| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 缩略词-中英文对照 | 第11-13页 |
| 英文缩写-IUPAC核苷酸及对应碱基 | 第13-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-29页 |
| 一、RNA世界以及非编码RNA世界 | 第14-16页 |
| 二、miRNA的发现 | 第16-17页 |
| 三、miRNA的特征 | 第17-18页 |
| 四、miRNA的调控基因功能及其作用机制 | 第18-21页 |
| 五、miRNA在基因组中的分布与进化 | 第21-23页 |
| 六、miRNA的转录及转录后加工成熟通路 | 第23-27页 |
| ·miRNA的转录 | 第24页 |
| ·miRNA转录后的加工和运输 | 第24-26页 |
| ·miRNA的成熟及miRISC的组装 | 第26-27页 |
| 七、miRNA基因转录水平调控 | 第27-28页 |
| 八、本研究的目的及意义 | 第28-29页 |
| 第二章 果蝇基因间区pri-miRNAs的扩增及全长克隆 | 第29-48页 |
| 1 材料与方法 | 第30-42页 |
| ·供试昆虫与细胞培养 | 第30-31页 |
| ·主要试剂和仪器 | 第31页 |
| ·基因组DNA的提取 | 第31-32页 |
| ·总RNA的提取 | 第32-33页 |
| ·cDNA第一链的合成 | 第33页 |
| ·5'-RACE-Ready cDNA和3'-RACE-Ready cDNA的合成 | 第33-34页 |
| ·PCR引物 | 第34-35页 |
| ·PCR反应 | 第35-37页 |
| ·普通PCR反应体系 | 第36页 |
| ·RACE PCR反应体系 | 第36页 |
| ·实时荧光定量PCR反应体系 | 第36-37页 |
| ·常规分子克隆 | 第37-40页 |
| ·PCR产物回收与纯化 | 第37-38页 |
| ·连接反应 | 第38页 |
| ·连接产物的转化、单克隆 | 第38-39页 |
| ·重组质粒的提取及检测 | 第39-40页 |
| ·序列测定与分析 | 第40页 |
| ·果蝇S2细胞RNAi实验 | 第40-42页 |
| ·dsRNA的设计与体外转录合成 | 第40-42页 |
| ·果蝇S2细胞RNAi | 第42页 |
| ·实时荧光定量PCR检测干扰效果 | 第42页 |
| 2 结果与分析 | 第42-46页 |
| ·RNAi掉果蝇S2细胞中Drosha酶后pri-miRNA的富集 | 第42-44页 |
| ·pri-miRNA的RACE全长克隆 | 第44-46页 |
| 3 讨论 | 第46-48页 |
| 第三章 果蝇pri-miRNAs的基因结构 | 第48-56页 |
| 1 材料与方法 | 第48-49页 |
| ·end-to-end RT-PCR | 第48-49页 |
| ·常规分子克隆 | 第49页 |
| ·pri-miRNA二级结构预测 | 第49页 |
| 2 结果与分析 | 第49-54页 |
| ·end-to-end PCR拼接RACE结果 | 第49-50页 |
| ·miRNA基因的内含子与选择性剪接 | 第50-52页 |
| ·pri-miRNA的高级结构分析 | 第52-54页 |
| 3 讨论 | 第54-56页 |
| 第四章 果蝇miRNA基因核心启动子的锚定及活性分析 | 第56-65页 |
| 1 材料与方法 | 第56-60页 |
| ·实验材料 | 第56页 |
| ·主要试剂和仪器 | 第56-57页 |
| ·S2细胞培养 | 第57页 |
| ·染色质免疫共沉淀 | 第57-59页 |
| ·miRNA启动子的活性分析 | 第59-60页 |
| ·miRNA启动子区的保守性分析 | 第60页 |
| 2 结果与分析 | 第60-64页 |
| ·RNA聚合酶Ⅱ与miRNA的核心启动子区的结合 | 第60-62页 |
| ·miRNA的启动子活性分析 | 第62-64页 |
| 3 讨论 | 第64-65页 |
| 第五章 果蝇miRNA基因启动子区的转录因子结合预测及转录因子Myc免疫共沉淀分析 | 第65-73页 |
| 1 材料与方法 | 第65-66页 |
| ·实验材料 | 第65页 |
| ·转录因子结合位点预测 | 第65-66页 |
| ·染色质免疫共沉淀 | 第66页 |
| 2 结果与分析 | 第66-71页 |
| ·转录因子结合位点预测 | 第66-69页 |
| ·转录因子Myc染色质免疫共沉淀验证 | 第69-71页 |
| 3 讨论 | 第71-73页 |
| 第六章 pri-miRNA基因的motif与启动子预测软件评估 | 第73-81页 |
| 1 材料与方法 | 第73-74页 |
| ·miRNA的启动子区motif寻找与比较 | 第73-74页 |
| ·miRNA的启动子预测及相关软件评估 | 第74页 |
| 2 结果与分析 | 第74-80页 |
| ·果蝇miRNA基因启动子区motif寻找 | 第74页 |
| ·果蝇miRNA基因启动子区motif与已注释TFBS的比较 | 第74-76页 |
| ·miRNA的启动子预测及相关软件评估 | 第76-80页 |
| 3 讨论 | 第80-81页 |
| 全文总结 | 第81-82页 |
| 参考文献 | 第82-88页 |
| 附录:攻读硕士学位期间学术论文的发表情况 | 第88-89页 |
| 致谢 | 第89页 |
