| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-33页 |
| ·磷酸化过程的概述 | 第11-12页 |
| ·蛋白质的可逆磷酸化过程与人类健康的关系 | 第12-13页 |
| ·蛋白磷酸化调控蛋白结合的机制 | 第13-14页 |
| ·动力蛋白简介 | 第14-18页 |
| ·动力蛋白(dynein)的结构 | 第15-16页 |
| ·动力蛋白轻链的结构 | 第16页 |
| ·动力蛋白轻链的功能 | 第16-18页 |
| ·与Bim作用调节细胞凋亡 | 第16-17页 |
| ·与nNOS作用抑制nNOS活性 | 第17页 |
| ·结合IκBa充当桥梁蛋白 | 第17-18页 |
| ·PDZ结构域简介 | 第18-20页 |
| ·PDZ结构域的结构 | 第18-19页 |
| ·PDZ结构域识别配体的C-末端 | 第19-20页 |
| ·计算机模拟概述 | 第20-21页 |
| ·磷酸化调节蛋白功能的计算机模拟研究进展 | 第21-26页 |
| ·研究磷酸化过程的计算机方法简介 | 第22-23页 |
| ·磷酸化对蛋白激酶结构影响的理论研究 | 第23-24页 |
| ·磷酸化导致配体结构起到开关作用 | 第24-25页 |
| ·膜体系的磷酸化研究进展 | 第25页 |
| ·计算机模拟研究磷酸化过程面临的挑战 | 第25-26页 |
| 本论文工作的思路 | 第26-27页 |
| 参考文献 | 第27-33页 |
| 第二章 理论基础和计算方法 | 第33-61页 |
| ·力场[1,2] | 第33-41页 |
| ·力场势函数[3] | 第33-38页 |
| ·力场参数化 | 第38-39页 |
| ·CHARMM力场 | 第39-40页 |
| ·GROMOS力场 | 第40-41页 |
| ·分子力学 | 第41-44页 |
| ·优化的概念 | 第42页 |
| ·优化的算法 | 第42-43页 |
| ·优化过程中应注意的问题 | 第43-44页 |
| ·分子动力学 | 第44-49页 |
| ·积分方法[72] | 第45-47页 |
| ·各种系综的分子动力学计算方法 | 第47-49页 |
| ·拉伸分子动力学方法 | 第49-51页 |
| ·自由能计算方法 | 第51-53页 |
| ·FEP方法基本原理 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-61页 |
| 第三章 磷酸化调控动力蛋白轻链解离机理的理论研究 | 第61-87页 |
| ·动力蛋白轻链解离机理研究进展 | 第61-62页 |
| ·研究目的和方法 | 第62-63页 |
| ·动力蛋白轻链二聚体解离机理的理论研究 | 第63-67页 |
| ·常规分子动力学模拟 | 第63-64页 |
| ·拉伸分子动力学(SMD)模拟 | 第64页 |
| ·自由能计算 | 第64-67页 |
| ·结果与讨论 | 第67-82页 |
| ·常规分子动力学模拟结果分析 | 第67-76页 |
| ·RMSD结果分析 | 第67-70页 |
| ·氢键网络在野生型和突变体体系的比较 | 第70-72页 |
| ·Ser88的磷酸化/模拟磷酸化突变对蛋白质C-端构象的影响 | 第72-76页 |
| ·拉伸分子动力学模拟(SMD)结果分析 | 第76-80页 |
| ·CV-SMD外加力随时间变化与氢键断裂时间 | 第76-78页 |
| ·氢键随时间断裂顺序分析 | 第78-79页 |
| ·CF-SMD结果比对分析 | 第79-80页 |
| ·自由能计算结果分析 | 第80-82页 |
| ·本章小结 | 第82-83页 |
| 参考文献 | 第83-87页 |
| 第四章 磷酸化调控ZO-1 PDZ2Cx43结合机理的研究 | 第87-109页 |
| ·ZO-1 PDZ2结构域与Cx43相互作用研究进展 | 第87-90页 |
| ·研究目的和方法 | 第90-91页 |
| ·ZO-1 PDZ2与Cx43结合分子动力学模拟研究 | 第91-92页 |
| ·结果与讨论 | 第92-103页 |
| ·ZO-1 PDZ2二聚体结构柔性分析 | 第92-93页 |
| ·Short/Long Form Cx43与PDZ2结合模式比较分析 | 第93-99页 |
| ·S(-9)磷酸化突变对Cx43与PDZ2结合的影响 | 第99-103页 |
| ·本章小结 | 第103-104页 |
| 参考文献 | 第104-109页 |
| 结论与展望 | 第109-111页 |
| 作者简介 | 第111页 |
| 论文发表情况 | 第111-112页 |
| 致谢 | 第112-113页 |
