| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5页 |
| 第一章 绪论 | 第9-25页 |
| 1.1 引言 | 第9页 |
| 1.2 DNA粗粒化模型综述 | 第9-13页 |
| 1.3 DNA的热力学转变 | 第13-14页 |
| 1.4 DNA在纳米技术中的应用 | 第14-17页 |
| 1.4.1 Toehold exchange | 第14-15页 |
| 1.4.2 单点变异问题 | 第15-16页 |
| 1.4.3 DNA水凝胶体系 | 第16-17页 |
| 1.5 高级抽样方法概述 | 第17-21页 |
| 1.5.1 副本交换算法（replica exchange method） | 第17-18页 |
| 1.5.2 伞形抽样算法（umbrella sampling method） | 第18-19页 |
| 1.5.3 窗口采样算法 | 第19页 |
| 1.5.4 Metadynamics算法 | 第19-20页 |
| 1.5.5 Wang-Landau算法 | 第20页 |
| 1.5.6 转移路径抽样算法（Transition Path Sampling） | 第20-21页 |
| 1.6 权重柱方图分析方法（WHAM） | 第21-24页 |
| 1.6.1 反应坐标偏倚 | 第21-22页 |
| 1.6.2 温度偏倚 | 第22-23页 |
| 1.6.3 计算热容 | 第23页 |
| 1.6.4 虚拟力场方法（Virtual Force Field） | 第23-24页 |
| 1.7 论文选题及意义 | 第24-25页 |
| 第二章 受限空间下短链DNA的熔解复性热力学转变研究 | 第25-47页 |
| 2.1 引言 | 第25-27页 |
| 2.2 模型与方法 | 第27-32页 |
| 2.2.1 3SPN.1 粗粒化模型以及模拟方案 | 第27-30页 |
| 2.2.2 WHAM方法 | 第30-32页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第32-46页 |
| 2.4 本章小结 | 第46-47页 |
| 第三章 DNA催组装体系中toehold交换机理 | 第47-69页 |
| 3.1 引言 | 第47-48页 |
| 3.2 模型与方法 | 第48-62页 |
| 3.2.1 1SPN粗粒化DNA模型的构建 | 第48-54页 |
| 3.2.2 金纳米粒子模型的构建 | 第54-58页 |
| 3.2.3 权重柱方图分析方法（WHAM） | 第58-60页 |
| 3.2.4 模拟方案 | 第60-62页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第62-67页 |
| 3.4 本章小结 | 第67-69页 |
| 第四章 DNA单核苷酸多样性(SNP)的检测机理 | 第69-88页 |
| 4.1 引言 | 第69页 |
| 4.2 模型与方法 | 第69-74页 |
| 4.2.1 实际变异点模型 | 第69-70页 |
| 4.2.2 虚拟力场方法（Virtual Force Field） | 第70-72页 |
| 4.2.3 权重柱方图分析方法（WHAM） | 第72-73页 |
| 4.2.4 IEL模型（Intuitive Energy Landscape） | 第73-74页 |
| 4.2.5 最小能量路径搜索算法（Minimum Energy Path） | 第74页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第74-86页 |
| 4.3.1 不同位点变异的势能面 | 第74-80页 |
| 4.3.2 BRCA1基因单点变异前后的替换反应势能面 | 第80-83页 |
| 4.3.3 碱基变异影响下的替换动力学性质 | 第83-86页 |
| 4.4 本章小结 | 第86-88页 |
| 第五章 DNA水凝胶网络及其组装单元的形成路径 | 第88-102页 |
| 5.1 引言 | 第88页 |
| 5.2 模型与方法 | 第88-91页 |
| 5.2.1 Y型与X型水凝胶组装单元模型 | 第89页 |
| 5.2.2 模拟方案 | 第89-90页 |
| 5.2.3 支化DNA的形成路径 | 第90-91页 |
| 5.2.4 改进的退火型MEP搜索算法 | 第91页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第91-101页 |
| 5.3.1 Y型支化DNA的形成路径 | 第91-93页 |
| 5.3.2 X型支化DNA的形成路径 | 第93-98页 |
| 5.3.3 DNA水凝胶网络的形成过程 | 第98-101页 |
| 5.4 本章小结 | 第101-102页 |
| 第六章 结论与展望 | 第102-104页 |
| 6.1 结论 | 第102-103页 |
| 6.2 创新点 | 第103页 |
| 6.3 展望 | 第103-104页 |
| 参考文献 | 第104-114页 |
| 攻读博士期间发表论文和参加科研情况说明 | 第114-115页 |
| 附录 | 第115-117页 |
| 致谢 | 第117-118页 |
