| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第1章 绪论 | 第12-24页 |
| 1.1 新药研究与开发 | 第12-14页 |
| 1.2 计算机辅助药物设计方法 | 第14-17页 |
| 1.2.1 基于配体的药物设计方法 | 第15-16页 |
| 1.2.2 基于受体的药物设计方法 | 第16-17页 |
| 1.3 研究受体与配体相互作用的主要方法 | 第17-19页 |
| 1.3.1 分子对接 | 第18页 |
| 1.3.2 分子动力学 | 第18-19页 |
| 1.3.3 结合自由能计算 | 第19页 |
| 1.4 HIV-1 整合酶药物设计的意义 | 第19-21页 |
| 1.5 论文主要研究内容 | 第21-24页 |
| 第2章 理论与计算方法 | 第24-46页 |
| 2.1 分子力场 | 第24-29页 |
| 2.2 分子对接方法 | 第29-36页 |
| 2.2.1 互补匹配原则 | 第29-30页 |
| 2.2.2 构象搜索算法 | 第30-33页 |
| 2.2.3 构象打分函数 | 第33-35页 |
| 2.2.4 典型的分子对接软件 | 第35-36页 |
| 2.3 分子动力学模拟方法 | 第36-40页 |
| 2.3.1 基本原理 | 第36-38页 |
| 2.3.2 主要算法 | 第38-40页 |
| 2.4 结合自由能计算方法 | 第40-44页 |
| 2.4.1 受体-配体结合的亲和力 | 第40-41页 |
| 2.4.2 线性相互作用能的结合自由能计算方法 | 第41-44页 |
| 2.5 本章小结 | 第44-46页 |
| 第3章 HIV-1 整合酶及其抑制剂的研究进展 | 第46-60页 |
| 3.1 HIV-1 整合酶结构与功能 | 第46-50页 |
| 3.2 HIV-1 整合酶抑制剂研究进展 | 第50-57页 |
| 3.2.1 HIV-1 整合酶的作用靶点 | 第50-51页 |
| 3.2.2 HIV-1 整合酶抑制剂的分类 | 第51-57页 |
| 3.3 HIV-1 整合酶与DNA 相互作用研究进展 | 第57-58页 |
| 3.4 本章小结 | 第58-60页 |
| 第4章 蛋白质-DNA 相互作用研究进展 | 第60-68页 |
| 4.1 蛋白质-DNA 相互作用模式 | 第60-64页 |
| 4.1.1 蛋白质-DNA 相互作用的分子基础 | 第60-62页 |
| 4.1.2 蛋白质中的 DNA 结合基序 | 第62-64页 |
| 4.2 研究蛋白质-DNA 相互作用的实验方法 | 第64-66页 |
| 4.3 研究蛋白质-DNA 相互作用的计算模拟方法 | 第66-67页 |
| 4.4 本章小结 | 第67-68页 |
| 第5章 用分子模拟方法研究HIV-1整合酶与咖啡酰基类抑制剂的相互作用 | 第68-82页 |
| 5.1 概述 | 第68-70页 |
| 5.2 模型与计算方法 | 第70-73页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第73-79页 |
| 5.4 本章小结 | 第79-82页 |
| 第6章 用分子对接方法研究HIV-1 整合酶与病毒DNA 的相互作用 | 第82-96页 |
| 6.1 概述 | 第82-83页 |
| 6.2 模型与计算方法 | 第83-87页 |
| 6.3 结果与讨论 | 第87-93页 |
| 6.4 本章小结 | 第93-96页 |
| 第7章 HIV-1 整合酶对其抑制剂S-1360 的耐药性研究 | 第96-106页 |
| 7.1 概述 | 第96-98页 |
| 7.2 模型与计算方法 | 第98-99页 |
| 7.3 结果与讨论 | 第99-104页 |
| 7.4 本章小结 | 第104-106页 |
| 结论 | 第106-108页 |
| 参考文献 | 第108-120页 |
| 攻读硕士学位期间所发表的学术论文 | 第120-122页 |
| 致谢 | 第122页 |
