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HCMV新基因UL49Z全长cDNA序列的克隆与生物信息学分析

摘要第1-5页
Abstract第5-8页
一、前言第8-17页
   ·HCMV背景简介第8-12页
     ·HCMV病毒简介第8-9页
     ·HCMV病毒的结构第9-10页
     ·HCMV病毒的复制及基因表达调控第10-11页
     ·HCMV感染的发病机制第11-12页
   ·HCMV UL49区域相关基因简介第12-13页
   ·RACE技术原理第13-16页
   ·课题意义第16-17页
二.技术路线第17-18页
三.实验器材第18-22页
   ·主要仪器第18页
   ·实验材料第18-22页
     ·菌种、细胞、质粒及病毒第19页
     ·主要试剂第19-20页
     ·常用主要试剂的配方第20-22页
四.实验方法第22-40页
   ·HCMV Towne株的培养及鉴定第22-25页
     ·HCMV Towne病毒的培养第22页
     ·HCMV Towne病毒DNA的提取第22-23页
     ·HCMV Towne株的鉴定第23-25页
       ·引物的设计第23页
       ·PCR扩增IEA和LA基因第23-25页
     ·HCMV总RNA的提取第25-26页
     ·利用5’RACE技术扩增UL49Z基因5’末端全长第26-34页
     ·去磷酸化处理第26-27页
     ·"去帽子"反应第27页
     ·5 ’RACE Adaptor的连接第27-28页
     ·反转录反应第28-29页
     ·UL49Z基因5’末端的扩增第29-31页
       ·引物设计第29页
       ·Outer PCR反应(使用TaKaRa LA Taq)第29-30页
       ·Inner PCR反应(使用TaKaRa LA Taq)第30-31页
     ·UL49Z基因5’末端的克隆及序列鉴定第31-34页
       ·PCR产物的琼脂糖凝胶回收(采用omega公司E.Z.N.A(?)Gel ExtraetionKit))第31页
       ·PCR产物与pMD18-T Vector的连接第31-32页
       ·感受态细胞的制备第32-33页
       ·重组子的转化第33页
       ·重组子的菌落PCR鉴定第33-34页
       ·UL49Z基因5’末端克隆质粒的序列鉴定第34页
   ·利用3’-RACE技术扩增UL49Z基因3’末端全长第34-37页
     ·反转录反应第35页
     ·Outer PCR反应(使用TaKaRa LA Taq进行扩增)第35-36页
     ·Inner PCR反应(使用TaKaRa LA Taq进行扩增)第36-37页
     ·UL49Z基因3’末端的克隆及序列分析第37页
   ·UL49Z基因全长cDNA序列的扩增、克隆和序列分析第37-40页
     ·HCMV总RNA的纯化第37-38页
     ·HCMV RNA逆转录成cDNA第38页
     ·RT-PCR扩增UL49Z基因全长cDNA(使用TaKaRa LA Taq进行扩增)第38-39页
     ·UL49Z基因RT-PCR产物的克隆及侧序第39-40页
五.结果与分析第40-61页
   ·病毒HCMV Towne的培养与鉴定结果第40-41页
     ·人包皮成纤维细胞的培养结果第40页
     ·HCMV病毒感染人包皮成纤维细胞(HFF)结果第40-41页
     ·HCMV Towne病毒的鉴定结果第41页
   ·HCMV总RNA的提取结果第41-42页
   ·利用5’-RACE技术扩增UL49Z基因5’末端结果第42-46页
     ·巢式PCR扩增UL49Z基因的5’末端结果第42-43页
     ·UL4Z9基因5’末端的克隆及序列测定第43-46页
       ·UL49Z基因5’末端克隆结果鉴定第43-44页
       ·UL49Z基因5’末端克隆质粒的测序结果第44-46页
   ·利用3’-RACE技术扩增UL49Z基因3’末端第46-49页
     ·UL49Z基因3’末端的扩增结果第46-47页
     ·UL49Z基因3’末端的克隆及序列测定第47-49页
       ·UL49Z基因3’末端克隆结果鉴定第47页
       ·UL49Z基因3’末端克隆质粒的测序结果第47-49页
   ·UL49Z基因全长的扩增、克隆和序列测定第49-51页
     ·UL49Z基因的RT-PCR扩增结果第49-50页
     ·UL49Z基因全长RT-PCR产物的克隆及序列测定第50-51页
       ·UL49Z基因全长克隆结果鉴定第50-51页
       ·UL49Z基因全长克隆质粒的测序结果第51页
   ·UL49Z基因全长cDNA序列的生物信息学结果第51-61页
     ·UL49Z基因开放阅读编码框分析第51-54页
     ·UL49Z编码蛋白质理化性质预测第54-55页
     ·UL49Z蛋白质疏水性轮廓分析第55-56页
     ·蛋白质功能结构域分析结果第56-58页
     ·UL49Z蛋白质序列二级结构预测第58-61页
六、讨论第61-66页
   ·关于UL49Z新基因第61-62页
   ·RACE技术第62-63页
   ·引物设计第63-66页
七.结论第66-67页
参考文献第67-70页
附录一第70-80页
致谢第80页

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