| 论文摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 引言 | 第10-22页 |
| 1.1 新一代测序技术概述 | 第10-11页 |
| 1.2 新一代测序读段比对信息中包含的信号 | 第11-16页 |
| 1.2.1 SAM格式 | 第12-13页 |
| 1.2.2 裂开读段 | 第13-14页 |
| 1.2.3 非一致性读段对 | 第14页 |
| 1.2.4 覆盖深度 | 第14-15页 |
| 1.2.5 突变等位基因频率 | 第15-16页 |
| 1.3 基于新一代测序的变异鉴定分析流程和工具 | 第16-20页 |
| 1.4 论文的主要工作 | 第20-22页 |
| 第2章 应用基因组测序挖掘罕见疾病致病基因 | 第22-31页 |
| 2.1 研究背景 | 第22-27页 |
| 2.1.1 罕见疾病及基因组分析策略 | 第22-24页 |
| 2.1.2 Chediak-HigashiSyndrome简介 | 第24-25页 |
| 2.1.3 非典型CHS的临床表征 | 第25-27页 |
| 2.2 基于家系的全基因组测序检测CHS的致病位点 | 第27-30页 |
| 2.3 本章小结 | 第30-31页 |
| 第3章 应用基因组测序挖掘家族性肿瘤致病基因 | 第31-43页 |
| 3.1 研究背景 | 第31-35页 |
| 3.1.1 家族聚集性肿瘤简介 | 第31-32页 |
| 3.1.2 家族聚集性肿瘤致病基因筛选策略 | 第32-35页 |
| 3.2 基于全基因组测序检测肝母细胞瘤的致病位点 | 第35-41页 |
| 3.2.1 肝母细胞瘤家系基本情况 | 第35-36页 |
| 3.2.2 致病变异的鉴定及解读 | 第36-41页 |
| 3.3 本章小结 | 第41-43页 |
| 第4章 BioSV:利用多种比对信息鉴定结构变异 | 第43-50页 |
| 4.1 研究背景 | 第43-45页 |
| 4.1.1 结构变异的发生机制及影响 | 第43-44页 |
| 4.1.2 基于新一代测序鉴定结构变异的工具 | 第44-45页 |
| 4.2 基于多种比对信息的结构变异鉴定 | 第45-49页 |
| 4.2.1 BioSV分析流程 | 第45-47页 |
| 4.2.2 两步聚类算法 | 第47-48页 |
| 4.2.3 利用贝叶斯模型对结构变异分型 | 第48-49页 |
| 4.3 本章小结 | 第49-50页 |
| 第5章 综合评估BioSV结构变异鉴定能力 | 第50-59页 |
| 5.1 BioSV的基本性能评估 | 第50-55页 |
| 5.1.1 基于二倍体生物的结构变异模拟数据的产生 | 第51页 |
| 5.1.2 BioSV在模拟及实测数据中的基本性能评估 | 第51-55页 |
| 5.2 BioSV的断点分辨率评估 | 第55-57页 |
| 5.3 BioSV分型能力的评估 | 第57-58页 |
| 5.4 本章小结 | 第58-59页 |
| 第6章 肝细胞癌中体细胞结构变异的鉴定 | 第59-77页 |
| 6.1 研究背景 | 第59-60页 |
| 6.1.1 肿瘤相关的结构变异的研究现状 | 第59-60页 |
| 6.2 鉴定肝细胞癌的体细胞结构变异 | 第60-76页 |
| 6.2.1 基本数据描述及分析流程 | 第60-62页 |
| 6.2.2 不同类型SV在HCC中的鉴定情况 | 第62-65页 |
| 6.2.3 HCC中的高频突变区段和基因 | 第65-71页 |
| 6.2.4 SV与基因表达关联分析鉴定肝癌发生发展相关的驱动基因 | 第71-76页 |
| 6.3 本章小结 | 第76-77页 |
| 第7章 结语 | 第77-81页 |
| 7.1 讨论 | 第77-79页 |
| 7.2 展望 | 第79-81页 |
| 参考文献 | 第81-89页 |
| 附录 | 第89-99页 |
| 后记 | 第99页 |
