| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 1 前言 | 第12-23页 |
| 1.1 柱花草 | 第12页 |
| 1.1.1 柱花草分布 | 第12页 |
| 1.1.2 柱花草生物学特性 | 第12页 |
| 1.1.3 柱花草饲用价值与应用 | 第12页 |
| 1.2 胶孢炭疽病菌 | 第12-13页 |
| 1.2.1 胶孢炭疽菌相关致病基因 | 第12-13页 |
| 1.3 柱花草炭疽病 | 第13-15页 |
| 1.3.1 柱花草炭疽病病原菌 | 第13页 |
| 1.3.2 柱花草炭疽病分布情况 | 第13-14页 |
| 1.3.3 柱花草炭疽病症状 | 第14页 |
| 1.3.4 病原菌形态特征 | 第14页 |
| 1.3.5 病原菌生物学特性 | 第14页 |
| 1.3.6 流行规律 | 第14页 |
| 1.3.7 生物多样性与遗传变异性 | 第14页 |
| 1.3.8 柱花草炭疽菌致病性差异和致病类型研究 | 第14-15页 |
| 1.4 基因组测序技术 | 第15-18页 |
| 1.4.1 第一代测序技术 | 第15页 |
| 1.4.2 第二代测序技术 | 第15-16页 |
| 1.4.3 第三代测序技术 | 第16页 |
| 1.4.4 Ion Torrent (PGM)测序技术 | 第16-17页 |
| 1.4.5 测序技术综合比较 | 第17-18页 |
| 1.5 微生物全基因组测序 | 第18页 |
| 1.6 胶孢炭疽菌全基因组测序 | 第18-22页 |
| 1.7 本研究的目的意义 | 第22页 |
| 1.8 技术路线 | 第22-23页 |
| 2 材料与方法 | 第23-41页 |
| 2.1 试验材料 | 第23-26页 |
| 2.1.1 菌株来源 | 第23页 |
| 2.1.2 质粒、培养基、试剂与植物材料 | 第23-24页 |
| 2.1.3 引物 | 第24页 |
| 2.1.4 数据库 | 第24-26页 |
| 2.2 试验方法 | 第26-41页 |
| 2.2.1 菌株致病力重测定 | 第26-27页 |
| 2.2.2 总DNA提取 | 第27-28页 |
| 2.2.3 总RNA提取 | 第28页 |
| 2.2.4 De Novo基因组测序与分析 | 第28-32页 |
| 2.2.5 转录组测序与分析 | 第32-35页 |
| 2.2.6 基因组重测序与分析 | 第35-37页 |
| 2.2.7 致病相关基因筛选 | 第37页 |
| 2.2.8 CgALS (gene_16548)基因敲除和功能验证 | 第37-41页 |
| 3 结果与分析 | 第41-102页 |
| 3.1 菌株致病力重测结果与分析 | 第41页 |
| 3.2 CH008菌株基因组测序结果与分析 | 第41-61页 |
| 3.2.1 CH008菌株菌落和分生孢子 | 第41-42页 |
| 3.2.2 gDNA提取 | 第42页 |
| 3.2.3 小片段文库测序 | 第42-47页 |
| 3.2.4 大片段文库(3K)测序 | 第47-49页 |
| 3.2.5 CH008全基因组序列组装与分析 | 第49-54页 |
| 3.2.6 基因组共线性分析 | 第54页 |
| 3.2.7 基因组系统进化聚类分析 | 第54-55页 |
| 3.2.8 基因注释 | 第55-61页 |
| 3.3 转录组测序 | 第61-72页 |
| 3.3.1 总RNA提取结果 | 第61页 |
| 3.3.2 测序数据及质量评估 | 第61页 |
| 3.3.3 拼接转录本分析 | 第61-63页 |
| 3.3.4 基因注释 | 第63-67页 |
| 3.3.5 SSR预测与分析 | 第67-70页 |
| 3.3.6 基因表达水平分析 | 第70-72页 |
| 3.4 重测序分析 | 第72-91页 |
| 3.4.1 gDNA提取 | 第72-73页 |
| 3.4.2 碱基测序质量分布 | 第73-74页 |
| 3.4.3 碱基类型分布 | 第74-76页 |
| 3.4.4 数据过滤 | 第76页 |
| 3.4.5 插入片段分布分析 | 第76-78页 |
| 3.4.6 深度分布统计 | 第78-81页 |
| 3.4.7 差异分析 | 第81-91页 |
| 3.5 致病相关基因分析 | 第91-102页 |
| 3.5.1 CgALS基因(gene_16548) | 第92-95页 |
| 3.5.2 CgALS基因差异 | 第95-96页 |
| 3.5.3 CgALS基因敲除与功能验证 | 第96-102页 |
| 4 讨论 | 第102-107页 |
| 4.1 基因组测序 | 第102-103页 |
| 4.2 转录组测序 | 第103-104页 |
| 4.3 柱花草炭疽病菌基因组重测序 | 第104页 |
| 4.4 功能基因组研究 | 第104页 |
| 4.5 致病基因 | 第104-105页 |
| 4.6 真菌ALS的研究 | 第105-107页 |
| 5 结论 | 第107-109页 |
| 参考文献 | 第109-118页 |
| 附录一CgALS基因序列在菌株之间的差异 | 第118-123页 |
| 附录二 实验中用到的仪器设备 | 第123-124页 |
| 缩略语 | 第124-125页 |
| 攻读博士期间发表或者待发表的文章 | 第125-126页 |
| 致谢 | 第126页 |
