基于多类特征融合的基因启动子相关问题的理论研究
| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-19页 |
| ·研究背景和意义 | 第10-11页 |
| ·国内外研究现状 | 第11-17页 |
| ·原核启动子研究进展 | 第11-12页 |
| ·真核启动子研究进展 | 第12-16页 |
| ·组蛋白修饰与基因转录起始 | 第16-17页 |
| ·本研究结构安排 | 第17-19页 |
| 第二章 启动子特征分析方法 | 第19-25页 |
| ·启动子位点关联保守性 | 第19页 |
| ·调控模体比较 | 第19-21页 |
| ·WebLogo位点保守性表达 | 第19-20页 |
| ·MEME调控模体搜寻 | 第20-21页 |
| ·DNA局域几何结构描述 | 第21-23页 |
| ·GC-Skew和GC-Profile定义 | 第23-25页 |
| 第三章 基因启动子特征分析 | 第25-35页 |
| ·数据集的构建 | 第25-26页 |
| ·启动子碱基组成及碱基短程关联偏好 | 第26-28页 |
| ·转录起始区域的GC偏差分析 | 第28-30页 |
| ·位点关联保守性分析 | 第30-32页 |
| ·转录起始区域的DNA几何柔性 | 第32-34页 |
| ·小结 | 第34-35页 |
| 第四章 调控模体的位置调控 | 第35-44页 |
| ·转录起始位点周围的调控模体定位 | 第35-38页 |
| ·TATA-box元件的定位保守性 | 第38-40页 |
| ·TC-元件的定位保守性 | 第40-41页 |
| ·不同σ类型启动子调控模体的定位分布 | 第41-43页 |
| ·小结 | 第43-44页 |
| 第五章 特征提取和理论预测方法 | 第44-50页 |
| ·算法发展现状 | 第44-45页 |
| ·位置关联打分矩阵 | 第45页 |
| ·离散增量 | 第45-47页 |
| ·离散量和离散增量 | 第45-47页 |
| ·离散增量算法 | 第47页 |
| ·支持向量机 | 第47-48页 |
| ·多模型组合的SVM算法 | 第48页 |
| ·算法评价指标 | 第48-50页 |
| 第六章 整合DNA几何结构预测原核生物启动子 | 第50-56页 |
| ·数据获取 | 第50-51页 |
| ·DNA局域几何柔性分析 | 第51-53页 |
| ·不同σ启动子的DNA几何柔性 | 第53-54页 |
| ·大肠杆菌σ~(70)启动子预测 | 第54-56页 |
| 第七章 基于多特征融合的植物和人类启动子预测 | 第56-74页 |
| ·植物启动子预测 | 第56-67页 |
| ·数据选取 | 第56-57页 |
| ·位点保守性分析 | 第57-58页 |
| ·TATA和TATA-Less启动子调控模体差异 | 第58-60页 |
| ·GC/AT-Skew分析 | 第60-61页 |
| ·TATA和TATA-less启动子预测 | 第61-65页 |
| ·拟南芥基因启动子区广范围注释 | 第65-67页 |
| ·整合表观遗传学标记预测人类启动子 | 第67-73页 |
| ·数据集获取 | 第67页 |
| ·特征选取 | 第67-70页 |
| ·人类CpG启动子预测结果 | 第70-72页 |
| ·人类non-CpG启动子预测结果 | 第72-73页 |
| ·本章小结 | 第73-74页 |
| 第八章 总结与展望 | 第74-77页 |
| ·本文工作总结 | 第74-75页 |
| ·工作展望 | 第75-77页 |
| 参考文献 | 第77-92页 |
| 附录 | 第92-98页 |
| 致谢 | 第98-99页 |
| 攻读博士学位期间发表和完成的学术论文 | 第99-100页 |
