刺五加转录组分析及FPS启动子的克隆与功能研究
| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5页 |
| 引言 | 第10-11页 |
| 第1章 绪论 | 第11-22页 |
| 1.1 刺五加 | 第11-13页 |
| 1.2 三萜皂苷 | 第13-17页 |
| 1.2.1 类型 | 第13-14页 |
| 1.2.2 药用功能 | 第14-16页 |
| 1.2.3 生物合成途径 | 第16-17页 |
| 1.2.4 生物合成途径中的关键酶 | 第17页 |
| 1.3 法尼基焦磷酸合酶 | 第17-18页 |
| 1.3.1 法尼基焦磷酸合酶基因特征 | 第17-18页 |
| 1.3.2 法尼基焦磷酸合酶特征 | 第18页 |
| 1.4 转录组 | 第18-20页 |
| 1.4.1 高通量测序技术 | 第18-19页 |
| 1.4.2 转录组测序(RNA-seq) | 第19-20页 |
| 1.5 研究的目的和意义 | 第20-22页 |
| 1.5.1 研究目的 | 第20页 |
| 1.5.2 研究意义 | 第20-22页 |
| 第2章 刺五加转录组分析 | 第22-38页 |
| 2.1 实验材料 | 第22-23页 |
| 2.1.1 实验样本 | 第22页 |
| 2.1.2 实验试剂 | 第22页 |
| 2.1.3 主要试剂配制 | 第22页 |
| 2.1.4 主要仪器设备 | 第22-23页 |
| 2.2 实验方法 | 第23-26页 |
| 2.2.1 提取刺五加总RNA | 第23页 |
| 2.2.2 逆转录刺五加总RNA | 第23-24页 |
| 2.2.3 刺五加转录组测序 | 第24-25页 |
| 2.2.4 基因注释 | 第25页 |
| 2.2.5 CDS预测 | 第25页 |
| 2.2.6 SSR挖掘 | 第25-26页 |
| 2.2.7 SNP检测 | 第26页 |
| 2.3 转录组测序结果与分析 | 第26-36页 |
| 2.3.1 总RNA与cDNA质量检测 | 第26页 |
| 2.3.2 测序数据的质量评估 | 第26-27页 |
| 2.3.3 转录组组装结果 | 第27-28页 |
| 2.3.4 基因注释 | 第28-33页 |
| 2.3.5 CDS预测结果 | 第33-34页 |
| 2.3.6 SSR分析结果 | 第34-35页 |
| 2.3.7 SNP检测结果 | 第35-36页 |
| 2.4 本章小结 | 第36页 |
| 2.5 本章讨论 | 第36-38页 |
| 2.5.1 刺五加总RNA的提取 | 第36页 |
| 2.5.2 转录组测序及分析 | 第36-38页 |
| 第3章 差异性表达基因筛选 | 第38-58页 |
| 3.1 实验材料 | 第38页 |
| 3.1.1 实验样本 | 第38页 |
| 3.1.2 实验试剂、主要试剂配制与主要设备 | 第38页 |
| 3.2 实验方法 | 第38-40页 |
| 3.2.1 刺五加三萜皂苷含量测定 | 第38页 |
| 3.2.2 获取转录组数据 | 第38页 |
| 3.2.3 计算基因表达量 | 第38-39页 |
| 3.2.4 DEGs功能注释 | 第39页 |
| 3.2.5 DEGsKEGG途径富集性分析 | 第39页 |
| 3.2.6 三萜皂苷合成相关基因的差异性表达分析 | 第39-40页 |
| 3.3 差异性表达基因分析 | 第40-55页 |
| 3.3.1 DEGs筛选结果 | 第40页 |
| 3.3.2 DEGs功能注释 | 第40-55页 |
| 3.4 本章小结 | 第55-56页 |
| 3.5 本章讨论 | 第56-58页 |
| 第4章 FPSDNA序列和启动子克隆及分析 | 第58-74页 |
| 4.1 实验材料 | 第58-60页 |
| 4.1.1 实验样本 | 第58页 |
| 4.1.2 实验试剂 | 第58页 |
| 4.1.3 主要试剂配制 | 第58-60页 |
| 4.1.4 主要设备 | 第60页 |
| 4.2 实验方法 | 第60-67页 |
| 4.2.1 总DNA提取 | 第60-61页 |
| 4.2.2 FPSDNA克隆 | 第61-63页 |
| 4.2.3 FPS启动子克隆 | 第63-64页 |
| 4.2.4 序列的拼接与分析 | 第64页 |
| 4.2.5 FPS启动子功能验证 | 第64-67页 |
| 4.3 结果与分析 | 第67-71页 |
| 4.3.1 刺五加总DNA提取及完整性 | 第67页 |
| 4.3.2 FPSDNA序列 | 第67-69页 |
| 4.3.3 FPS启动子 | 第69页 |
| 4.3.4 生物信息学分析 | 第69-71页 |
| 4.3.5 启动子功能验证 | 第71页 |
| 4.4 本章小结 | 第71-72页 |
| 4.5 本章讨论 | 第72-74页 |
| 结论 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-86页 |
| 附录 图表注释 | 第86-90页 |
| 致谢 | 第90-91页 |
| 导师简介 | 第91-92页 |
| 作者简介 | 第92-93页 |
| 学位论文数据集 | 第93页 |
