| ACKNOWLEDGEMENT | 第5-15页 |
| List of Abbreviations | 第15-17页 |
| Abstract | 第17-19页 |
| Chapter 1:Review of literature | 第20-70页 |
| 1.1 Cryptosporidium | 第20-32页 |
| 1.1.1 Introduction | 第20页 |
| 1.1.2 History | 第20-21页 |
| 1.1.3 Taxonomy | 第21页 |
| 1.1.4 Species status in the genus Cryptosporidium | 第21-23页 |
| 1.1.5 Morphology and life cycle | 第23-24页 |
| 1.1.6 Mode of transmission | 第24-25页 |
| 1.1.7 Clinical presentations of cryptosporidiosis | 第25-26页 |
| 1.1.8 Diagnostic approaches | 第26-27页 |
| 1.1.9 Current molecular epidemiologic tools and subtyping | 第27-30页 |
| 1.1.10 Cryptosporidium in humans | 第30-31页 |
| 1.1.11 gp60 subtype distribution in humans | 第31-32页 |
| 1.1.12 Cryptosporidium in nonhuman primates(NHPs) | 第32页 |
| 1.2 Giardia | 第32-48页 |
| 1.2.1 Introduction | 第32-33页 |
| 1.2.2 History | 第33页 |
| 1.2.3 Morphology | 第33-34页 |
| 1.2.4 Taxonomy and nomenclature | 第34-37页 |
| 1.2.5 Life cycle | 第37页 |
| 1.2.6 Transmission | 第37-38页 |
| 1.2.7 Giardiasis | 第38页 |
| 1.2.8 Giardiasis and human health | 第38-39页 |
| 1.2.9 Giardiasis and veterinary health | 第39-40页 |
| 1.2.10 Giardiasis in nonhuman primates | 第40页 |
| 1.2.11 Moleular typing tools for Giardia | 第40-43页 |
| 1.2.12 Molecular epidemiology of giardiasis in humans | 第43页 |
| 1.2.13 Zoonotic potential of Giardia | 第43-44页 |
| 1.2.14 Molecular epidemiology and zoonotic potential of Giardia in NHPs | 第44-48页 |
| 1.3 Microsporidian-Enterocytozoon bieneusi | 第48-70页 |
| 1.3.1 Introduction | 第48页 |
| 1.3.2 Taxonomy and nomenclature | 第48-49页 |
| 1.3.3 Morphology and pathobiology | 第49-50页 |
| 1.3.4 Life cycle | 第50-51页 |
| 1.3.5 Transmission | 第51页 |
| 1.3.6 Clinical features | 第51-52页 |
| 1.3.7 Diagnostic approaches | 第52页 |
| 1.3.8 Prevailing molecular epidemiologic tools and genotyping | 第52-53页 |
| 1.3.9 Multilocus sequence typing(MLST) | 第53-55页 |
| 1.3.10 E.bieneusi ITS genotypes and their distribution | 第55-66页 |
| 1.3.11 E.bieneusi infection status in humans | 第66-67页 |
| 1.3.12 Risk factors for human infection with E.bieneusi | 第67页 |
| 1.3.13 Human microsporidiosis by E.bieneusi genotypes | 第67-68页 |
| 1.3.14 E. bieneusi in nonhuman primates | 第68-70页 |
| Chapter 2:Multilocus typing of Cryptosporidium spp.and Giardia duodenalis from nonhuman primates in China | 第70-92页 |
| 2.1 Introduction | 第70-71页 |
| 2.2 Materials and methods | 第71-77页 |
| 2.2.1 Ethics statement | 第71页 |
| 2.2.2 Specimen collection | 第71-72页 |
| 2.2.3 Microscopy | 第72页 |
| 2.2.4 DNA extraction | 第72-73页 |
| 2.2.5 PCR analysis | 第73-77页 |
| 2.2.6 DNA sequencing | 第77页 |
| 2.2.7 Nucleotide sequence accession numbers | 第77页 |
| 2.3 Results | 第77-88页 |
| 2.3.1 Prevalence of Cryptosporidium | 第77-78页 |
| 2.3.2 Cryptosporidium sequence polymorphisms and subtypes | 第78-81页 |
| 2.3.3 Prevalence of Giardia duodenalis | 第81-82页 |
| 2.3.4 Giardia duodenalis assemblage and subtypes | 第82-88页 |
| 2.3.5 Cryptosporidium and Giardia co-infection | 第88页 |
| 2.4 Disussion | 第88-92页 |
