| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-13页 |
| 第一章 背景 | 第13-33页 |
| ·蛋白质的结构和功能 | 第13-16页 |
| ·蛋白质分子的基本结构单位-氨基酸 | 第13-14页 |
| ·肽和肽键的结构 | 第14页 |
| ·蛋白质分子的结构等级 | 第14-16页 |
| ·蛋白质分子的电磁特性 | 第16页 |
| ·稳定蛋白质构象的相互作用力 | 第16-24页 |
| ·静电作用 | 第16页 |
| ·范德华相互作用 | 第16-17页 |
| ·氢键 | 第17-24页 |
| ·蛋白质折叠与聚集 | 第24-26页 |
| ·神经退行性疾病 | 第26-28页 |
| ·阿兹海默症 | 第26页 |
| ·传染性海绵状脑病 | 第26-28页 |
| ·小结 | 第28-33页 |
| 第二章 模拟与分析方法 | 第33-49页 |
| ·常温分子动力学模拟 | 第33-36页 |
| ·副本交换分子动力学模拟 | 第36页 |
| ·力场简介 | 第36-42页 |
| ·常见的全原子力场 | 第39-40页 |
| ·OPEP简化模型力场 | 第40-42页 |
| ·边界的处理 | 第42-44页 |
| ·WHAM分析方法 | 第44页 |
| ·主元分析 | 第44-49页 |
| 第三章 淀粉样短肽聚集的热力学和动力学性质是与序列相关的 | 第49-61页 |
| ·引言 | 第49-51页 |
| ·模型与方法 | 第51-52页 |
| ·模拟细节 | 第52页 |
| ·基于连接长度的构型分类 | 第52-54页 |
| ·维自由能面 | 第54-57页 |
| ·β-sheet形成和解离的动力学 | 第57-59页 |
| ·结论与讨论 | 第59-61页 |
| 第四章 G33单点突变对于Aβ29-42单体和二聚体结构的影响 | 第61-71页 |
| ·引言 | 第61-63页 |
| ·模型与方法 | 第63-65页 |
| ·结果 | 第65-67页 |
| ·三种异构体的单体结构 | 第65页 |
| ·三种异构体的二聚体结构 | 第65-67页 |
| ·结论与讨论 | 第67-71页 |
| 第五章 NNQQ四肽聚集的成核和增长机制研究 | 第71-85页 |
| ·引言 | 第71页 |
| ·副本交换分子动力学模拟结果 | 第71-75页 |
| ·常温分子动力学模拟结果 | 第75-78页 |
| ·小结 | 第78-85页 |
| 第六章 纤维结构的稳定性因素分析 | 第85-95页 |
| ·模型与方法 | 第85页 |
| ·构型的稳定性分析 | 第85-88页 |
| ·两层之间的水分子 | 第88-90页 |
| ·不同类型的氢键 | 第90-92页 |
| ·芳香环的堆砌 | 第92-94页 |
| ·小结 | 第94-95页 |
| 第七章 总结与展望 | 第95-97页 |
| 参考文献 | 第97-107页 |
| 博士期间的论文和参加的会议 | 第107-109页 |
| 致谢 | 第109-111页 |