| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 1 前言 | 第11-19页 |
| 1.1 火龙果的研究现状 | 第11-14页 |
| 1.1.1 火龙果的概况 | 第11页 |
| 1.1.2 火龙果栽培技术与品种资源的研究进展 | 第11-12页 |
| 1.1.3 火龙果的果实成分与营养保健的相关研究进展 | 第12-13页 |
| 1.1.4 火龙果色素相关研究进展 | 第13-14页 |
| 1.2 植物果实颜色的研究进展 | 第14-15页 |
| 1.2.1 植物果实颜色的生理生化研究进展 | 第14页 |
| 1.2.2 植物果实颜色遗传与基因克隆研究进展 | 第14-15页 |
| 1.2.3 植物果实色素的组学研究进展 | 第15页 |
| 1.3 转录组学的研究进展 | 第15-17页 |
| 1.3.1 生物信息学的产生和发展 | 第15-16页 |
| 1.3.2 生物信息学的研究内容和基本方法 | 第16页 |
| 1.3.3 转录组测序技术(RNA-Seq) | 第16-17页 |
| 1.3.4 无参数字基因表达谱技术(DGE) | 第17页 |
| 1.4 荧光定量技术(qRT-PCR) | 第17页 |
| 1.5 本研究的目的意义、内容与技术路线 | 第17-19页 |
| 1.5.1 本研究的目的意义和内容 | 第17-18页 |
| 1.5.2 本研究技术路线 | 第18-19页 |
| 2 材料与方法 | 第19-36页 |
| 2.1 实验材料 | 第19-21页 |
| 2.1.1 遗传材料和菌株 | 第19页 |
| 2.1.2 主要仪器设备 | 第19-20页 |
| 2.1.3 主要生化试剂 | 第20-21页 |
| 2.2 火龙果的果实相关生理指标测定 | 第21-24页 |
| 2.2.1 果肉组织细胞观察 | 第21页 |
| 2.2.2 甜菜色素提取与测定 | 第21页 |
| 2.2.3 花青素提取与测定 | 第21页 |
| 2.2.4 类黄酮提取与测定 | 第21-22页 |
| 2.2.5 总酚提取与测定 | 第22页 |
| 2.2.6 类胡萝卜素提取与测定 | 第22页 |
| 2.2.7 抗坏血酸提取与测定 | 第22-23页 |
| 2.2.8 可溶性糖提取与测定 | 第23-24页 |
| 2.2.9 可溶性蛋白提取与测定 | 第24页 |
| 2.3 火龙果的转录组测序和生物信息分析 | 第24-26页 |
| 2.3.1 火龙果的转录组测序 | 第24-26页 |
| 2.3.2 测序数据质量评估分析 | 第26页 |
| 2.3.3 基因差异表达分析 | 第26页 |
| 2.3.4 GO功能显著性富集分析 | 第26页 |
| 2.3.5 Pathway显著性富集分析 | 第26页 |
| 2.4 火龙果的果实总RNA提取与检测 | 第26-27页 |
| 2.4.1 火龙果果实总RNA提取的器具准备 | 第26-27页 |
| 2.4.2 火龙果总RNA提取步骤 | 第27页 |
| 2.4.3 火龙果总RNA的质量检测 | 第27页 |
| 2.5 实时荧光定量PCR | 第27-30页 |
| 2.5.1 qPCR引物设计 | 第27-28页 |
| 2.5.2 qRT-PCR验证基因表达情况 | 第28-30页 |
| 2.6 色素代谢相关基因的组织特异性分析 | 第30-31页 |
| 2.6.1 目的基因的筛选 | 第30页 |
| 2.6.2 RT-PCR验证基因组织特异性 | 第30-31页 |
| 2.7 U31379M2基因的克隆与生物信息分析 | 第31-36页 |
| 2.7.1 U31379M2基因的PCR扩增和切胶回收 | 第31-32页 |
| 2.7.2 T载体的连接反应 | 第32-33页 |
