| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 前言 | 第12-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-24页 |
| 1.1 遗传多样性研究方法 | 第13-16页 |
| 1.1.1 核DNA多态性标记 | 第13-14页 |
| 1.1.2 线粒体DNA标记 | 第14-16页 |
| 1.1.3 全基因组测序 | 第16页 |
| 1.2 第一代测序技术 | 第16-17页 |
| 1.3 第二代测序技术 | 第17-18页 |
| 1.3.1 焦磷酸测序Roche/454 FLX | 第17-18页 |
| 1.3.2 Illumina/Solexa技术 | 第18页 |
| 1.3.3 SOLID技术 | 第18页 |
| 1.4 第三代测序技术 | 第18-21页 |
| 1.4.1 SMS和SMRT技术 | 第19-20页 |
| 1.4.2 纳米孔测序 | 第20页 |
| 1.4.3 第三代测序技术的应用 | 第20-21页 |
| 1.5 单细胞测序技术 | 第21-24页 |
| 1.5.1 单细胞分离 | 第21-22页 |
| 1.5.2 全基因组扩增（WGA) | 第22页 |
| 1.5.3 单细胞基因组测序应用 | 第22-24页 |
| 第二章 三江黄牛全基因组遗传多样性分析 | 第24-35页 |
| 2.1 材料与方法 | 第24-25页 |
| 2.1.1 供试材料 | 第24页 |
| 2.1.2 DNA文库的构建及测序 | 第24页 |
| 2.1.3 测序数据的质量控制和数据过滤 | 第24-25页 |
| 2.1.4 基因组数据组装和测序数据处理 | 第25页 |
| 2.2 结果与分析 | 第25-32页 |
| 2.2.1 净数据 | 第25-26页 |
| 2.2.2 染色体测序深度和覆盖度 | 第26-27页 |
| 2.2.3 GC含量 | 第27页 |
| 2.2.4 SNP检测 | 第27-29页 |
| 2.2.5 Indel检测 | 第29-31页 |
| 2.2.6 基因组的杂合度和群体核苷酸多样性指数 | 第31页 |
| 2.2.7 基因组Tajima'D和theta W指数 | 第31-32页 |
| 2.3 讨论 | 第32-35页 |
| 2.3.1 测序初数据分析 | 第32-33页 |
| 2.3.2 SNP和InDels数量差异分析 | 第33页 |
| 2.3.3 基因注释分析 | 第33-35页 |
| 第三章 三江黄牛的RAPD遗传多样性研究 | 第35-41页 |
| 3.1 材料与方法 | 第35-36页 |
| 3.1.1 供试材料 | 第35页 |
| 3.1.2 总DNA的提取 | 第35页 |
| 3.1.3 引物序列及合成 | 第35页 |
| 3.1.4 PCR扩增 | 第35-36页 |
| 3.1.5 谱带分析及数据统计处理 | 第36页 |
| 3.2 结果与分析 | 第36-39页 |
| 3.2.1 RAPD-PCR扩增结果 | 第36-38页 |
| 3.2.2 三江黄牛的RAPD遗传多样性 | 第38-39页 |
| 3.3 讨论 | 第39-41页 |
| 3.3.1 RAPD技术 | 第39-40页 |
| 3.3.2 遗传多样性分析 | 第40-41页 |
| 第四章 三江黄牛的ZFY基因遗传多样性研究 | 第41-50页 |
| 4.1 材料与方法 | 第41-43页 |
| 4.1.1 供试材料 | 第41-42页 |
| 4.1.2 总DNA的提取 | 第42页 |
| 4.1.3 引物序列及合成 | 第42页 |
| 4.1.4 PCR扩增 | 第42页 |
| 4.1.5 克隆及测序 | 第42-43页 |
| 4.1.6 牛亚科代表物种ZFY | 第43页 |
| 4.1.7 数据的处理 | 第43页 |
| 4.2 结果与分析 | 第43-48页 |
| 4.2.1 三江黄牛ZFY基因的PCR扩增 | 第43-44页 |
| 4.2.2 三江黄牛ZFX/ZFY基因的一致性比对 | 第44-45页 |
| 4.2.3 三江黄牛ZFY基因的遗传多样性 | 第45-46页 |
| 4.2.4 三江黄牛与其他牛种的遗传距离及系统进化分析 | 第46-48页 |
| 4.3 讨论 | 第48-50页 |
| 结论 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-64页 |
| 附录一：主要实验试剂、仪器与分析软件 | 第64-66页 |
| 附录二：硕士研究生期间参与的科研活动 | 第66-67页 |
| 致谢 | 第67页 |
