| 缩略词表 | 第1-11页 |
| 中文摘要 | 第11-15页 |
| Abstract | 第15-19页 |
| 第1章 植物基因家族分子进化机制及水稻基因组进化的研究进展 | 第19-45页 |
| ·基因家族的物种特异性扩张及其扩张模式 | 第21-24页 |
| ·大片段复制 | 第21-23页 |
| ·串联重复 | 第23页 |
| ·逆转录转座 | 第23-24页 |
| ·适应性进化 | 第24-28页 |
| ·正选择压力与适应性进化 | 第25-26页 |
| ·基因转换 | 第26-28页 |
| ·基因家族成员的功能分歧及重复基因的命运 | 第28-30页 |
| ·植物基因家族分子进化的特点 | 第30-31页 |
| ·分子进化速率的相对恒定 | 第30-31页 |
| ·基因家族分子进化的“保守性” | 第31页 |
| ·水稻基因组进化的研究进展 | 第31-39页 |
| ·水稻基因组的古多倍体化过程 | 第32-34页 |
| ·水稻籼粳两个亚种的分化 | 第34-35页 |
| ·水稻驯化相关基因的进化研究 | 第35-36页 |
| ·水稻基因家族的分子进化研究 | 第36-39页 |
| 参考文献 | 第39-45页 |
| 第2章 拟南芥、水稻和杨树类Tubby 基因家族的分子进化研究 | 第45-78页 |
| ·材料和方法 | 第48-53页 |
| ·数据库搜索 | 第48页 |
| ·序列分析 | 第48-49页 |
| ·协同进化分析 | 第49页 |
| ·TLP 基因的扩张模式分析 | 第49-50页 |
| ·Ka 和Ks 的计算及重复事件发生时间的估计 | 第50页 |
| ·TLP 基因的表达模式分析 | 第50-53页 |
| ·水稻TLP 基因的RT-PCR 分析 | 第50-51页 |
| ·植物材料来源 | 第50页 |
| ·植物组织提取RNA | 第50-51页 |
| ·引物设计 | 第51页 |
| ·反转录和PCR | 第51页 |
| ·基于MPSS 的拟南芥和水稻TLP 基因的表达分析 | 第51-52页 |
| ·基于EST 的杨树TLP 基因的表达分析 | 第52-53页 |
| ·结果 | 第53-69页 |
| ·拟南芥、水稻和杨树的TLP 基因 | 第53-55页 |
| ·拟南芥、水稻和杨树中TLP 家族的系统发生分析 | 第55-57页 |
| ·多序列联配 | 第57-60页 |
| ·拟南芥、水稻和杨树TLP 基因中内含子的分布 | 第60-61页 |
| ·F-box 和TUB 结构域的协同进化分析 | 第61-62页 |
| ·拟南芥、水稻和杨树基因组中TLP 基因的扩张模式 | 第62-63页 |
| ·片段重复事件发生的时间 | 第63-66页 |
| ·拟南芥、水稻和杨树TLP 基因的表达模式 | 第66-68页 |
| ·基因复制后的环境选择压力 | 第68-69页 |
| ·讨论 | 第69-74页 |
| 参考文献 | 第74-78页 |
| 第3章 拟南芥与水稻SBP-box 基因家族的比较分析 | 第78-104页 |
| ·材料和方法 | 第80-82页 |
| ·拟南芥和水稻基因组中SBP-box 基因的鉴定 | 第80-81页 |
| ·序列分析 | 第81页 |
| ·Ka 和Ks 的计算 | 第81页 |
| ·基于EST 的表达分析 | 第81页 |
| ·SBP-box 基因扩张模式分析 | 第81-82页 |
| ·结果 | 第82-98页 |
| ·拟南芥和水稻基因组中SBP-box 基因 | 第82-86页 |
| ·拟南芥与水稻SBP-box 家族的系统发生分析 | 第86-87页 |
| ·拟南芥与水稻SBP-box 基因家族扩张的模式 | 第87-90页 |
| ·SBP-box 蛋白质中的保守性序列 | 第90-96页 |
| ·基因重复后的环境选择压力 | 第96页 |
| ·基于EST 的表达分析 | 第96-98页 |
| ·讨论 | 第98-100页 |
| 参考文献 | 第100-104页 |
| 第4章 拟南芥与水稻类CPP 基因家族的分子进化研究 | 第104-131页 |
| ·材料和方法 | 第106-109页 |
| ·序列搜索 | 第106-107页 |
| ·多序列联配和系统发生树的构建 | 第107页 |
| ·基因扩张模式的分析 | 第107页 |
| ·正选择作用分析 | 第107-108页 |
| ·结构域的协同进化分析 | 第108-109页 |
| ·结果 | 第109-123页 |
| ·拟南芥与水稻基因组中的CPP-like 基因 | 第109-114页 |
| ·多序列联配 | 第114-115页 |
| ·系统发生分析 | 第115-117页 |
| ·拟南芥与水稻CPP-like 基因的扩张模式 | 第117-120页 |
| ·正选择位点的检验 | 第120-121页 |
| ·两段CXC 结构域序列的协同进化分析 | 第121-123页 |
| ·讨论 | 第123-127页 |
| 参考文献 | 第127-131页 |
| 第5章 拟南芥和水稻Cystatin 基因家族的生物信息学分析 | 第131-151页 |
| ·材料和方法 | 第133-134页 |
| ·数据库的搜索 | 第133页 |
| ·序列分析 | 第133-134页 |
| ·亚族间的功能性分歧分析 | 第134页 |
| ·适应性进化分析 | 第134页 |
| ·基于EST 的基因表达分析 | 第134页 |
| ·结果与分析 | 第134-147页 |
| ·水稻和拟南芥中的 cystatin 基因 | 第134-136页 |
| ·水稻和拟南芥的 cystatin 基因结构及在染色体上的位置 | 第136-138页 |
| ·系统发生分析 | 第138-139页 |
| ·拟南芥和水稻中 cystatin 蛋白的保守序列分析 | 第139-142页 |
| ·亚族之间的功能性分歧 | 第142-143页 |
| ·拟南芥与水稻Cystatin 基因家族的适应性进化分析 | 第143-145页 |
| ·拟南芥和水稻中Cystatin 基因家族的EST 表达分析 | 第145-147页 |
| ·讨论 | 第147-148页 |
| 参考文献 | 第148-151页 |
| 第6章 水稻高亲和力钾离子（HAK）转运体基因家族的种系特异性扩张和适应性进化研究 | 第151-170页 |
| ·材料和方法 | 第153-155页 |
| ·基因组水平上水稻HAK 转运体基因的鉴定 | 第153页 |
| ·序列分析 | 第153-155页 |
| ·水稻HAK 基因的扩张模式分析 | 第155页 |
| ·结果 | 第155-164页 |
| ·水稻中的HAK 钾离子转运体基因 | 第155-159页 |
| ·水稻 HAK 钾离子转运体基因的系统发生分析和种系特异性扩张 | 第159-161页 |
| ·HAK 基因亚族之间的功能性分歧 | 第161-162页 |
| ·正选择位点和基因转换事件的检验 | 第162-164页 |
| ·讨论 | 第164-166页 |
| 参考文献 | 第166-170页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第170-171页 |
| 致谢 | 第171-172页 |
