| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 第一章-LTQ串级质谱数据处理流程改进 | 第5-21页 |
| ·-采用开源的TPP软件 | 第7-8页 |
| ·-采用更大的母离子容差范围,使用质量校正软件FTDR | 第8-10页 |
| ·-放弃IPI蛋白库,采用Swissprot蛋白库 | 第10-12页 |
| ·-采用包含复杂数学模型的Peptideprophet软件进行肽段卡值 | 第12-15页 |
| ·-引入非标记定量软件Apex | 第15-19页 |
| 参考文献 | 第19-21页 |
| 第二章-糖基化位点鉴定参数优化 | 第21-26页 |
| ·-已有文献报道的改进方式 | 第21-22页 |
| ·-已有改进与Sequest软件的冲突及解决方式 | 第22-23页 |
| ·-不同质量标记位点鉴定方法的参数区别 | 第23-25页 |
| 参考文献 | 第25-26页 |
| 第三章-全新高通量糖肽鉴定软件GRIP(Glycopeptide Revealing & Interpretation Platform) | 第26-48页 |
| ·-新糖基化肽段解析软件产生的背景 | 第27-28页 |
| ·-HRP完整解析,改进肽段库,增加母离子信息 | 第28-32页 |
| ·-发展瓶颈:肽段库建立和谱图预挑选 | 第32-34页 |
| ·-血清样品1DLC-MS预实验情况 | 第34-35页 |
| ·-血清样品2DLC-MS正式实验设计及情况 | 第35-37页 |
| ·-手工解析情况、关键计算过程改进 | 第37-40页 |
| ·-自动化功能后续问题——假阳性控制和Group解 | 第40-41页 |
| ·-反库,耗时一个半月的陷阱 | 第41-45页 |
| ·-随机谱图验证随机匹配性 | 第45-46页 |
| ·-现阶段最终结果展示 | 第46-47页 |
| ·-后续验证和发展 | 第47页 |
| 参考文献 | 第47-48页 |
| 第四章-致谢及展望 | 第48-49页 |
| 附录1-本文中鉴定的血清糖基化数据 | 第49-56页 |
| 附录2-正文中出现的图表 | 第56-57页 |
