摘要 | 第6-8页 |
abstract | 第8-9页 |
第一章 文献综述 | 第13-30页 |
1 DNA甲基化研究进展 | 第13-21页 |
1.1 DNA甲基化 | 第13-14页 |
1.2 DNA甲基化转移酶 | 第14页 |
1.3 DNA去甲基化 | 第14-15页 |
1.4 DNA甲基化与肿瘤 | 第15-17页 |
1.5 DNA甲基化的研究方法 | 第17-21页 |
2 UHRF1的研究进展 | 第21-29页 |
2.1 UHRF1的发现与命名 | 第21页 |
2.2 UHRF1的结构域 | 第21-24页 |
2.3 UHRF1与DNA甲基化 | 第24-25页 |
2.4 UHRF1与肿瘤的发病机理 | 第25-28页 |
2.5 UHRF1可能作为病人诊断和预后的生物标记 | 第28-29页 |
3 本研究的目的和意义 | 第29-30页 |
第二章 实验材料与方法 | 第30-50页 |
1 实验材料 | 第30-34页 |
1.1 质粒 | 第30页 |
1.2 抗体 | 第30页 |
1.3 细胞株 | 第30页 |
1.4 实验试剂或试剂盒 | 第30-31页 |
1.5 实验仪器 | 第31页 |
1.6 溶液配制 | 第31-33页 |
1.7 引物序列 | 第33-34页 |
2 实验方法 | 第34-48页 |
2.1 细胞复苏 | 第34页 |
2.2 细胞培养 | 第34页 |
2.3 细胞传代 | 第34-35页 |
2.4 细胞冻存 | 第35页 |
2.5 细胞转染 | 第35-36页 |
2.6 稳定细胞系的构建 | 第36-38页 |
2.7 细胞免疫染色(以24孔板为例) | 第38-39页 |
2.8 蛋白免疫印迹(Western blot) | 第39-42页 |
2.9 细胞流式分析仪检测细胞周期(以6孔板为例) | 第42页 |
2.10 细胞基因组DNA提取 | 第42-43页 |
2.11 重亚硫酸氢盐克隆测序 | 第43-44页 |
2.12 染色质免疫共沉淀(ChIP,以10cm dish、贴壁细胞为例) | 第44-45页 |
2.13 ChIP-qPCR | 第45页 |
2.14 ChIP-BS-seq文库构建 | 第45-48页 |
3 二代测序数据分析 | 第48-50页 |
3.1 实验所用的数据库资源 | 第48页 |
3.2 实验所用软件 | 第48页 |
3.3 UHRF1结合染色体位置及DNA甲基化状态的计算 | 第48-50页 |
第三章 实验结果 | 第50-71页 |
1 A549过表达UHRF1稳定细胞系的建立 | 第50-52页 |
2 ChIP-BS-seq实验方法的建立 | 第52-56页 |
3 UHRF1蛋白在染色体上的结合位置及其特异性结合的序列特征 | 第56-63页 |
3.1 UHRF1蛋白广泛结合在基因组中 | 第56-57页 |
3.2 UHRF1蛋白倾向于结合在3’UTR、外显子、启动子和重复序列处 | 第57-60页 |
3.3 UHRF1蛋白倾向于结合在CpG含量高的DNA序列区域 | 第60-63页 |
4 UHRF1蛋白在染色体上结合序列的DNA甲基化状态 | 第63-71页 |
4.1 UHRF1蛋白结合在DNA甲基化水平较高的染色体序列上 | 第63-67页 |
4.2 UHRF1蛋白结合序列的DNA甲基化水平符合DNA甲基化维持功能的特征 | 第67-70页 |
4.3 UHRF1蛋白结合序列与H3K9me3的富集区域相一致 | 第70-71页 |
第四章 讨论 | 第71-75页 |
1 ChIP-BS-seq(Chromatin Immunoprecipitation Followed by BisulfiteSequencing)实验方法的研究 | 第71-72页 |
2 UHRF1蛋白在染色体上的结合位置及其DNA甲基化状态 | 第72-75页 |
攻读学位期间待发表论文 | 第75-76页 |
参考文献 | 第76-87页 |
致谢 | 第87页 |