鲤鱼肌肉脂肪性状相关基因筛选及功能研究
| 摘要 | 第10-12页 |
| 英文摘要 | 第12-14页 |
| 第一章 前言 | 第15-27页 |
| 1 鲤鱼基因组资源开发研究现状 | 第15-19页 |
| 1.1 分子标记与遗传图谱 | 第15页 |
| 1.2 重要经济性状QTL定位 | 第15-18页 |
| 1.2.1 生长性状 | 第16-17页 |
| 1.2.2 饲料转化率 | 第17页 |
| 1.2.3 肌肉品质性状 | 第17-18页 |
| 1.2.4 肌间刺 | 第18页 |
| 1.3 全基因组测序 | 第18-19页 |
| 2 鱼类脂肪性状相关基因研究进展 | 第19-23页 |
| 2.1 脂肪酸合成酶基因 | 第19-20页 |
| 2.2 脂蛋白脂肪酶基因 | 第20-21页 |
| 2.3 乙酰辅酶A羧化酶基因 | 第21页 |
| 2.4 激素敏感脂肪酶基因 | 第21页 |
| 2.5 脂肪酸结合蛋白基因 | 第21-22页 |
| 2.6 过氧化物酶体增殖物激活受体基因 | 第22-23页 |
| 3 全基因组关联分析及其在鱼类中应用 | 第23-24页 |
| 4 CRISPR/Cas系统及其应用 | 第24-25页 |
| 5 本研究的目的意义 | 第25-27页 |
| 第二章 鲤鱼肌肉脂肪性状全基因组关联分析 | 第27-48页 |
| 1 引言 | 第27页 |
| 2 实验材料 | 第27-29页 |
| 2.1 鲤鱼家系构建 | 第27-28页 |
| 2.2 家系亲子鉴定 | 第28页 |
| 2.3 DNA样本制备 | 第28-29页 |
| 3 实验方法 | 第29-30页 |
| 3.1 肌肉脂肪性状测定 | 第29页 |
| 3.2 SNP分型数据质量控制 | 第29-30页 |
| 3.3 全基因组关联分析 | 第30页 |
| 3.4 候选基因挖掘 | 第30页 |
| 3.5 基因荧光定量PCR | 第30页 |
| 4 结果与分析 | 第30-44页 |
| 4.1 家系亲子鉴定 | 第30-31页 |
| 4.2 肌肉脂肪性状的表型分析 | 第31-33页 |
| 4.3 SNP分型及质量控制 | 第33-35页 |
| 4.4 脂肪酸GWAS结果 | 第35-39页 |
| 4.5 脂肪含量GWAS结果 | 第39-42页 |
| 4.6 基因荧光定量PCR结果 | 第42-44页 |
| 5 讨论 | 第44-46页 |
| 5.1 全基因组关联分析 | 第44-45页 |
| 5.2 候选基因分析 | 第45-46页 |
| 5.3 候选基因定量表达分析 | 第46页 |
| 6 本章小结 | 第46-48页 |
| 第三章 候选基因多态性与肌肉脂肪性状的相关性研究 | 第48-69页 |
| 1 引言 | 第48页 |
| 2 实验材料 | 第48-49页 |
| 2.1 实验鱼及样本采集 | 第48页 |
| 2.2 主要仪器和试剂 | 第48-49页 |
| 3 实验方法 | 第49-53页 |
| 3.1 总RNA提取及质量控制 | 第49页 |
| 3.2 RNA反转录 | 第49-50页 |
| 3.3 cDNA第一链合成 | 第50页 |
| 3.4 cDNA核心片段扩增 | 第50-51页 |
| 3.5 基因全长cDNA的克隆 | 第51页 |
| 3.6 全长cDNA拼接及序列分析 | 第51-52页 |
| 3.7 基因荧光定量PCR | 第52页 |
| 3.8 基因多态性位点鉴别 | 第52页 |
| 3.9 基因多态性位点群体关联分析 | 第52-53页 |
| 4 结果与分析 | 第53-66页 |
| 4.1 基因全长cDNA序列 | 第53-54页 |
| 4.2 氨基酸序列同源性分析 | 第54-55页 |
| 4.3 基因进化分析 | 第55-57页 |
| 4.4 蛋白结构和生物学分析 | 第57-61页 |
| 4.4.1 FASN蛋白分析 | 第57-58页 |
| 4.4.2 LPL蛋白分析 | 第58-61页 |
| 4.5 基因在不同组织中的表达情况 | 第61页 |
| 4.6 基因在不同发育阶段的表达情况 | 第61-63页 |
| 4.7 基因多态性位点鉴别 | 第63-64页 |
| 4.8 基因多态位点群体关联分析 | 第64-66页 |
| 5 讨论 | 第66-68页 |
| 5.1 基因的克隆和表达分析 | 第66-67页 |
| 5.2 基因多态性与性状关联分析 | 第67-68页 |
| 6 本章小结 | 第68-69页 |
| 第四章 LPL基因敲除对斑马鱼肌肉脂肪沉积的影响 | 第69-86页 |
| 1 引言 | 第69页 |
| 2 实验材料 | 第69-70页 |
| 2.1 实验鱼 | 第69-70页 |
| 2.2 质粒 | 第70页 |
| 3 实验方法 | 第70-74页 |
| 3.1 基因敲除靶位点设计 | 第70页 |
| 3.2 g RNA制备 | 第70-71页 |
| 3.3 g RNA体外转录 | 第71-72页 |
| 3.4 Cas9质粒体外转录 | 第72页 |
| 3.5 受精卵显微注射 | 第72页 |
| 3.6 突变率检测 | 第72-73页 |
| 3.7 突变F0筛选 | 第73页 |
| 3.8 斑马鱼突变纯合系构建 | 第73页 |
| 3.9 基因突变个体表型鉴定 | 第73-74页 |
| 3.10 LPL所在调控通路基因表达水平检测 | 第74页 |
| 4 结果与分析 | 第74-83页 |
| 4.1 g RNA靶位点选择及载体构建 | 第74-75页 |
| 4.2 基因敲除效率 | 第75-76页 |
| 4.3 斑马鱼LPL杂合突变F_1筛选 | 第76-77页 |
| 4.4 斑马鱼LPL纯合突变系的获得 | 第77-79页 |
| 4.5 突变位点序列及编码氨基酸分析 | 第79-81页 |
| 4.6 LPL基因突变对斑马鱼表型的影响 | 第81页 |
| 4.7 LPL基因突变对通路中其他基因表达的影响 | 第81-83页 |
| 5 讨论 | 第83-84页 |
| 6 本章小结 | 第84-86页 |
| 第五章 结论 | 第86-87页 |
| 1 主要结果 | 第86页 |
| 2 本研究的创新点 | 第86页 |
| 3 下一步工作 | 第86-87页 |
| 致谢 | 第87-88页 |
| 参考文献 | 第88-105页 |
| 附录 | 第105-111页 |
| 攻读博士期间发表的学术论文 | 第111页 |