| 2.7.3 重组载体的遗传转化 | 第33页 |
| 2.7.4 阳性克隆鉴定 | 第33页 |
| 2.7.5 U31379M2的质粒DNA提取及鉴定 | 第33-35页 |
| 2.7.6 U31379M2基因的生物信息学预测分析 | 第35-36页 |
| 3 结果与分析 | 第36-71页 |
| 3.1 火龙果果实形态和生理指标分析 | 第36-39页 |
| 3.1.1 果实形态学比较分析 | 第36-37页 |
| 3.1.2 果实生理指标比较分析 | 第37-39页 |
| 3.2 火龙果果实转录组Denove组装结果分析 | 第39-47页 |
| 3.2.1 转录组组装结果 | 第39-40页 |
| 3.2.2 组装质量分析 | 第40-44页 |
| 3.2.3 Unigenes在四大数据库的注释及分析 | 第44-47页 |
| 3.3 火龙果果实无参数字基因表达谱测序结果 | 第47-56页 |
| 3.3.1 火龙果果肉RNA-seq测序表达谱情况 | 第47-48页 |
| 3.3.2 红肉火龙果不同时期差异表达基因分析 | 第48-51页 |
| 3.3.3 白肉火龙果不同时期差异表达基因分析 | 第51页 |
| 3.3.4 红肉和白肉火龙果在绿熟期差异表达基因分析 | 第51-52页 |
| 3.3.5 红肉和白肉火龙果在成熟期差异表达基因分析 | 第52-55页 |
| 3.3.6 样品间特有表达基因分析 | 第55-56页 |
| 3.4 火龙果根茎花果总RNA的检测结果 | 第56页 |
| 3.5 火龙果果实色素代谢途径中重要酶基因的筛选及表达分析 | 第56-58页 |
| 3.5.1 果实色素代谢途径中重要酶基因的筛选 | 第56-57页 |
| 3.5.2 果实色素代谢通路中重要酶基因的qRT-PCR验证 | 第57-58页 |
| 3.6 火龙果果实色素代谢途径中重要基因的筛选及表达分析 | 第58-60页 |
| 3.6.1 火龙果果实色素代谢相关重要基因的筛选结果 | 第58-59页 |
| 3.6.2 RT-PCR验证基因组织特异性结果 | 第59-60页 |
| 3.7 U31379M2基因的扩增与生物信息学分析 | 第60-71页 |
| 3.7.1 U31379M2基因扩增和切胶回收结果 | 第60-61页 |
| 3.7.2 U31379M2基因重组子鉴定 | 第61-64页 |
| 3.7.3 U31379M2核酸序列Blast结果 | 第64-65页 |
| 3.7.4 U31379M2核酸序列与Unigene0031379基因序列比对 | 第65-66页 |
| 3.7.5 U31379M2基因的氨基酸理化性质分析 | 第66-67页 |
| 3.7.6 U31379M2表达蛋白的疏水性预测 | 第67-68页 |
| 3.7.7 U31379M2表达蛋白的结构域预测 | 第68页 |
| 3.7.8 U31379M2表达蛋白的翻译后修饰预测 | 第68-69页 |
| 3.7.9 U31379M2表达蛋白的功能预测 | 第69页 |
| 3.7.10 U31379M2表达蛋白的同源蛋白比对分析 | 第69-71页 |
| 4 讨论 | 第71-76页 |
| 4.1 红肉与白肉火龙果的生理指标差异 | 第71页 |
| 4.2 转录组测序数据的可靠性 | 第71页 |
| 4.3 测序数据中差异基因的筛选思路 | 第71-72页 |
| 4.4 火龙果RNA提取方法的优化 | 第72页 |
| 4.5 火龙果的果实色素代谢通路的预测 | 第72-75页 |
| 4.6 U31379M2研究意义 | 第75-76页 |
| 5 结论 | 第76-77页 |
| 参考文献 | 第77-82页 |
| 附录 | 第82-83页 |
| 致谢 | 第83页 |
