| 致谢 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 1 绪论 | 第14-22页 |
| 1.1 研究背景和意义 | 第15-17页 |
| 1.2 研究现状及存在的问题 | 第17-19页 |
| 1.3 主要研究内容 | 第19-21页 |
| 1.4 论文组织结构 | 第21-22页 |
| 2 蛋白质互作网络中拓扑模块的功能多样性分析研究 | 第22-50页 |
| 2.1 引言 | 第22-23页 |
| 2.2 拓扑模块检测算法 | 第23-29页 |
| 2.2.1 模块度 | 第23-24页 |
| 2.2.2 非重叠模块检测算法 | 第24-27页 |
| 2.2.3 重叠模块检测算法 | 第27-29页 |
| 2.3 蛋白质模块生物功能统计方法 | 第29-33页 |
| 2.3.1 功能富集分析 | 第30-31页 |
| 2.3.2 功能同质性分析 | 第31页 |
| 2.3.3 模块间的距离及症状相似性 | 第31-33页 |
| 2.4 实验 | 第33-47页 |
| 2.4.1 实验数据 | 第33-34页 |
| 2.4.2 人类蛋白质互作网络中的拓扑模块 | 第34-37页 |
| 2.4.3 蛋白质拓扑模块功能富集分析 | 第37-38页 |
| 2.4.4 蛋白质拓扑模块功能同质性评估分析 | 第38-43页 |
| 2.4.5 高功能同质性模块分析 | 第43-47页 |
| 2.5 本章小结 | 第47-50页 |
| 3 融合蛋白质复合体的半监督功能模块检测算法 | 第50-74页 |
| 3.1 引言 | 第50-52页 |
| 3.2 相关工作 | 第52-55页 |
| 3.2.1 网络的相似性矩阵 | 第52-53页 |
| 3.2.2 无监督非负矩阵分解算法 | 第53-54页 |
| 3.2.3 有监督非负矩阵分解算法 | 第54-55页 |
| 3.3 基于三因式非负矩阵分解的半监督功能模块检测算法 | 第55-59页 |
| 3.3.1 问题描述 | 第55-56页 |
| 3.3.2 PCNMTF模型 | 第56-57页 |
| 3.3.3 模型求解 | 第57-58页 |
| 3.3.4 功能模块检测 | 第58-59页 |
| 3.4 实验结果 | 第59-70页 |
| 3.4.1 实验数据 | 第60-61页 |
| 3.4.2 评价指标和对比算法 | 第61-63页 |
| 3.4.3 参数分析 | 第63-64页 |
| 3.4.4 人工生成网络实验结果 | 第64-65页 |
| 3.4.5 人类蛋白质互作网络实验结果 | 第65-70页 |
| 3.5 本章小结 | 第70-74页 |
| 4 双重先验约束的半监督功能模块检测算法 | 第74-92页 |
| 4.1 引言 | 第74-75页 |
| 4.2 双重must-link先验约束的功能模块检测算法 | 第75-81页 |
| 4.2.1 模型优化 | 第77-78页 |
| 4.2.2 初始化策略 | 第78-79页 |
| 4.2.3 非重叠功能模块检测 | 第79-80页 |
| 4.2.4 重叠功能模块检测 | 第80-81页 |
| 4.3 实验结果 | 第81-88页 |
| 4.3.1 实验数据和对比算法 | 第81-82页 |
| 4.3.2 评价指标 | 第82-83页 |
| 4.3.3 参数分析 | 第83-84页 |
| 4.3.4 人工网络实验结果 | 第84-85页 |
| 4.3.5 人类蛋白质互作网络实验结果 | 第85-88页 |
| 4.4 本章小结 | 第88-92页 |
| 5 基于内积相似性的半监督功能模块检测算法 | 第92-102页 |
| 5.1 引言 | 第92-93页 |
| 5.2 基于内积相似性的功能模块检测算法 | 第93-97页 |
| 5.2.1 NMTFIP | 第94-95页 |
| 5.2.2 模型求解 | 第95-97页 |
| 5.3 实验结果 | 第97-100页 |
| 5.3.1 实验设置 | 第97-98页 |
| 5.3.2 参数分析 | 第98-99页 |
| 5.3.3 人类蛋白质互作网络实验结果 | 第99-100页 |
| 5.4 本章小结 | 第100-102页 |
| 6 总结与展望 | 第102-106页 |
| 6.1 本文工作总结 | 第102-103页 |
| 6.2 未来工作展望 | 第103-106页 |
| 参考文献 | 第106-116页 |
| 附录A | 第116-118页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第118-122页 |
| 学位论文数据集 | 第122页 |