| ·生物网络模体发现问题 | 第39-42页 |
| ·基本概念和问题描述 | 第39-40页 |
| ·随机网络的生成 | 第40-41页 |
| ·子图挖掘 | 第41-42页 |
| ·模体的统计意义评价 | 第42页 |
| ·典型的模体发现算法 | 第42-44页 |
| ·ESA算法 | 第42-43页 |
| ·ESU算法 | 第43-44页 |
| ·基于环分布的模体发现算法 | 第44-50页 |
| ·相关定义 | 第45-46页 |
| ·算法描述 | 第46-49页 |
| ·与现有算法的比较 | 第49-50页 |
| ·基于环分布的动态抽样算法 | 第50-52页 |
| ·动态抽样规则描述 | 第50-51页 |
| ·抽样概率确定 | 第51页 |
| ·等价类子图频率估计及误差分析 | 第51-52页 |
| ·实验结果与分析 | 第52-57页 |
| ·子图搜索算法的速度比较 | 第52-53页 |
| ·动态抽样算法的精度比较 | 第53-54页 |
| ·频繁子图的挖掘结果 | 第54-55页 |
| ·代谢网络模体实验结果 | 第55-57页 |
| ·小结 | 第57-59页 |
| 第四章 基于AP算法的同源功能模块挖掘方法 | 第59-69页 |
| ·引言 | 第59-60页 |
| ·问题描述与相关定义 | 第60-62页 |
| ·同源功能模块挖掘算法 | 第62-64页 |
| ·节点的同源相似度 | 第62-63页 |
| ·网络的初始划分 | 第63页 |
| ·模块的重叠扩展 | 第63-64页 |
| ·实验结果与分析 | 第64-68页 |
| ·参数选取 | 第65-66页 |
| ·模块挖掘结果分析 | 第66-68页 |
| ·小结 | 第68-69页 |
| 第五章 基于核结构的系统发生树构建方法 | 第69-93页 |
| ·系统发生分析概述 | 第69-72页 |
| ·传统的系统发生分析 | 第69-70页 |
| ·基于序列数据的系统发生分析 | 第70-71页 |
| ·基于网络数据的系统发生分析 | 第71-72页 |
| ·基于核结构的物种相似度计算方法 | 第72-82页 |
| ·数据预处理 | 第73页 |
| ·核部分相似性 | 第73-75页 |
| ·非核部分子图的节点相似度定义 | 第75-78页 |
| ·非核部分子图的相似度 | 第78-82页 |
| ·物种间的代谢网络相似性 | 第82页 |
| ·系统发生树构建及可靠性验证 | 第82-86页 |
| ·实验结果与分析 | 第86-91页 |
| ·小结 | 第91-93页 |
| 第六章 结束语 | 第93-95页 |
| 致谢 | 第95-97页 |
| 参考文献 | 第97-107页 |
| 附录A 本文所用到的物种列表 | 第107-109页 |
| 附录B ExtKEGG重建的61个物种的代谢网络拓扑特征列表 | 第109-111页 |
| 附录C 完全匹配模块列表 | 第111-113页 |
| 攻读博士学位期间的研究成果 | 第113页 |
| 学术论文 | 第113页 |
| 参加研究的科研项目 | 第113页 |