| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 前言 | 第11-29页 |
| 1.1 系统生物学和生物信息学 | 第11-12页 |
| 1.1.1 系统生物学 | 第11页 |
| 1.1.2 生物信息学 | 第11-12页 |
| 1.2 生物组学数据 | 第12-17页 |
| 1.2.1 组学研究的起源 | 第12-13页 |
| 1.2.2 基因组学 | 第13-14页 |
| 1.2.3 转录组学 | 第14页 |
| 1.2.4 蛋白质组学 | 第14页 |
| 1.2.5 代谢组学 | 第14-15页 |
| 1.2.6 通量组学 | 第15页 |
| 1.2.7 多组学结合分析 | 第15-17页 |
| 1.2.8 微生物全基因组序列的获取 | 第17页 |
| 1.2.9 开放阅读框 | 第17页 |
| 1.3 全基因组规模代谢网络模型的发展现状 | 第17-19页 |
| 1.4 高质量代谢网络模型的构建流程 | 第19-23页 |
| 1.4.1 代谢网络模型草图构建 | 第19-21页 |
| 1.4.2 GEMs模型的评估 | 第21页 |
| 1.4.3 基于约束条件的算法优化 | 第21-23页 |
| 1.5 全基因组代谢网络模型的应用 | 第23-26页 |
| 1.5.1 代谢网络特性分析的应用 | 第24-25页 |
| 1.5.2 细胞表型预测的应用 | 第25页 |
| 1.5.3 代谢工程菌株改造的应用 | 第25-26页 |
| 1.6 红色糖多孢菌及其全基因组代谢网络模型的研究现状 | 第26-27页 |
| 1.6.1 红色糖多孢菌及其代谢产物简介 | 第26-27页 |
| 1.6.2 红色糖多孢菌全基因组规模代谢网络模型的研究现状 | 第27页 |
| 1.7 研究目的、内容及意义 | 第27-29页 |
| 第2章 材料和方法 | 第29-34页 |
| 2.1 实验材料 | 第29-31页 |
| 2.1.1 菌株 | 第29页 |
| 2.1.2 实验仪器与设备 | 第29页 |
| 2.1.3 实验试剂及材料 | 第29-30页 |
| 2.1.4 培养基 | 第30-31页 |
| 2.2 实验方法 | 第31-34页 |
| 2.2.1 培养条件和方法 | 第31页 |
| 2.2.2 取样及分析方法 | 第31页 |
| 2.2.3 转录组学数据获取 | 第31-32页 |
| 2.2.4 全基因组规模代谢网络模型的构建流程 | 第32页 |
| 2.2.5 敏感性分析 | 第32页 |
| 2.2.6 FBA仿真模拟 | 第32-33页 |
| 2.2.7 利用可利用的碳氮源进行模型验证 | 第33页 |
| 2.2.8 必需基因预测 | 第33-34页 |
| 第3章 红色糖多孢菌生物量组分及维持能的确定 | 第34-40页 |
| 3.1 引言 | 第34页 |
| 3.2 菌体生物量组成计算 | 第34-38页 |
| 3.2.1 菌体整体的分子组成 | 第34页 |
| 3.2.2 菌体蛋白的分子组成 | 第34-35页 |
| 3.2.3 菌体RNA的分子组成 | 第35-36页 |
| 3.2.4 菌体DNA的分子组成 | 第36页 |
| 3.2.5 菌体碳水化合物的分子组成 | 第36-37页 |
| 3.2.6 菌体脂质的分子组成 | 第37页 |
| 3.2.7 菌体辅酶类小分子物质的分子组成 | 第37-38页 |
| 3.3 菌体代谢维持能的确定 | 第38-39页 |
| 3.4 本章小结 | 第39-40页 |
| 第4章 全基因组规模代谢网络模型的重构 | 第40-52页 |
| 4.1 引言 | 第40页 |
| 4.2 红色糖多孢菌全基因组规模代谢网络模型的重构 | 第40-51页 |
| 4.2.1 红色糖多孢菌GEMs重构过程 | 第40-41页 |
| 4.2.2 数据库的升级 | 第41-42页 |
| 4.2.3 数据库中信息的获取 | 第42-45页 |
| 4.2.4 全基因组规模代谢网络模型草图的构建 | 第45-47页 |
| 4.2.5 代谢网络的精炼 | 第47-49页 |
| 4.2.6 代谢网络模型转化为数学模型 | 第49页 |
| 4.2.7 模型的调校 | 第49-50页 |
| 4.2.8 红色糖多孢菌GEMs重构结果概览 | 第50-51页 |
| 4.3 本章小结 | 第51-52页 |
| 第5章 全基因组规模代谢网络模型的验证 | 第52-62页 |
| 5.1 模型的验证 | 第52-60页 |
| 5.1.1 转录组学数据验证 | 第52-53页 |
| 5.1.2 敏感性分析 | 第53-54页 |
| 5.1.3 利用可找到的碳氮源检验模型 | 第54-56页 |
| 5.1.4 利用生理参数检验模型 | 第56-60页 |
| 5.2 本章小结 | 第60-62页 |
| 第6章 全基因组规模代谢网络模型的应用 | 第62-68页 |
| 6.1 引言 | 第62页 |
| 6.2 模型的应用分析 | 第62-67页 |
| 6.2.1 必需基因的预测 | 第62-64页 |
| 6.2.2 提高红霉素代谢产量的靶点预测 | 第64-67页 |
| 6.3 本章小结 | 第67-68页 |
| 第7章 结论与展望 | 第68-70页 |
| 7.1 结论 | 第68-69页 |
| 7.2 展望 | 第69-70页 |
| 参考文献 | 第70-79页 |
| 致谢 | 第79-80页 |
| 在读期间发表论文情况 | 第80-81页 |
| 附录一 | 第81-89页 |
| 附录二 | 第89-96页 |
