| 缩略词表 | 第7-8页 |
| 摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-14页 |
| 前言 | 第15-21页 |
| 第一章 肠道菌群宏蛋白质组学数据分析 | 第21-51页 |
| 1.1 材料与方法 | 第21-26页 |
| 1.1.1 实验仪器与试剂 | 第21-23页 |
| 1.1.2 实验步骤 | 第23-26页 |
| 1.2 结果及讨论 | 第26-50页 |
| 1.2.1 研究对象的基本信息 | 第26-27页 |
| 1.2.2 蛋白质定量及电泳 | 第27-29页 |
| 1.2.3 LC-MS/MS质谱检测结果 | 第29-31页 |
| 1.2.4 宏蛋白质组数据生物信息学分析 | 第31-50页 |
| 1.3 小结 | 第50-51页 |
| 第二章 肠道菌群代谢产物及其与菌群丰度的关系 | 第51-74页 |
| 2.1 实验步骤 | 第51-53页 |
| 2.1.1 研究对象的选取 | 第51页 |
| 2.1.2 宏基因组DNA的提取 | 第51-52页 |
| 2.1.3 16S rDNA扩增 | 第52页 |
| 2.1.4 高通量测序及生物信息分析 | 第52页 |
| 2.1.5 代谢产物的提取和分离 | 第52-53页 |
| 2.1.6 代谢产物的鉴定 | 第53页 |
| 2.1.7 数据处理及生物信息学分析 | 第53页 |
| 2.2 结果及讨论 | 第53-73页 |
| 2.2.1 研究对象的基本信息 | 第53-54页 |
| 2.2.2 肠道菌群结构分析 | 第54-59页 |
| 2.2.3 代谢产物聚类分析 | 第59-65页 |
| 2.2.4 肠道菌群差异代谢产物分析 | 第65-68页 |
| 2.2.5 代谢产物与菌群结构的相关分析 | 第68-73页 |
| 2.3 小结 | 第73-74页 |
| 第三章 肝硬化相关的肠道菌群代谢特点 | 第74-83页 |
| 3.1 分析方法 | 第74-75页 |
| 3.2 结果及讨论 | 第75-82页 |
| 3.2.1 肠道菌群氮代谢通路特点 | 第75-76页 |
| 3.2.2 肠道菌群丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢通路特点 | 第76-77页 |
| 3.2.3 肠道菌群缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸生物合成通路特点 | 第77-78页 |
| 3.2.4 肠道菌群泛酸盐和辅酶A生物合成通路特点 | 第78-79页 |
| 3.2.5 肠道菌群糖酵解/糖异生代谢通路特点 | 第79-81页 |
| 3.2.6 肠道菌群果糖和甘露糖代谢通路特点 | 第81页 |
| 3.2.7 肠道菌群精氨酸和脯氨酸代谢通路特点 | 第81-82页 |
| 3.3 小结 | 第82-83页 |
| 第四章 结论与展望 | 第83-89页 |
| 4.1 肝硬化患者肠道微环境初始平衡被打破 | 第84-86页 |
| 4.2 肝硬化相关的肠道微生物代谢网络 | 第86-87页 |
| 4.3 下一步开展的工作 | 第87-89页 |
| 参考文献 | 第89-93页 |
| 附录 | 第93-101页 |
| 附录A 正常人和肝硬化患者肠道微生物代谢组学分析 | 第93-98页 |
| 附录B 差异代谢产物的代谢通路注释 | 第98-101页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第101-102页 |
| 主要简历 | 第102-103页 |
| 致谢 | 第103-104页 |
