| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 缩略词注释表 | 第11-12页 |
| 前言 | 第12-13页 |
| 第一部分 文献综述 | 第13-24页 |
| 第1章 囊胚玻璃化冷冻研究进展 | 第13-20页 |
| 1.1 玻璃化冷冻的原理及意义 | 第13页 |
| 1.2 胚胎玻璃化冷冻的发展 | 第13-14页 |
| 1.3 玻璃化冷冻的方法 | 第14-17页 |
| 1.3.1 细管法 | 第14-15页 |
| 1.3.2 开放式拉长细管法 | 第15页 |
| 1.3.3 封闭式拉长细管法 | 第15页 |
| 1.3.4 冷冻套管法 | 第15-16页 |
| 1.3.5 冷冻环法 | 第16页 |
| 1.3.6 微滴法 | 第16-17页 |
| 1.3.7 玻璃微细管法 | 第17页 |
| 1.3.8 固体表面玻璃化法 | 第17页 |
| 1.4 冷冻损伤的类型 | 第17-20页 |
| 1.4.1 低温损伤 | 第17-18页 |
| 1.4.2 冰晶的形成 | 第18页 |
| 1.4.3 冷冻保护剂化学毒性的损伤 | 第18-19页 |
| 1.4.4 断裂损伤 | 第19页 |
| 1.4.5 渗透压损伤 | 第19-20页 |
| 第2章 单细胞转录组测序研究进展 | 第20-24页 |
| 2.1 高通量测序 | 第20-21页 |
| 2.2 单细胞转录组分析技术 | 第21页 |
| 2.3 单细胞转录组分析技术在早期胚胎发育机制研究中的应用 | 第21-23页 |
| 2.4 本研究目的及意义 | 第23-24页 |
| 第二部分 实验研究 | 第24-59页 |
| 第3章 犏牛胚胎的体外生产 | 第24-32页 |
| 3.1 材料与方法 | 第24-28页 |
| 3.1.1 卵巢与冻精来源 | 第24页 |
| 3.1.2 试剂与耗材 | 第24-25页 |
| 3.1.3 主要仪器设备 | 第25页 |
| 3.1.4 主要试剂配制 | 第25-26页 |
| 3.1.5 试验设计 | 第26页 |
| 3.1.6 卵丘-卵母细胞复合体的采集 | 第26页 |
| 3.1.7 卵母细胞的体外成熟 | 第26页 |
| 3.1.8 体外受精 | 第26-27页 |
| 3.1.9 胚胎体外培养 | 第27页 |
| 3.1.10 统计分析 | 第27-28页 |
| 3.2 结果 | 第28-29页 |
| 3.2.1 受精前颗粒细胞对犏牛胚胎体外发育的影响 | 第28页 |
| 3.2.2 精卵共孵时间对犏牛胚胎体外发育的影响 | 第28-29页 |
| 3.3 讨论 | 第29-31页 |
| 3.3.1 受精前颗粒细胞对犏牛胚胎体外发育的影响 | 第29页 |
| 3.3.2 精卵共孵时间对犏牛胚胎体外发育的影响 | 第29-31页 |
| 3.4 小结 | 第31-32页 |
| 第4章 犏牛囊胚玻璃化冷冻前后转录组比较分析 | 第32-59页 |
| 4.1 材料与方法 | 第32-38页 |
| 4.1.1 试剂与耗材 | 第32页 |
| 4.1.2 犏牛胚胎的体外生产 | 第32页 |
| 4.1.3 犏牛囊胚玻璃化冷冻 | 第32-33页 |
| 4.1.4 犏牛囊胚玻璃化解冻 | 第33页 |
| 4.1.5 冷冻前后囊胚的收集 | 第33-34页 |
| 4.1.6 转录组扩增及产物cDNA检测 | 第34页 |
| 4.1.7 转录组文库构建 | 第34-35页 |
| 4.1.8 转录组文库质检 | 第35页 |
| 4.1.9 转录组库成簇与测序 | 第35-36页 |
| 4.1.10 数据过滤 | 第36页 |
| 4.1.11 测序评估 | 第36页 |
| 4.1.12 与参考基因比对 | 第36页 |
| 4.1.13 基因表达量估计 | 第36-37页 |
| 4.1.14 基因差异表达分析 | 第37页 |
| 4.1.15 差异表达基因的GO统计 | 第37页 |
| 4.1.16 差异基因的Pathway显著性富集分析 | 第37页 |
| 4.1.17 可变剪切分析 | 第37页 |
| 4.1.18 SNP分析 | 第37-38页 |
| 4.1.19 差异表达基因的RT-qPCR验证 | 第38页 |
| 4.2 结果 | 第38-52页 |
| 4.2.1 测序产量统计 | 第38-39页 |
| 4.2.2 测序质量评估 | 第39-40页 |
| 4.2.3 测序饱和度分析 | 第40-41页 |
| 4.2.4 测序随机性分析 | 第41页 |
| 4.2.5 测序结果比对统计 | 第41-42页 |
| 4.2.6 基因差异表达分析 | 第42-43页 |
| 4.2.7 差异基因的GO功能分析 | 第43-47页 |
| 4.2.8 差异基因KEGG通路分析 | 第47-49页 |
| 4.2.9 可变剪切分析 | 第49-50页 |
| 4.2.10 SNP分析 | 第50-51页 |
| 4.2.11 差异表达基因的RT-qPCR验证 | 第51-52页 |
| 4.3 讨论 | 第52-58页 |
| 4.3.1 转录组测序质量评估及比对分析 | 第52-53页 |
| 4.3.2 差异表达基因功能分析 | 第53-57页 |
| 4.3.3 可变剪切和SNP分析 | 第57-58页 |
| 4.4 小结 | 第58-59页 |
| 结论 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-68页 |
| 附录：研究生阶段发表的论文 | 第68-69页 |
| 致谢 | 第69页 |
