大豆绥农14灌浆期籽粒cDNA文库的构建及表达序列标签（EST）分析
| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-8页 |
| 第一章 绪论 | 第8-19页 |
| 1 大豆基因组研究 | 第8页 |
| 2 大豆 EST 研究 | 第8-13页 |
| ·cDNA 文库构建 | 第8-10页 |
| ·大豆 EST 研究进展 | 第9页 |
| ·大豆EST 应用 | 第9-10页 |
| ·全长 cDNA 文库的构建方法 | 第10-13页 |
| ·Oligo-Capping 法 | 第10页 |
| ·CAPture 法 | 第10-11页 |
| ·SMART 方法 | 第11-12页 |
| ·CAP-Trapper 法 | 第12-13页 |
| ·CapSelect 方法 | 第13页 |
| ·CAP-jumping | 第13页 |
| 3 EST 研究内容 | 第13-16页 |
| ·构建遗传学图谱 | 第13-14页 |
| ·用于制备cDNA 微阵列 | 第14页 |
| ·基因表达分析 | 第14-15页 |
| ·分离与鉴定新基因 | 第15-16页 |
| ·研究基因表达的动态性 | 第16页 |
| ·作为外显子标签用于基因组诠释 | 第16页 |
| ·EST 技术的不足之处 | 第16页 |
| 4 生物信息学研究 | 第16-18页 |
| ·序列比对（Alignment） | 第17页 |
| ·结构比对 | 第17页 |
| ·蛋白质结构预测 | 第17页 |
| ·非编码区分析和DNA 语言研究 | 第17页 |
| ·比较基因组学和分子进化 | 第17-18页 |
| 5 本研究的目的与意义 | 第18页 |
| 6 研究总体路线 | 第18-19页 |
| 第二章 大豆鼓粒期籽粒 CDNA 文库的构建 | 第19-30页 |
| 1 试验材料与方法 | 第19-27页 |
| ·试验材料 | 第19-20页 |
| ·正常生长的籽粒 | 第19-20页 |
| ·试验使用试剂 | 第20页 |
| ·仪器设备 | 第20页 |
| ·试验方法 | 第20-27页 |
| ·籽粒总RNA 提取 | 第20-21页 |
| ·mRNA 的分离 | 第21页 |
| ·cDNA 的合成 | 第21-22页 |
| ·双链cDNA 酶切消化和片断化制备 | 第22-23页 |
| ·载体制备 | 第23-24页 |
| ·感受态细胞制备和连接方案确定 | 第24-25页 |
| ·文库质量检测 | 第25-26页 |
| ·文库中表达序列标签测序 | 第26-27页 |
| 2 结果与分析 | 第27-30页 |
| ·RNA 质量检测与分析 | 第27页 |
| ·双链CDNA 的合成 | 第27-28页 |
| ·片断化分级分离CDNA | 第28页 |
| ·载体制备 | 第28-29页 |
| ·文库质量检测 | 第29-30页 |
| 第三章 大豆籽粒表达序列标签获得及序列初步分析 | 第30-42页 |
| 1 材料与方法 | 第30-33页 |
| ·实验材料 | 第30页 |
| ·实验方法 | 第30-31页 |
| ·细菌培养 | 第30页 |
| ·质粒文库的保存 | 第30页 |
| ·质粒抽提(碱裂解法) | 第30-31页 |
| ·测序 | 第31页 |
| ·序列的初步评定 | 第31页 |
| ·EST 聚类拼接 | 第31-32页 |
| ·EST 获得和聚类拼接 | 第32页 |
| ·EST 序列同源性分析 | 第32-33页 |
| ·BLAST 分析 | 第32页 |
| ·EST 分析 | 第32-33页 |
| ·对目标基因进行分析及应用，核算分析 | 第33页 |
| 2 结果与分析 | 第33-39页 |
| ·EST 聚类拼接 | 第33-34页 |
| ·EST 组装参数设置 | 第33页 |
| ·EST 聚类结果 | 第33-34页 |
| ·有效 EST 获得 | 第34页 |
| ·EST 序列同源性分析 | 第34-35页 |
| ·同源物种来源比较 | 第35页 |
| ·基因功能分类 | 第35-37页 |
| ·大豆密码子分析 | 第37-39页 |
| 3 讨论 | 第39-42页 |
| ·EST 的聚类拼接 | 第39-40页 |
| ·EST 组装参数的设置 | 第39页 |
| ·EST 序列聚类 | 第39-40页 |
| ·EST 的同源性分析 | 第40页 |
| ·菌株活力对提取质粒的影响 | 第40页 |
| ·EST 序列功能注释方法 | 第40页 |
| ·测序方法的选择 | 第40-42页 |
| 第四章 大豆灌浆期籽粒基因表达图谱构建 | 第42-52页 |
| 1 材料与方法 | 第42-43页 |
| ·用于基因图谱构建的材料 | 第42-43页 |
| ·方法 | 第43页 |
| 2 结果与分析 | 第43-52页 |
| ·功能基因分类 | 第43-44页 |
| ·高丰度表达基因 | 第44-45页 |
| ·大豆种子 CDNA 文库比较 | 第45-48页 |
| ·全长 CDNA 判定 | 第48页 |
| ·脂肪代谢相关基因研究 | 第48-50页 |
| ·储藏蛋白相关研究 | 第50-52页 |
| 第五章 大豆胰蛋白酶抑制剂基因克隆 | 第52-60页 |
| 1 材料与方法 | 第53-54页 |
| ·CDNA 文库构建及序列组装 | 第53页 |
| ·胰蛋白酶抑制剂家族序列 | 第53页 |
| ·分析方法 | 第53页 |
| ·BBI 家族基因克隆 | 第53-54页 |
| ·模板 DNA 制备 | 第53-54页 |
| ·PCR 扩增 | 第54页 |
| ·连接 | 第54页 |
| ·转化并检测 | 第54页 |
| 2 结果与分析 | 第54-58页 |
| ·分子克隆 BBI 三个基因序列 | 第54页 |
| ·BBI 家族同源序列的比较 | 第54-57页 |
| ·聚类分析 | 第57-58页 |
| ·大豆籽粒形成时期 CDNA 文库比较 | 第58页 |
| 3 讨论 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-67页 |
| 附录 | 第67-70页 |
| 致谢 | 第70页 |
