基于RNA-seq技术对西瓜果皮色泽差异表达基因的分析
| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 一、文献综述 | 第10-15页 |
| 1.1 西瓜国内外研究现状与分析 | 第10-11页 |
| 1.2 转录组测序技术 | 第11-14页 |
| 1.2.1 转录组测序 | 第11-12页 |
| 1.2.2 转录组测序技术 | 第12-13页 |
| 1.2.3 转录组测序技术在西瓜中的应用 | 第13-14页 |
| 1.3 本研究的目的及意义 | 第14-15页 |
| 1.3.1 研究目的 | 第14页 |
| 1.3.2 研究意义 | 第14-15页 |
| 二、西瓜果皮色泽相关基因建库与测序 | 第15-20页 |
| 2.1 材料与方法 | 第15-17页 |
| 2.1.1 试验材料 | 第15页 |
| 2.1.2 试验方法 | 第15-17页 |
| 2.2 结果与分析 | 第17-19页 |
| 2.2.1 RNA检测 | 第17-18页 |
| 2.2.2 上机测序结果检测 | 第18-19页 |
| 2.3 讨论 | 第19-20页 |
| 三、RNA-seq发掘西瓜果皮色泽差异基因 | 第20-48页 |
| 3.1 测序质量控制 | 第20-21页 |
| 3.2 转录组数据与参考基因组序列比对 | 第21-23页 |
| 3.2.1 比对效率统计 | 第21-22页 |
| 3.2.2 比对结果图 | 第22-23页 |
| 3.3 转录组文库质量评估 | 第23-26页 |
| 3.3.1 mRNA片段化随机性检验 | 第24页 |
| 3.3.2 插入片段长度检验 | 第24-25页 |
| 3.3.3 转录组测序数据饱和度检验 | 第25-26页 |
| 3.4 西瓜果皮色泽相关基因分析 | 第26-31页 |
| 3.4.1 西瓜果皮色泽相关基因 | 第26-27页 |
| 3.4.2 基因功能注释 | 第27-31页 |
| 3.5 西瓜果皮基因表达量分析 | 第31-32页 |
| 3.6 西瓜果皮基因差异表达分析 | 第32-35页 |
| 3.7 同一时期不同颜色差异表达基因分析 | 第35-38页 |
| 3.7.1 差异表达基因数目统计 | 第35-36页 |
| 3.7.2 差异表达基因COG分类 | 第36页 |
| 3.7.3 差异表达基因GO分类 | 第36-37页 |
| 3.7.4 差异表达基因KEGG注释 | 第37-38页 |
| 3.8 同种颜色不同时期差异表达基因分析 | 第38-44页 |
| 3.8.1 差异表达基因数目统计 | 第38-39页 |
| 3.8.2 差异表达基因COG分类 | 第39-40页 |
| 3.8.3 差异表达基因GO分类 | 第40-42页 |
| 3.8.4 差异表达基因KEGG注释 | 第42-44页 |
| 3.9 讨论 | 第44-48页 |
| 3.9.1 西瓜果皮新基因的发掘 | 第44-45页 |
| 3.9.2 同一时期不同颜色差异表达基因 | 第45-46页 |
| 3.9.3 同种颜色不同时期差异表达基因 | 第46-48页 |
| 四、西瓜果皮基因SNP分析 | 第48-56页 |
| 4.1 材料与方法 | 第48-50页 |
| 4.1.1 试验材料 | 第48页 |
| 4.1.2 试验方法 | 第48页 |
| 4.1.3 SNP筛选方法 | 第48-50页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第50-56页 |
| 4.2.1 SNP位点统计 | 第50页 |
| 4.2.2 基因的SNP密度分布 | 第50-51页 |
| 4.2.3 可变剪接事件预测 | 第51-54页 |
| 4.2.4 基因结构优化分析 | 第54-56页 |
| 五、结论与展望 | 第56-59页 |
| 5.1 结论 | 第56-57页 |
| 5.1.1 获得良好的转录组测序数据 | 第56页 |
| 5.1.2 获得西瓜果皮色泽相关基因 | 第56页 |
| 5.1.3 同一时期不同颜色差异表达基因分析 | 第56-57页 |
| 5.1.4 同种颜色不同时期差异表达基因分析 | 第57页 |
| 5.1.5 西瓜果皮基因SNP分析 | 第57页 |
| 5.2 展望 | 第57-59页 |
| 参考文献 | 第59-66页 |
| 致谢 | 第66-67页 |
| 附录 | 第67页 |
