基于序列谱的蛋白质折叠识别和远同源性检测
| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第1章 绪论 | 第9-17页 |
| 1.1 课题背景 | 第9-10页 |
| 1.2 研究目的及意义 | 第10-11页 |
| 1.3 国内外相关技术发展现状 | 第11-14页 |
| 1.3.1 基于比对的方法 | 第11-12页 |
| 1.3.2 基于判别式的方法 | 第12-13页 |
| 1.3.3 基于排序的方法 | 第13-14页 |
| 1.4 本文的主要研究内容和内容安排 | 第14-17页 |
| 1.4.1 主要研究内容 | 第14-15页 |
| 1.4.2 本文内容安排 | 第15-17页 |
| 第2章 基于矩阵转换的方法 | 第17-30页 |
| 2.1 引言 | 第17页 |
| 2.2 数据集的构建 | 第17-18页 |
| 2.3 模型的建立 | 第18页 |
| 2.4 性能评价指标 | 第18-19页 |
| 2.5 序列谱的去噪方法 | 第19-20页 |
| 2.5.1 基于排序的去噪方法 | 第20页 |
| 2.5.2 基于阈值的去噪方法 | 第20页 |
| 2.6 序列谱的三种矩阵转换方法 | 第20-23页 |
| 2.6.1 自交叉协方差变换 | 第21-22页 |
| 2.6.2 三元组变换 | 第22页 |
| 2.6.3 K分离的二元组变换 | 第22-23页 |
| 2.7 实验结果与分析 | 第23-29页 |
| 2.7.1 去噪谱的参数优化 | 第23-26页 |
| 2.7.2 预测模型的性能评估 | 第26-29页 |
| 2.8 本章小结 | 第29-30页 |
| 第3章 基于序列顺序依赖频率谱的比对方法 | 第30-39页 |
| 3.1 引言 | 第30-31页 |
| 3.2 序列顺序依赖频率谱 | 第31-34页 |
| 3.3 序列谱的比对算法 | 第34-35页 |
| 3.3.1 打分替换矩阵 | 第34页 |
| 3.3.2 基于序列局部比对的动态规划算法 | 第34-35页 |
| 3.4 构建预测器 | 第35页 |
| 3.5 实验结果与分析 | 第35-38页 |
| 3.5.1 性能评价指标 | 第35-36页 |
| 3.5.2 预测模型的性能评估 | 第36-38页 |
| 3.6 本章小结 | 第38-39页 |
| 第4章 基于序列谱比对中的不同打分函数 | 第39-54页 |
| 4.1 引言 | 第39页 |
| 4.2 序列谱比对算法的打分函数 | 第39-42页 |
| 4.2.1 基于欧式距离的打分函数 | 第39-40页 |
| 4.2.2 基于向量内积的打分函数 | 第40页 |
| 4.2.3 基于皮尔森相关性的打分函数 | 第40页 |
| 4.2.4 基于成对替换的打分函数 | 第40-41页 |
| 4.2.5 基于相对熵打分函数 | 第41-42页 |
| 4.2.6 基于序列谱与序列的打分函数 | 第42页 |
| 4.3 分类预测模型的构建 | 第42-43页 |
| 4.4 实验结果与分析 | 第43-53页 |
| 4.4.1 性能评价指标 | 第43页 |
| 4.4.2 预测模型的性能评估 | 第43-53页 |
| 4.5 本章小结 | 第53-54页 |
| 结论 | 第54-56页 |
| 参考文献 | 第56-63页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文及其它成果 | 第63-65页 |
| 致谢 | 第65页 |
