| 内容提要 | 第4-6页 |
| 中文摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-12页 |
| 英文缩略词表 | 第13-14页 |
| 目录 | 第14-19页 |
| 第1章 绪论 | 第19-35页 |
| 1.1 合成生物学概念 | 第19页 |
| 1.2 合成生物学的国内外研究进展 | 第19-22页 |
| 1.2.1 国外研究进展 | 第19-21页 |
| 1.2.2 国内的发展情况 | 第21-22页 |
| 1.3 合成生物学的新技术及问题 | 第22-25页 |
| 1.3.1 DNA 连接技术-利用限制性内切酶 | 第23页 |
| 1.3.2 DNA 拼接技术-利用同源重组 | 第23-25页 |
| 1.3.3 合成中遇到的问题 | 第25页 |
| 1.4 合成生物学在天然产物类药物中的应用 | 第25-28页 |
| 1.4.1 次级代谢产物的生物合成基因簇的异源表达 | 第26页 |
| 1.4.2 对已有的天然产物的生物合成基因簇进行优化加工改造 | 第26-27页 |
| 1.4.3 利用合成生物学致力于开发放线菌的产素能力 | 第27-28页 |
| 1.5 美登素的研究进展 | 第28-33页 |
| 1.5.1 美登素概述 | 第28-29页 |
| 1.5.2 生物活性 | 第29页 |
| 1.5.3 抗肿瘤的作用机制 | 第29-30页 |
| 1.5.4 在抗体偶联药物方面的应用 | 第30-31页 |
| 1.5.5 美登素的合成 | 第31-32页 |
| 1.5.6 安丝菌素的发酵 | 第32-33页 |
| 1.6 本论文的研究目的与意义 | 第33-35页 |
| 第2章 美登木基因组序列分析 | 第35-73页 |
| 2.1 实验材料 | 第36-38页 |
| 2.1.1 菌株、质粒和材料 | 第36页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第36-37页 |
| 2.1.3 主要培养基和溶液的配制 | 第37页 |
| 2.1.4 主要仪器 | 第37-38页 |
| 2.2 实验方法 | 第38-53页 |
| 2.2.1 美登木叶片基因组 DNA 的提取 | 第38页 |
| 2.2.2 美登木叶片的 RNA 提取 | 第38-39页 |
| 2.2.3 DNA 及 RNA 浓度的测定 | 第39页 |
| 2.2.4 引物的设计 | 第39-41页 |
| 2.2.5 PCR 扩增 | 第41页 |
| 2.2.6 PCR 产物分析 | 第41页 |
| 2.2.7 凝胶回收目的片段 | 第41-42页 |
| 2.2.8 目的片段进行 TA 克隆 | 第42-43页 |
| 2.2.9 连接产物转化大肠杆菌 | 第43页 |
| 2.2.10 RNA 完整性的检查 | 第43页 |
| 2.2.11 cDNA 文库构建 | 第43-44页 |
| 2.2.12 cDNA 文库的质量控制 | 第44页 |
| 2.2.13 上机测序 | 第44页 |
| 2.2.14 测序数据及其质量控制 | 第44页 |
| 2.2.15 转录组测序数据组装 | 第44-46页 |
| 2.2.16 转录组测序文库质量评估 | 第46-47页 |
| 2.2.17 Unigene 功能注释 | 第47-48页 |
| 2.2.18 基因结构分析 | 第48-49页 |
| 2.2.19 基因表达量分析 | 第49页 |
| 2.2.20 差异表达分析 | 第49-51页 |
| 2.2.21 差异表达基因功能注释和富集分析 | 第51页 |
| 2.2.22 反转录合成 cDNA | 第51页 |
| 2.2.23 实时荧光定量 PCR（qPCR） | 第51-53页 |
| 2.3 实验结果与讨论 | 第53-70页 |
| 2.3.1 提取的基因组 DNA 及 RNA 浓度的测定 | 第53页 |
| 2.3.2 RNA 完整性的检查 | 第53页 |
| 2.3.3 PCR 扩增 | 第53页 |
| 2.3.4 PCR 测序结果 | 第53-54页 |
| 2.3.5 cDNA 文库的质量控制 | 第54页 |
| 2.3.6 测序数据及其质量控制 | 第54页 |
| 2.3.7 测序碱基质量值 | 第54-55页 |
| 2.3.8 测序数据产出统计 | 第55页 |
| 2.3.9 转录组测序数据组装及统计 | 第55-57页 |
| 2.3.10 转录组测序文库质量评估 | 第57-59页 |
| 2.3.11 Unigene 功能注释 | 第59页 |
| 2.3.12 Unigene 的 COG 功能分类 | 第59-60页 |
| 2.3.13 Unigene 的 GO 分类 | 第60页 |
| 2.3.14 KEGG pathways 分析 | 第60-61页 |
| 2.3.15 基因结构分析 | 第61-63页 |
| 2.3.16 基因表达量分析 | 第63-64页 |
| 2.3.17 差异表达分析 | 第64-66页 |
| 2.3.18 差异表达基因功能注释和富集分析 | 第66-70页 |
| 2.3.19 qRT-PCR 验证转录组测序结果 | 第70页 |
