| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第1章 绪论 | 第9-33页 |
| ·蛋白质结构、动态与功能 | 第9-12页 |
| ·蛋白质结构与功能 | 第9-10页 |
| ·蛋白质动态与功能 | 第10-12页 |
| ·蛋白质结构的确定 | 第12-17页 |
| ·蛋白质结构的实验测定 | 第12-14页 |
| ·蛋白质结构预测 | 第14-17页 |
| ·蛋白质动态的模拟 | 第17-24页 |
| ·分子力学 | 第17-20页 |
| ·分子动力学模拟 | 第20-22页 |
| ·副本交换分子动力学模拟REMD | 第22-23页 |
| ·分子动力学模拟软件 | 第23-24页 |
| ·计算平台及程序部署 | 第24-26页 |
| ·山东省高性能计算中心 | 第24-25页 |
| ·国家超级计算机济南中心 | 第25-26页 |
| ·持续性催化酶类与外切纤维素酶CBHI | 第26-30页 |
| ·持续性催化酶类 | 第27页 |
| ·外切纤维素酶CBHI的持续性动力研究 | 第27-30页 |
| ·项依据 | 第30-33页 |
| 第2章 CBHI产物纤维二糖释放过程的分子动力学模拟 | 第33-75页 |
| ·模拟体系的构建 | 第33-34页 |
| ·REMD模拟方法与参数 | 第34-37页 |
| ·REMD的温度设置 | 第34-36页 |
| ·模拟参数设置 | 第36页 |
| ·分段续算的模拟方法 | 第36-37页 |
| ·分析方法 | 第37-52页 |
| ·原子索引组 | 第37-38页 |
| ·交换信息提取 | 第38-39页 |
| ·轨迹连接、转换与显示 | 第39-41页 |
| ·周期性边界条件的处理 | 第41-42页 |
| ·RMSD与RMSF分析 | 第42-45页 |
| ·回旋半径分析 | 第45页 |
| ·距离分析 | 第45-46页 |
| ·氢键分析 | 第46-47页 |
| ·溶剂可及表面面积分析 | 第47-48页 |
| ·蛋白质二级结构分析 | 第48-49页 |
| ·能量分析 | 第49-50页 |
| ·自由能计算 | 第50-52页 |
| ·结果与讨论 | 第52-73页 |
| ·催化孔道loop定义与反应坐标选取 | 第52-55页 |
| ·模拟收敛检验 | 第55-58页 |
| ·结合态和解离态的酶结构性质对比 | 第58-62页 |
| ·关键loop动态行为对产物释放的影响 | 第62-65页 |
| ·纤维二糖关键结合残基与功能分析 | 第65-68页 |
| ·纤维二糖释放路径 | 第68-70页 |
| ·纤维二糖产物结合自由能 | 第70-73页 |
| ·小结 | 第73-75页 |
| 全文总结与展望 | 第75-77页 |
| 参考文献 | 第77-85页 |
| 致谢 | 第85-86页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第86页 |