利用GWAS对深县猪繁殖性状的研究
| 摘要 | 第5-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 1 引言 | 第10-22页 |
| 1.1 猪繁殖性状的研究进展 | 第10-12页 |
| 1.1.1 猪繁殖性状的影响因素 | 第10-11页 |
| 1.1.2 繁殖性状相关基因的研究进展 | 第11-12页 |
| 1.2 研究母猪繁殖性状的重要性 | 第12页 |
| 1.3 猪基因组学的研究进展 | 第12-14页 |
| 1.3.1 构建基因图谱 | 第12-13页 |
| 1.3.2 QTL定位 | 第13页 |
| 1.3.3 候选基因分析 | 第13-14页 |
| 1.3.4 基因测序和分析 | 第14页 |
| 1.3.5 功能基因组分析 | 第14页 |
| 1.4 全基因组关联分析 | 第14-19页 |
| 1.4.1 GWAS的提出和背景 | 第14-15页 |
| 1.4.2 GWAS的分析原理 | 第15页 |
| 1.4.3 GWAS的实施步骤 | 第15-16页 |
| 1.4.4 GWAS的设计类型 | 第16页 |
| 1.4.5 GWAS分析的常用软件和方法 | 第16-17页 |
| 1.4.6 GWAS在猪数量性状上的研究进展 | 第17-18页 |
| 1.4.7 GWAS在猪质量性状上的研究进展 | 第18页 |
| 1.4.8 GWAS的优点和不足 | 第18-19页 |
| 1.5 单倍型分析 | 第19-20页 |
| 1.6 研究目的及意义 | 第20-22页 |
| 2 材料与方法 | 第22-28页 |
| 2.1 试验材料 | 第22-23页 |
| 2.1.1 试验动物 | 第22页 |
| 2.1.2 血液采集和运送 | 第22-23页 |
| 2.1.3 主要试剂和溶液 | 第23页 |
| 2.2 试验方法 | 第23-25页 |
| 2.2.1 繁殖性状表型记录与测量 | 第23-24页 |
| 2.2.2 血液基因组DNA的提取 | 第24页 |
| 2.2.3 深县猪基因组DNA琼脂糖凝胶电泳检测 | 第24-25页 |
| 2.2.4 芯片检测和基因型判定 | 第25页 |
| 2.2.5 SNP数据的质量控制 | 第25页 |
| 2.3 数据统计分析 | 第25-28页 |
| 2.3.1 繁殖性状表型数据分析 | 第25-26页 |
| 2.3.2 全基因组关联分析 | 第26页 |
| 2.3.3 表型相关分析 | 第26页 |
| 2.3.4 群体分层 | 第26-27页 |
| 2.3.5 单倍型分析 | 第27页 |
| 2.3.6 基因注释和候选基因挖掘 | 第27-28页 |
| 3 试验结果 | 第28-48页 |
| 3.1 繁殖性状表型数据分析 | 第28-29页 |
| 3.1.1 繁殖性状的描述性统计分析 | 第28页 |
| 3.1.2 繁殖性状表型相关分析 | 第28-29页 |
| 3.2 琼脂糖凝胶电泳检测 | 第29-30页 |
| 3.3 对SNP数据进行质量控制 | 第30-32页 |
| 3.3.1 质控标准得到的SNP信息 | 第30-31页 |
| 3.3.2 不同染色体显著水平 | 第31-32页 |
| 3.4 试验猪群的群体结构 | 第32-33页 |
| 3.5 不同繁殖性状的全基因组关联分析 | 第33-38页 |
| 3.5.1 产活仔数性状 | 第36页 |
| 3.5.2 初生重性状 | 第36页 |
| 3.5.3 初生窝重性状 | 第36页 |
| 3.5.4 断奶重性状 | 第36-37页 |
| 3.5.5 断奶窝重性状 | 第37-38页 |
| 3.6 群体分层评估 | 第38-39页 |
| 3.7 不同性状GWAS显著SNPs的功能注释 | 第39-43页 |
| 3.8 LD分析 | 第43-44页 |
| 3.9 单倍型分析 | 第44-48页 |
| 3.9.1 单个SNP与繁殖性状的关联分析 | 第44-46页 |
| 3.9.2 单倍型块与繁殖性状的关联分析 | 第46-48页 |
| 4 讨论 | 第48-56页 |
| 4.1 研究性状的选择 | 第48页 |
| 4.2 选择80K基因分型芯片的目的 | 第48-49页 |
| 4.3 群体分层的校正 | 第49页 |
| 4.4 单倍型分析 | 第49-50页 |
| 4.5 关于关联分析的模型 | 第50-51页 |
| 4.6 与其他GWAS结果的比较 | 第51-54页 |
| 4.6.1 产仔数 | 第51-52页 |
| 4.6.2 初生重和初生窝重 | 第52页 |
| 4.6.3 断奶重和断奶窝重 | 第52-53页 |
| 4.6.4 乳头数 | 第53-54页 |
| 4.7 潜在候选基因 | 第54-56页 |
| 5 结论 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-65页 |
| 在读期间发表的学术论文 | 第65-67页 |
| 作者简介 | 第67-68页 |
| 致谢 | 第68-69页 |
| 详细摘要 | 第69-70页 |