| Chapter 3:Multilocus analysis of Giardia duodenalis from nonhuman primates kept in zoos in China:geographical segregation and host-adaptation of assemblage B isolates | 第92-106页 |
| 3.1 Introduction | 第92-93页 |
| 3.2 Materials and methods | 第93页 |
| 3.2.1 Ethics statement | 第93页 |
| 3.2.2 Source of specimens | 第93页 |
| 3.2.3 DNA extraction | 第93页 |
| 3.2.4 PCR analysis | 第93页 |
| 3.2.5 DNA sequencing and sequence analysis | 第93页 |
| 3.2.6 Phylogenetic analysis | 第93页 |
| 3.2.7 Nucleotide sequence accession numbers | 第93页 |
| 3.3 Results | 第93-99页 |
| 3.3.1 Occurrence of G. duodenalis and identification of assemblages | 第93-95页 |
| 3.3.2 Assemblage A subtypes | 第95-96页 |
| 3.3.3 Assemblage B subtypes | 第96-97页 |
| 3.3.4 Multilocus genotyping of assemblage B | 第97页 |
| 3.3.5 Phylogenetic analysis | 第97-99页 |
| 3.4 Discussion | 第99-106页 |
| Chapter 4:Genetic polymorphism and zoonotic potential of Enterocytozoon bieneusi from nonhuman primates in China | 第106-116页 |
| 4.1 Introduction | 第106-107页 |
| 4.2 Materials and methods | 第107-108页 |
| 4.2.1 Ethics statement | 第107页 |
| 4.2.2 Sampling | 第107页 |
| 4.2.3 DNA extraction | 第107页 |
| 4.2.4 Molecular detection | 第107页 |
| 4.2.5 Nucleotide sequencing and phylogenetic analysis | 第107页 |
| 4.2.6 Statistical analysis | 第107-108页 |
| 4.2.7 Nucleotide sequence accession numbers | 第108页 |
| 4.3 Results | 第108-114页 |
| 4.3.1 Prevalence | 第108-112页 |
| 4.3.2 Genotypes and their distribution | 第112页 |
| 4.3.3 Phylogeny | 第112-114页 |
| 4.4 Discussion | 第114-116页 |
| Chapter 5:Predomination and new genotypes of Enterocytozoon bieneusi in captive nonhuman primates in zoos in China :high genetic diversity and zoonotic significance | 第116-128页 |
| 5.1 Introduction | 第116-117页 |
| 5.2 Materials and methods | 第117-118页 |
| 5.2.1 Ethics statement | 第117页 |
| 5.2.2 Source of specimens | 第117页 |
| 5.2.3 DNA extraction | 第117页 |
| 5.2.4 PCR detection and nucleotide sequencing | 第117页 |
| 5.2.5 Sequence and genetic proximity analysis | 第117页 |
| 5.2.6 Nucleotide sequence accession numbers | 第117-118页 |
| 5.3 Results | 第118-124页 |
| 5.3.1 Occurrence of E.bieneusi | 第118页 |
| 5.3.2 E.bieneusi ITS genotypes | 第118-122页 |
| 5.3.3 Phylogenetic analysis and genetic proximity | 第122-124页 |
| 5.4 Discussion | 第124-128页 |
| Chapter 6:Multilocus sequence typing of Enterocytozoon bieneusi in nonhuman primates in China | 第128-144页 |
| 6.1 Introduction | 第128页 |
| 6.2 Materials and methods | 第128-130页 |
| 6.2.1 Ethics statement | 第128页 |
| 6.2.2 Specimens | 第128-129页 |
| 6.2.3 MLST PCR | 第129页 |
| 6.2.4 MLST analysis | 第129-130页 |
| 6.2.5 Phylogenetic analysis | 第130页 |
| 6.2.6 Sub-structure analysis | 第130页 |
| 6.2.7 Nucleotide sequence accession numbers | 第130页 |
| 6.3 Results | 第130-141页 |
| 6.3.1 Sequence polymorphism and multilocus genotypes(MLGs) | 第130-135页 |
| 6.3.2 Multilocus sequence analysis(LD,recombination and neutrality) | 第135-138页 |
| 6.3.3 Phylogenetic analysis | 第138-139页 |
| 6.3.4 Population sub-structure | 第139-141页 |
| 6.4 Discussion | 第141-144页 |
| Conclusion | 第144-146页 |
| References | 第146-182页 |
| 中文摘要 | 第182-186页 |
| Author's profile | 第186-190页 |
