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甘蓝型油菜分枝角度和株高全基因组关联分析

摘要第7-9页
Abstract第9-10页
缩略语表第11-12页
1 文献综述第12-40页
    1.1 分枝角度的研究进展第12-24页
        1.1.1 重力信号的感受第12-14页
        1.1.2 重力信号的转导第14-16页
        1.1.3 生长素的不对称分布第16-20页
            1.1.3.1 生长素合成、信号转导和代谢对重力反应的影响第16-18页
            1.1.3.2 生长素运输对重力反应的影响第18-20页
        1.1.4 重力反应器官的弯曲生长第20-21页
        1.1.5 几个影响分枝角度的关键基因第21-24页
            1.1.5.1 TAC1基因第21-22页
            1.1.5.2 LAZY1和DRO1基因第22页
            1.1.5.3 LPA1/SGR5/IDD15基因第22-24页
    1.2 株高的研究进展第24-30页
        1.2.1 赤霉素调控株高第24-26页
        1.2.2 油菜素内酯调控株高第26-28页
        1.2.3 生长素调控株高第28-29页
        1.2.4 其他途径调控株高第29-30页
    1.3 关联分析第30-36页
        1.3.1 连锁不平衡第30-33页
            1.3.1.1 连锁不平衡的衡量第31-32页
            1.3.1.2 影响连锁不平衡的因素第32-33页
        1.3.2 群体结构对关联分析的影响第33-35页
        1.3.3 关联分析的模型发展第35-36页
    1.4 甘蓝型油菜分枝角度的研究进展第36页
    1.5 甘蓝型油菜株高的研究进展第36-39页
    1.6 本研究的目的和意义第39-40页
2 材料与方法第40-45页
    2.1 实验材料第40页
    2.2 表型考察与分析第40-41页
    2.3 基因型分析第41-42页
        2.3.1 高质量植物总DNA的提取第41页
        2.3.2 油菜60K芯片杂交第41-42页
    2.4 SNP标记的筛选第42页
    2.5 群体结构分析第42-43页
        2.5.1 STRUCTURE分析第42页
        2.5.2 亲缘关系分析第42-43页
    2.6 连锁不平衡分析第43页
    2.7 单倍型域分析第43页
    2.8 关联分析第43-44页
    2.9 选择扫荡分析第44页
    2.10 QTL比较第44页
    2.11 候选基因的预测第44-45页
3 结果与分析第45-70页
    3.1 SNP标记的筛选、群体结构和亲缘关系第45-47页
    3.2 连锁不平衡分析第47-48页
    3.3 单倍型域分析第48-50页
    3.4 不同部位分枝的角度变化趋势第50-51页
    3.5 关联群体分枝角度的表型变异第51-52页
    3.6 分枝角度关联分析第52-57页
    3.7 分枝角度候选基因预测第57-59页
    3.8 关联群体株高的表型变异第59-60页
    3.9 株高关联分析第60-66页
    3.10 株高QTL比较第66-67页
    3.11 选择扫荡分析第67-68页
    3.12 株高候选基因预测第68-70页
4 讨论第70-79页
    4.1 群体的连锁不平衡第70-72页
    4.2 染色体的连锁不平衡和单倍型域第72-74页
    4.3 关联模型的比较第74-75页
    4.4 油菜分枝角度遗传解析第75-77页
    4.5 油菜株高遗传解析第77页
    4.6 矮杆育种过程中的选择印迹第77-79页
参考文献第79-101页
附录第101-122页
    附录1 自然群体520份甘蓝型油菜自交系详单第101-115页
    附录2 油菜60K芯片杂交操作步骤第115-119页
    附录3 19 ,167SNP标记稀有等位基因频率(MAF)分布直方图第119-120页
    附录4 分枝角度关联位点LD衰减距离内的基因GO富集分析第120-121页
    附录5 作者简介和在读期间发表的文章第121-122页
致谢第122-124页

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