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染色体免疫共沉淀结合重亚硫酸氢盐测序技术分析UHRF1在肿瘤细胞中结合DNA序列的特征

摘要第6-8页
abstract第8-9页
第一章 文献综述第13-30页
    1 DNA甲基化研究进展第13-21页
        1.1 DNA甲基化第13-14页
        1.2 DNA甲基化转移酶第14页
        1.3 DNA去甲基化第14-15页
        1.4 DNA甲基化与肿瘤第15-17页
        1.5 DNA甲基化的研究方法第17-21页
    2 UHRF1的研究进展第21-29页
        2.1 UHRF1的发现与命名第21页
        2.2 UHRF1的结构域第21-24页
        2.3 UHRF1与DNA甲基化第24-25页
        2.4 UHRF1与肿瘤的发病机理第25-28页
        2.5 UHRF1可能作为病人诊断和预后的生物标记第28-29页
    3 本研究的目的和意义第29-30页
第二章 实验材料与方法第30-50页
    1 实验材料第30-34页
        1.1 质粒第30页
        1.2 抗体第30页
        1.3 细胞株第30页
        1.4 实验试剂或试剂盒第30-31页
        1.5 实验仪器第31页
        1.6 溶液配制第31-33页
        1.7 引物序列第33-34页
    2 实验方法第34-48页
        2.1 细胞复苏第34页
        2.2 细胞培养第34页
        2.3 细胞传代第34-35页
        2.4 细胞冻存第35页
        2.5 细胞转染第35-36页
        2.6 稳定细胞系的构建第36-38页
        2.7 细胞免疫染色(以24孔板为例)第38-39页
        2.8 蛋白免疫印迹(Western blot)第39-42页
        2.9 细胞流式分析仪检测细胞周期(以6孔板为例)第42页
        2.10 细胞基因组DNA提取第42-43页
        2.11 重亚硫酸氢盐克隆测序第43-44页
        2.12 染色质免疫共沉淀(ChIP,以10cm dish、贴壁细胞为例)第44-45页
        2.13 ChIP-qPCR第45页
        2.14 ChIP-BS-seq文库构建第45-48页
    3 二代测序数据分析第48-50页
        3.1 实验所用的数据库资源第48页
        3.2 实验所用软件第48页
        3.3 UHRF1结合染色体位置及DNA甲基化状态的计算第48-50页
第三章 实验结果第50-71页
    1 A549过表达UHRF1稳定细胞系的建立第50-52页
    2 ChIP-BS-seq实验方法的建立第52-56页
    3 UHRF1蛋白在染色体上的结合位置及其特异性结合的序列特征第56-63页
        3.1 UHRF1蛋白广泛结合在基因组中第56-57页
        3.2 UHRF1蛋白倾向于结合在3’UTR、外显子、启动子和重复序列处第57-60页
        3.3 UHRF1蛋白倾向于结合在CpG含量高的DNA序列区域第60-63页
    4 UHRF1蛋白在染色体上结合序列的DNA甲基化状态第63-71页
        4.1 UHRF1蛋白结合在DNA甲基化水平较高的染色体序列上第63-67页
        4.2 UHRF1蛋白结合序列的DNA甲基化水平符合DNA甲基化维持功能的特征第67-70页
        4.3 UHRF1蛋白结合序列与H3K9me3的富集区域相一致第70-71页
第四章 讨论第71-75页
    1 ChIP-BS-seq(Chromatin Immunoprecipitation Followed by BisulfiteSequencing)实验方法的研究第71-72页
    2 UHRF1蛋白在染色体上的结合位置及其DNA甲基化状态第72-75页
攻读学位期间待发表论文第75-76页
参考文献第76-87页
致谢第87页

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