蛋白质结构预测的混合智能优化算法及并行化
| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 1. 引言 | 第10-15页 |
| ·课题背景及其研究意义 | 第10-11页 |
| ·国内外研究现状 | 第11-13页 |
| ·研究的难点 | 第13页 |
| ·本文的主要工作 | 第13-14页 |
| ·本文的章节安排 | 第14-15页 |
| 2. 蛋白质结构预测基础知识 | 第15-30页 |
| ·蛋白质的组成和结构 | 第15-20页 |
| ·蛋白质分子的组成 | 第15-17页 |
| ·蛋白质的层次结构 | 第17-20页 |
| ·蛋白质数据库 | 第20页 |
| ·蛋白质结构预测的方法 | 第20-22页 |
| ·蛋白质结构简化模型 | 第22-29页 |
| ·HP格点模型 | 第23-24页 |
| ·AB非格点模型 | 第24-29页 |
| ·本章小结 | 第29-30页 |
| 3. 蛋白质结构预测算法 | 第30-37页 |
| ·粒子群算法PSO | 第30-32页 |
| ·粒子群算法的基本原理 | 第30-31页 |
| ·粒子群算法的步骤 | 第31-32页 |
| ·模拟退火算法SA | 第32-34页 |
| ·模拟退火算法的基本原理 | 第32-33页 |
| ·模拟退火算法的步骤 | 第33-34页 |
| ·禁忌搜索算法TS | 第34-36页 |
| ·禁忌搜索算法的基本原理 | 第34-35页 |
| ·禁忌搜索算法的步骤 | 第35-36页 |
| ·本章小结 | 第36-37页 |
| 4. 混合智能优化算法 | 第37-58页 |
| ·基本粒子群算法及其改进策略 | 第37-42页 |
| ·粒子群算法在蛋白质结构预测中的应用 | 第39-42页 |
| ·粒子群模拟退火混合优化算法 | 第42-44页 |
| ·粒子群模拟退火算法在蛋白质结构预测中的应用 | 第42-44页 |
| ·粒子群禁忌混合优化算法 | 第44-47页 |
| ·粒子群禁忌算法在蛋白质结构预测中的应用 | 第45-47页 |
| ·本文提出的粒子群退火禁忌混合优化算法 | 第47-56页 |
| ·粒子群退火禁忌算法在蛋白质结构预测中的应用 | 第48-56页 |
| ·本章小结 | 第56-58页 |
| 5. 算法并行化 | 第58-78页 |
| ·基于OpenMP的粒子群并行算法 | 第58-63页 |
| ·基于MPI的粒子群并行算法 | 第63-67页 |
| ·基于CUDA的粒子群并行算法 | 第67-74页 |
| ·粒子群退火禁忌混合算法并行化 | 第74-77页 |
| ·本章小结 | 第77-78页 |
| 6. 总结与展望 | 第78-81页 |
| ·论文工作总结 | 第78-79页 |
| ·研究与展望 | 第79-81页 |
| 参考文献 | 第81-86页 |
| 致谢 | 第86页 |
