| 摘要 | 第1-15页 |
| Abstract | 第15-17页 |
| 1 前言 | 第17-43页 |
| ·海洋石油污染的生物修复 | 第17-20页 |
| ·海洋石油污染的现状和危害 | 第17-18页 |
| ·石油进入海洋后的行为和归宿 | 第18-19页 |
| ·生物修复在海洋石油污染治理中的应用 | 第19-20页 |
| ·微生物分子生态学研究方法 | 第20-26页 |
| ·微生物多样性研究的传统方法 | 第20页 |
| ·微生物多样性研究的现代方法 | 第20-21页 |
| ·分子生物学技术在海洋微生物多样性研究中的应用 | 第21-26页 |
| ·海洋石油烃降解微生物及其多样性 | 第26-30页 |
| ·海洋石油烃降解微生物的研究进展 | 第26-28页 |
| ·咸水球形菌(salinisphaera)的研究概况 | 第28-30页 |
| ·细菌的分类与鉴定 | 第30-35页 |
| ·形态学和生理生化特征 | 第31页 |
| ·16S rRNA 序列分析 | 第31-32页 |
| ·促旋酶(gyrase)的 B 亚单位基因gyrB 在细菌分类中的应用 | 第32-33页 |
| ·脂肪酸分析在细菌鉴定中的应用 | 第33页 |
| ·DNA 碱基比例（G+C mol%） | 第33-34页 |
| ·DNA-DNA 杂交 | 第34-35页 |
| ·烷烃羟化酶的研究进展 | 第35-40页 |
| ·烷烃羟化酶催化底物降解途径的多样性 | 第35-36页 |
| ·烷烃羟化酶系统的多样性及其催化机理 | 第36-38页 |
| ·膜结合的烷烃羟化酶（AlkB）的研究进展 | 第38页 |
| ·细胞色素P450 烷烃羟化酶的研究进展 | 第38-40页 |
| ·长链烷烃单加氧酶（almA，LadA）的研究进展 | 第40页 |
| ·微生物基因组学研究进展 | 第40-41页 |
| ·微生物基因组测序进展 | 第40-41页 |
| ·海洋环境及微生物基因组学研究进展 | 第41页 |
| ·本文的研究目的及意义 | 第41-43页 |
| 2 材料与方法 | 第43-67页 |
| ·材料 | 第43-47页 |
| ·样品来源 | 第43页 |
| ·试剂和药品 | 第43-44页 |
| ·分子生物学用酶 | 第44页 |
| ·分子生物学试剂盒和试剂条 | 第44页 |
| ·主要仪器 | 第44-45页 |
| ·本研究中使用的培养基和溶液 | 第45-46页 |
| ·本研究中使用的引物 | 第46-47页 |
| ·分析软件 | 第47页 |
| ·基本方法 | 第47-51页 |
| ·细菌单菌DNA 的提取 | 第47-48页 |
| ·感受态细胞的制备 | 第48-49页 |
| ·PCR 反应体系 | 第49页 |
| ·PCR 扩增程序 | 第49页 |
| ·PCR 产物纯化 | 第49-50页 |
| ·琼脂糖凝胶上的DNA 片段的回收 | 第50页 |
| ·连接反应 | 第50-51页 |
| ·质粒的化学转化 | 第51页 |
| ·菌落PCR | 第51页 |
| ·海洋石油降解菌的富集、分离和鉴定 | 第51-57页 |
| ·筛选培养基、石油降解菌的富集和筛选 | 第51-52页 |
| ·16S rDNA 的鉴定与系统发育树的构建 | 第52页 |
| ·一株烷烃降解菌F44-8 的系统分类与鉴定 | 第52-57页 |
| ·咸水球形菌（Salinisphaera）烷烃羟化酶（alkB）基因的克隆及其系统进化关系的分析 | 第57-61页 |
| ·菌株的选择和培养 | 第57-58页 |
| ·生理生化特性的测定 | 第58页 |
| ·16S rRNA 基因和看家基因gyrB 的PCR 扩增与测序 | 第58页 |