| 2.4 本章小结 | 第70-73页 |
| 第3章 基因敲除与替换载体的构建 | 第73-93页 |
| 3.1 实验材料 | 第73-77页 |
| 3.1.1 菌株和质粒 | 第73-74页 |
| 3.1.2 主要试剂 | 第74-75页 |
| 3.1.3 主要培养基和溶液的配制 | 第75-76页 |
| 3.1.4 主要仪器 | 第76-77页 |
| 3.2 实验方法 | 第77-83页 |
| 3.2.1 asm19 及 asm25 PCR 引物的合成 | 第77页 |
| 3.2.2 束丝放线菌的培养 | 第77页 |
| 3.2.3 放线菌基因组的提取 | 第77-78页 |
| 3.2.4 基因组浓度的测定 | 第78页 |
| 3.2.5 PCR 扩增 | 第78-79页 |
| 3.2.6 PCR 产物分析 | 第79页 |
| 3.2.7 凝胶回收目的片段 | 第79页 |
| 3.2.8 DNA 片段连接 | 第79页 |
| 3.2.9 连接产物转化大肠杆菌 | 第79页 |
| 3.2.10 大肠杆菌电转化感受态细胞的制备及其电转化 | 第79-80页 |
| 3.2.11 DNA 质粒小量提取 | 第80-81页 |
| 3.2.12 DNA 质粒的酶切鉴定 | 第81页 |
| 3.2.13 束丝放线菌 ATCC31565 抗菌谱的研究 | 第81-82页 |
| 3.2.14 大肠杆菌和束丝放线菌的结合转移 | 第82-83页 |
| 3.3 实验结果与讨论 | 第83-91页 |
| 3.3.1 放线菌的培养以及基因组的提取 | 第83页 |
| 3.3.2 束丝放线菌 ATCC31565 抗菌谱的研究 | 第83-84页 |
| 3.3.3 asm19 阻断载体及其突变株的构建 | 第84-86页 |
| 3.3.4 asm25 阻断载体及其突变株的构建 | 第86-89页 |
| 3.3.5 asm19 同源基因的合成 | 第89页 |
| 3.3.6 asm19 同源基因表达载体的构建 | 第89-91页 |
| 3.4 本章小结 | 第91-93页 |
| 第4章 安丝菌素生物合成机制的研究 | 第93-111页 |
| 4.1 实验材料 | 第94-96页 |
| 4.1.1 菌株 | 第94页 |
| 4.1.2 主要试剂 | 第94页 |
| 4.1.3 主要培养基和溶液的配制 | 第94-95页 |
| 4.1.4 主要仪器 | 第95-96页 |
| 4.2 实验方法 | 第96-102页 |
| 4.2.1 斜面培养 | 第96页 |
| 4.2.2 种子培养 | 第96页 |
| 4.2.3 发酵培养 | 第96页 |
| 4.2.4 发酵液中 AP-3 的检测 | 第96-97页 |
| 4.2.5 总 RNA 提取 | 第97-98页 |
| 4.2.6 总 RNA 浓度的检测 | 第98页 |
| 4.2.7 反转录合成 cDNA | 第98-99页 |
| 4.2.8 实时荧光定量 PCR（qPCR） | 第99-101页 |
| 4.2.9 紫外诱变条件的确定 | 第101-102页 |
| 4.3 实验结果与讨论 | 第102-108页 |
| 4.3.1 AP-3 的检测 | 第102-104页 |
| 4.3.2 安丝菌素调控机制研究 | 第104-107页 |
| 4.3.3 安丝菌素的紫外诱变 | 第107-108页 |
| 4.4 本章小结 | 第108-111页 |
| 第5章 安丝菌素和美登木总蛋白相互作用研究 | 第111-121页 |
| 5.1 实验材料 | 第111-114页 |
| 5.1.1 植物材料 | 第111页 |
| 5.1.2 主要试剂 | 第111页 |
| 5.1.3 主要培养基和溶液的配制 | 第111-114页 |
| 5.1.4 主要仪器 | 第114页 |
| 5.2 实验方法 | 第114-117页 |
| 5.2.1 美登木叶片总蛋白的提取-直接提取法 | 第114页 |
| 5.2.2 美登木叶片总蛋白的提取-改良丙酮沉降提取法 | 第114-115页 |
| 5.2.3 美登木总蛋白的浓缩 | 第115页 |
| 5.2.4 美登木总蛋白的 SDS-PAGE 电泳 | 第115页 |
| 5.2.5 BCA 法测定蛋白浓度 | 第115-116页 |
| 5.2.6 美登木总蛋白和 AP-3 的作用 | 第116-117页 |
| 5.2.7 薄层层析色谱 | 第117页 |
| 5.2.8 高效液相色谱法 | 第117页 |
| 5.3 实验结果与讨论 | 第117-119页 |
| 5.3.1 美登木总蛋白的 SDS-PAGE 电泳 | 第117页 |
| 5.3.2 BCA 测定蛋白浓度 | 第117-118页 |
| 5.3.3 薄层层析色谱 | 第118页 |
| 5.3.4 高效液相色谱法 | 第118-119页 |
| 5.4 本章小结 | 第119-121页 |
| 结论 | 第121-123页 |
| 参考文献 | 第123-133页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第133-135页 |
| 致谢 | 第135页 |
