| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-14页 |
| 英文缩略表 | 第14-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-27页 |
| 导言 | 第15页 |
| ·芳香烃化合物的污染和微生物治理 | 第15-16页 |
| ·芳香烃类化合物微生物降解 | 第16-17页 |
| ·硝基苯类化合物的微生物降解 | 第17-22页 |
| ·起始反应由单加氧酶催化的途径 | 第19页 |
| ·起始反应由双加氧酶催化的途径 | 第19-20页 |
| ·芳香环的直接还原途径 | 第20-21页 |
| ·硝的部分还原途径 | 第21-22页 |
| ·硝基酚类化合物的微生物降解 | 第22-23页 |
| ·2-硝基酚的微生物降解 | 第22页 |
| ·3-硝基酚的微生物降解 | 第22页 |
| ·二硝基酚的微生物降解 | 第22-23页 |
| ·2,4,6-三硝基酚的微生物降解 | 第23页 |
| ·4-硝基酚微生物降解的研究进展 | 第23-26页 |
| ·4-硝基酚微生物代谢途径的研究进展 | 第23-25页 |
| ·4-硝基酚微生物代谢途径的分子生物学研究进展 | 第25-26页 |
| ·4-硝基酚微生物代谢途径表达与调控的研究进展 | 第26页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第26-27页 |
| 第二章 Pseudomonas sp.1-7的特征及其对硝基酚代谢能力的分析 | 第27-34页 |
| ·实验材料 | 第27-28页 |
| ·主要仪器 | 第27页 |
| ·实验试剂 | 第27页 |
| ·实验菌株 | 第27-28页 |
| ·溶液 | 第28页 |
| ·培养基 | 第28页 |
| ·实验方法 | 第28-29页 |
| ·Pseudomonas sp.1-7形态学分析 | 第28页 |
| ·Pseudomonas sp.1-7生长曲线的测定 | 第28页 |
| ·Pseudomonas sp.1-7常规抗生素抗性测定 | 第28页 |
| ·Pseudomonas sp.1-7降解PNP能力的测定 | 第28-29页 |
| ·Pseudomonas sp.1-7降解4-NC能力测定 | 第29页 |
| ·Pseudomonas sp.1-7 HQ双加氧酶酶活的测定 | 第29页 |
| ·Pseudomonas sp.1-7 4-HS脱氢酶酶活的测定 | 第29页 |
| ·实验结果与分析 | 第29-33页 |
| ·Pseudomonas sp.1-7的形态学分析 | 第29-30页 |
| ·Pseudomonas sp.1-7生长曲线的测定 | 第30页 |
| ·Pseudomonas sp.1-7抗生素抗性分析 | 第30-31页 |
| ·Pseudomonas sp.1-7代谢PNP能力的分析 | 第31页 |
| ·Pseudomonas sp.1-7代谢4-NC能力分析 | 第31-32页 |
| ·Pseudomonas sp.1-7 HQ双加氧酶酶活测定 | 第32页 |
| ·Pseudomonas sp.1-7 4-HS脱氢酶酶活测定 | 第32-33页 |
| ·讨论 | 第33页 |
| ·本章小结 | 第33-34页 |
| 第三章 Pseudomonas sp.1-7对硝基酚代谢途径的鉴定 | 第34-39页 |
| ·实验材料 | 第34-35页 |
| ·主要仪器 | 第34页 |
| ·实验试剂 | 第34页 |
| ·实验菌株 | 第34页 |
| ·培养基 | 第34-35页 |
| ·实验方法 | 第35页 |
| ·Pseudomonas sp.1-7降解对硝基酚中间产物的分离 | 第35页 |