| ·BOX-PCR 扩增与分析 | 第58页 |
| ·烷烃羟化酶（alkB）基因的扩增与测序 | 第58-59页 |
| ·烷烃降解能力的定性和定量分析 | 第59-61页 |
| ·Salinisphaera sp. C84B14 基因组测序及功能基因的初步分析 | 第61-67页 |
| ·基因组DNA 的制备与测序 | 第61-63页 |
| ·菌株的诱导培养条件 | 第63页 |
| ·总RNA 的抽提及纯化 | 第63-64页 |
| ·RT-PCR（Reverse transcript PCR） | 第64-67页 |
| 3 结果与讨论 | 第67-116页 |
| ·北部湾石油降解菌的富集、分离、鉴定及其多样性分析 | 第67-79页 |
| ·北部湾沉积物石油降解菌的富集、分离和鉴定 | 第67-77页 |
| ·降解菌群中可培养菌的分离及鉴定 | 第67页 |
| ·17 个油降解菌群中可培养菌的组成 | 第67-72页 |
| ·降解菌群中可培养菌株的系统进化分析 | 第72-75页 |
| ·常见细菌在各个菌群中的分布 | 第75-76页 |
| ·可能的细菌新种 | 第76-77页 |
| ·讨论 | 第77-79页 |
| ·一株烷烃降解菌F44-8 的系统分类与鉴定 | 第79-88页 |
| ·结果与分析 | 第79-87页 |
| ·菌株的分离 | 第79页 |
| ·16S rDNA 的序列比较分析 | 第79-80页 |
| ·新菌的表型分析 | 第80-82页 |
| ·新菌的生理生化特性的分析 | 第82-83页 |
| ·G+C mol%含量 | 第83页 |
| ·脂肪酸组成分析 | 第83-86页 |
| ·菌株 F44-8T 醌成分分析 | 第86页 |
| ·烷烃利用范围的定性分析 | 第86页 |
| ·F44-8T 新种的描述 | 第86-87页 |
| ·讨论 | 第87-88页 |
| ·咸水球形菌(Salinisphaera)烷烃羟化酶(alkB)基因的克隆及 其系统进化关系的分析 | 第88-104页 |
| ·结果与讨论 | 第88-102页 |
| ·菌株的选择及培养 | 第88-89页 |
| ·12 株咸水球形菌(Salinisphaera)和三株模式种的生理生化特性的比较分 析 | 第89-91页 |
| ·以16S rDNA 序列为基础的系统进化分析 | 第91-93页 |
| ·以看家基因gyrB 为基础的系统进化分析 | 第93-95页 |
| ·以BOX-PCR 为基础的比较分析 | 第95-97页 |
| ·以烷烃羟化酶(alkB)基因为基础的多样性分析 | 第97-100页 |
| ·烷烃降解能力的定性和定量分析 | 第100-102页 |
| ·讨论 | 第102-104页 |
| ·Salinisphaera sp. C84B14 功能基因的初步分析 | 第104-116页 |
| ·结果与讨论 | 第104-114页 |
| ·菌株的选择 | 第104页 |
| ·Salinisphaera sp. C84B14 基因组概况 | 第104-106页 |
| ·基因组中与烷烃降解相关的功能基因的初步分析 | 第106-107页 |
| ·基因组中功能基因的RT-PCR 初步验证 | 第107-111页 |
| ·基因组中烷烃单加氧酶(Alkane 1-monooxygenase)基因簇的分析 | 第111-112页 |
| ·基因组中依赖 FMNH2 的单加氧酶(FMNH2-dependent monooxygenase) 基因簇的分析 | 第112-114页 |
| ·讨论 | 第114-116页 |
| 4 小结与展望 | 第116-119页 |
| 参考文献 | 第119-131页 |
| 致谢 | 第131-132页 |
| 附录 | 第132页 |
