| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第1章 文献综述 | 第10-20页 |
| 1.1 弧菌病 | 第10页 |
| 1.2 鳗弧菌 | 第10-11页 |
| 1.3 鳗弧菌毒力因子 | 第11-14页 |
| 1.3.1 铁载体介导的铁摄取系统 | 第11-12页 |
| 1.3.2 溶血素 | 第12-13页 |
| 1.3.3 鞭毛及趋化作用 | 第13页 |
| 1.3.4 胞外蛋白酶 | 第13-14页 |
| 1.3.5 群体感应系统 | 第14页 |
| 1.4 转座子插入测序技术 | 第14-19页 |
| 1.4.1 转座子测序技术发展 | 第14-15页 |
| 1.4.2 转座子测序技术方法 | 第15-16页 |
| 1.4.3 转座子测序技术相关算法 | 第16-17页 |
| 1.4.4 转座子测序技术应用 | 第17-19页 |
| 1.5 本课题研究内容及意义 | 第19-20页 |
| 第2章 鳗弧菌MVM425全基因组测序及序列分析 | 第20-31页 |
| 2.1 引言 | 第20页 |
| 2.2 实验材料 | 第20-22页 |
| 2.2.1 实验菌株 | 第20页 |
| 2.2.2 实验用培养基和相关试剂 | 第20-21页 |
| 2.2.3 实验引物 | 第21页 |
| 2.2.4 生物信息软件 | 第21-22页 |
| 2.3 实验方法 | 第22-23页 |
| 2.3.1 菌株培养以及鉴定 | 第22页 |
| 2.3.2 细菌基因组抽提 | 第22页 |
| 2.3.3 基因组测序 | 第22页 |
| 2.3.4 基因组gap拼接确认 | 第22-23页 |
| 2.3.5 基因组序列分析 | 第23页 |
| 2.4 实验结果与讨论 | 第23-29页 |
| 2.4.1 鳗弧菌MVM425 16S rDNA鉴定以及基因组DNA抽提质量 | 第23-24页 |
| 2.4.2 基因组测序 | 第24-25页 |
| 2.4.3 基因组概述 | 第25-27页 |
| 2.4.4 基因功能及代谢相关注释 | 第27-29页 |
| 2.4.5 毒力相关基因 | 第29页 |
| 2.5 小结 | 第29-31页 |
| 第3章 MVM425比较基因组学研究 | 第31-35页 |
| 3.1 引言 | 第31页 |
| 3.2 实验材料 | 第31页 |
| 3.3 实验方法 | 第31页 |
| 3.4 实验结果 | 第31-34页 |
| 3.4.1 鳗弧菌16S rDNA比对分析 | 第31-32页 |
| 3.4.2 鳗弧菌保守基因进化分析 | 第32-33页 |
| 3.4.3 鳗弧菌基因组元件比较基因组学研究 | 第33-34页 |
| 3.5 小结 | 第34-35页 |
| 第4章 鳗弧菌转座子插入突变株文库构建 | 第35-45页 |
| 4.1 引言 | 第35页 |
| 4.2 实验材料 | 第35页 |
| 4.2.1 引物、菌株和质粒 | 第35页 |
| 4.2.2 仪器及分析工具 | 第35页 |
| 4.3 实验方法 | 第35-39页 |
| 4.3.1 鳗弧菌MVM425抗生素抗性实验 | 第35-37页 |
| 4.3.2 转座子插入突变株文库构建 | 第37页 |
| 4.3.3 高通量测序文库构建 | 第37-39页 |
| 4.3.4 测序结果分析 | 第39页 |
| 4.4 实验结果 | 第39-43页 |
| 4.4.1 鳗弧菌MVM425及大肠杆菌SM10λpir::pSC189抗生素抗性浓度确定 | 第39-40页 |
| 4.4.2 转座子插入突变株文库构建 | 第40-41页 |
| 4.4.3 转座子插入突变株文库质量及统计 | 第41-42页 |
| 4.4.4 转座子插入突变株文库应用 | 第42-43页 |
| 4.5 讨论 | 第43页 |
| 4.6 小结 | 第43-45页 |
| 第5章 转座子插入突变株文库筛选体外生长和体内感染必需基因 | 第45-61页 |
| 5.1 引言 | 第45页 |
| 5.2 实验材料 | 第45-47页 |
| 5.2.1 实验用动物、菌株、质粒和引物 | 第45-47页 |
| 5.3 实验方法 | 第47-50页 |
| 5.3.1 转座子文库活化 | 第47-48页 |
| 5.3.2 鳗弧菌MVM425在大菱鲆体内预攻毒实验 | 第48页 |
| 5.3.3 转座子文库体外必需基因和体内感染必需基因筛查 | 第48页 |
| 5.3.4 文库测序结果统计和分析 | 第48-49页 |
| 5.3.5 鳗弧菌MVM425缺失株构建 | 第49-50页 |
| 5.3.6 鳗弧菌在鱼体内的竞争实验 | 第50页 |
| 5.4 实验结果 | 第50-60页 |
| 5.4.1 鳗弧菌MVM425攻毒剂量 | 第50-51页 |
| 5.4.2 鳗弧菌MVM425 input文库和output文库构建 | 第51页 |
| 5.4.3 鳗弧菌MVM425体外生长必需基因分析 | 第51-55页 |
| 5.4.4 鳗弧菌MVM425体内感染必需基因分析 | 第55-58页 |
| 5.4.5 鳗弧菌MVM425 output文库筛选结果验证 | 第58-60页 |
| 5.5 讨论 | 第60页 |
| 5.6 小结 | 第60-61页 |
| 第6章 结论和展望 | 第61-63页 |
| 6.1 主要结论总结 | 第61页 |
| 6.2 展望 | 第61-63页 |
| 参考文献 | 第63-70页 |
| 论文发表 | 第70-71页 |
| 致谢 | 第71页 |
