| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 1 绪论 | 第12-20页 |
| 1.1 课题背景 | 第12-13页 |
| 1.1.1 盐胁迫简介 | 第12页 |
| 1.1.2 盐胁迫对植物的影响 | 第12-13页 |
| 1.2 拟南芥盐胁迫研究进展 | 第13-16页 |
| 1.2.1 拟南芥盐胁迫基因研究进展 | 第13-14页 |
| 1.2.2 拟南芥非生物胁迫数据库研究现状 | 第14-16页 |
| 1.3 系统生物学的兴起与应用 | 第16-17页 |
| 1.3.1 系统生物学的兴起 | 第16页 |
| 1.3.2 系统生物学在植物非生物胁迫中的应用 | 第16-17页 |
| 1.4 论文研究的目的和意义 | 第17-18页 |
| 1.5 论文的主要研究内容 | 第18-20页 |
| 2 拟南芥盐胁迫差异表达基因挖掘 | 第20-28页 |
| 2.1 目的和意义 | 第20页 |
| 2.2 材料和方法 | 第20-22页 |
| 2.2.1 拟南芥盐胁迫基因芯片数据 | 第20-21页 |
| 2.2.2 基因差异表达分析 | 第21-22页 |
| 2.3 拟南芥盐胁迫差异表达基因识别 | 第22-27页 |
| 2.4 本章小结 | 第27-28页 |
| 3 拟南芥盐胁迫生物学功能识别 | 第28-59页 |
| 3.1 目的和意义 | 第28页 |
| 3.2 材料和方法 | 第28-32页 |
| 3.2.1 GO数据库和KEGG数据库 | 第28-30页 |
| 3.2.2 差异表达基因的生物学功能注释 | 第30-32页 |
| 3.3 结果 | 第32-56页 |
| 3.3.1 差异表达基因注释的GO功能节点 | 第32-51页 |
| 3.3.2 差异表达基因富集的KEGG生物学通路 | 第51-56页 |
| 3.4 基于微效基因识别盐胁迫相关的通路 | 第56-58页 |
| 3.4.1 方法及步骤介绍 | 第56-57页 |
| 3.4.2 基于微效基因识别盐胁迫相关通路 | 第57-58页 |
| 3.5 本章小结 | 第58-59页 |
| 4 基于生物网络识别拟南芥盐胁迫风险基因 | 第59-72页 |
| 4.1 目的和意义 | 第59页 |
| 4.2 材料和方法 | 第59-64页 |
| 4.2.1 蛋白质互作网络数据 | 第59页 |
| 4.2.2 胁迫应答转录因子数据库 | 第59-61页 |
| 4.2.3 随机游走简介 | 第61-63页 |
| 4.2.4 基于RWR识别风险基因的流程及实现 | 第63-64页 |
| 4.3 结果 | 第64-71页 |
| 4.3.1 基于RWR盐胁迫相关风险基因预测 | 第64-65页 |
| 4.3.2 识别差异表达基因网络中的模块和高风险基因 | 第65-71页 |
| 4.4 本章小结 | 第71-72页 |
| 结论 | 第72-74页 |
| 讨论 | 第74-76页 |
| 参考文献 | 第76-83页 |
| 附录 | 第83-86页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第86-87页 |
| 致谢 | 第87-88页 |
| 个人简历 | 第88-90页 |
| 附件 | 第90-91页 |