| ·高效液相色谱分析菌株1-7代谢PNP的中间产物 | 第35页 |
| ·液质联用法分析菌株1-7代谢PNP的中间产物 | 第35页 |
| ·实验结果与分析 | 第35-38页 |
| ·高效液相色谱法(HPLC)分析菌株1-7代谢PNP的中间产物 | 第35-36页 |
| ·液质联用仪(LC-MS)分析菌株1-7代谢PNP的中间产物 | 第36-37页 |
| ·HPLC分析三个目标寻找物在反应体系中量的变化情况 | 第37页 |
| ·讨论 | 第37-38页 |
| ·本章小结 | 第38-39页 |
| 第四章 Pseudomonas sp.1-7基因组Fosmid文库的建立和文库的筛选 | 第39-55页 |
| ·实验材料 | 第39-41页 |
| ·主要仪器 | 第39页 |
| ·工具酶,引物,试剂及试剂盒 | 第39-40页 |
| ·实验菌株和质粒 | 第40页 |
| ·溶液 | 第40-41页 |
| ·培养基 | 第41页 |
| ·实验方法 | 第41-48页 |
| ·DNA操作方法 | 第41页 |
| ·Pseudomonas sp.1-7基因组的提取(溶菌酶法) | 第41页 |
| ·Pseudomonas sp.1-7基因组Fosmid文库的构建 | 第41-44页 |
| ·Pseudomonas sp.1-7基因组Fosmid文库质量的评价 | 第44-45页 |
| ·Pseudomonas sp.1-7基因组Fosmid文库的保存 | 第45页 |
| ·Pseudomonas sp.1-7基因组Fosmid文库的筛选 | 第45-46页 |
| ·阳性克隆子大质粒插入片段的测序 | 第46-48页 |
| ·Fosmid阳性克隆子大质粒DNA序列的分析 | 第48页 |
| ·实验结果与分析 | 第48-54页 |
| ·Pseudomonas sp.1-7基因组的提取 | 第48页 |
| ·Pseudomonas sp.1-7基因组Fosmid文库的构建 | 第48-50页 |
| ·基因组Fosmid文库的质量评价 | 第50页 |
| ·基因组文库中阳性克隆子的筛选 | 第50-51页 |
| ·阳性克隆子4-2M大质粒亚克隆文库的构建及测序分析 | 第51-52页 |
| ·DNA片段的序列分析 | 第52-53页 |
| ·讨论 | 第53-54页 |
| ·本章小结 | 第54-55页 |
| 第五章 Pseudomonas sp.1-7 PNP降解基因簇-1的功能基因鉴定与分析 | 第55-76页 |
| ·实验材料 | 第55-57页 |
| ·主要仪器 | 第55页 |
| ·工具酶,引物,试剂及试剂盒 | 第55-56页 |
| ·实验菌株和质粒 | 第56页 |
| ·溶液 | 第56-57页 |
| ·培养基 | 第57页 |
| ·实验方法 | 第57-64页 |
| ·DNA操作方法 | 第57-58页 |
| ·PNP单加氧酶基因表达载体的构建 | 第58页 |
| ·对苯二醌还原酶基因表达载体的构建 | 第58页 |
| ·对苯二酚双加氧酶表达载体的构建 | 第58-59页 |
| ·4-羟基粘糠酸半醛脱氢酶表达载体的构建 | 第59页 |
| ·功能性蛋白在原核中的诱导表达 | 第59页 |
| ·亲和层析树脂的制备及蛋白纯化 | 第59-60页 |
| ·柱子清洗及透析袋处理 | 第60页 |
| ·蛋白酶活性及酶学性质分析 | 第60-64页 |
| ·实验结果与分析 | 第64-75页 |
| ·pdcA基因的鉴定与功能分析 | 第64-65页 |
| ·pdcB基因的鉴定与功能分析 | 第65-66页 |
| ·pdcDE基因的鉴定与功能分析 | 第66-69页 |
| ·pdcG基因的鉴定与功能分析 | 第69-72页 |
| ·pdcF基因的鉴定与功能分析 | 第72-75页 |
| ·讨论 | 第75页 |
| ·本章小结 | 第75-76页 |
| 第六章 Pseudomonas sp.1-7中PNP降解相关基因调控蛋白的确定 | 第76-97页 |
| ·实验材料 | 第76-79页 |
| ·主要仪器 | 第76页 |
| ·具酶,引物,试剂及试剂盒 | 第76-78页 |
| ·实验菌株和质粒 | 第78页 |
| ·溶液 | 第78-79页 |
| ·培养基 | 第79页 |
| ·实验方法 | 第79-84页 |
| ·常用分子生物学基础实验操作方法 | 第79页 |
| ·Pseudomonas sp.1-7全RNA的提取 | 第79-80页 |
| ·cDNA第一链的反转录合成 | 第80页 |
| ·RT-PCR | 第80-81页 |
| ·荧光定量PCR | 第81页 |
| ·疑似PNP降解相关基因簇的克隆 | 第81-83页 |
| ·疑似PNP代谢相关基因簇的分析 | 第83页 |
| ·pdcA1原核表达菌株的构建 | 第83-84页 |
| ·pdcA1原核表达与重组蛋白的纯化 | 第84页 |
| ·实验结果与分析 | 第84-95页 |
| ·菌株1-7中总RNA的提取及cDNA的合成 | 第84-85页 |
| ·PNP降解基因簇-1转录谱的分析 | 第85页 |
| ·pdcEAB基因受PNP诱导情况分析 | 第85-87页 |
| ·疑似PNP代谢调控蛋白Lfs的分析 | 第87-88页 |
| ·新的疑似调控蛋白的克隆及分析 | 第88-89页 |
| ·新的PNP降解相关基因簇的克隆及分析 | 第89-92页 |
| ·PNP降解基因簇-2的RT-PCR分析及荧光定量PCR分析 | 第92-93页 |
| ·pdcA1的鉴定与功能分析 | 第93-94页 |
| ·讨论 | 第94-95页 |
| ·本章小结 | 第95-97页 |
| 第七章 Pseudomonas sp.1-7 PNP代谢调控的初步研究 | 第97-114页 |
| ·实验材料 | 第97-101页 |
| ·主要仪器 | 第97页 |
| ·工具酶,引物,试剂及试剂盒 | 第97-98页 |
| ·实验菌株和质粒 | 第98-99页 |
| ·溶液 | 第99页 |
| ·培养基 | 第99-101页 |
| ·实验方法 | 第101-106页 |
| ·常用分子生物学基础实验操作方法 | 第101页 |
| ·Pseudomonas sp.1-7 PNP降解基因簇-2中基因转录单元的确定 | 第101页 |
| ·细菌单杂交诱饵载体的构建 | 第101-102页 |
| ·细菌单杂交报告载体的构建 | 第102页 |
| ·细菌单杂交分析两个调控蛋白与6个启动子之间的相互作用 | 第102页 |
| ·细菌单杂交分析PNP对两个调控蛋白与6个启动子之间相互作用的影响#88 | 第102-103页 |
| ·凝胶阻滞实验(EMSA)分析启动子与调控蛋白间的相互作用 | 第103-105页 |
| ·细菌单杂交实验和EMSA实验中对照的说明 | 第105-106页 |
| ·实验结果与分析 | 第106-113页 |
| ·PNP降解基因簇-2转录单元的确定 | 第106页 |
| ·两条PNP降解相关基因簇中关键基因启动子的分析 | 第106-107页 |
| ·细菌单杂交分析两个调控蛋白与六个启动子之间的相互作用 | 第107-108页 |
| ·PNP对两个调控蛋白与六个启动子之间互作的影响 | 第108页 |
| ·凝胶阻滞分析(EMSA)研究调控蛋白与启动子之间的互作 | 第108-111页 |
| ·两个调控蛋白与6个启动子互作总览 | 第111-112页 |
| ·讨论 | 第112-113页 |
| ·本章小结 | 第113-114页 |
| 第八章 全文结论 | 第114-115页 |
| 参考文献 | 第115-122页 |
| 致谢 | 第122-123页 |
| 作者简历 | 第123页 |
