| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-25页 |
| 1. 燕麦分类与起源 | 第16-18页 |
| 1.1 燕麦属物种系统分类历史和现状 | 第16-18页 |
| 1.2 燕麦属物种起源 | 第18页 |
| 2. 燕麦属系统进化研究概况及存在的问题 | 第18-21页 |
| 2.1 燕麦属系统进化研究概况 | 第18-20页 |
| 2.2 燕麦系统进化研究存在的问题 | 第20-21页 |
| 2.2.1 多倍体形成路径不明 | 第20页 |
| 2.2.2 多倍体物种供体不清 | 第20-21页 |
| 3. 燕麦皮裸性状及其研究进展 | 第21-23页 |
| 3.1 皮燕麦和裸燕麦 | 第21-22页 |
| 3.2 皮裸性状遗传机制研究进展 | 第22-23页 |
| 4. 本研究的意义、方法和目的 | 第23-25页 |
| 第二章 燕麦属物种基因组大小变异 | 第25-42页 |
| 1. 前言 | 第25-27页 |
| 2. 材料和方法 | 第27-31页 |
| 2.1 供试材料 | 第27页 |
| 2.2 实验方法 | 第27-31页 |
| 2.2.1 细胞核悬液制备 | 第27-30页 |
| 2.2.2 DNA特异性染色 | 第30页 |
| 2.2.3 基因组大小测定与计算 | 第30页 |
| 2.2.4 统计分析 | 第30-31页 |
| 2.2.5 燕麦多倍体基因组大小预测值和实际值比较 | 第31页 |
| 3. 结果分析 | 第31-37页 |
| 4. 讨论 | 第37-42页 |
| 4.1 流式细胞仪在燕麦基因组大小测定上的适用性和准确性 | 第37-38页 |
| 4.2 燕麦物种内基因组大小变异 | 第38-39页 |
| 4.3 燕麦物种间基因组大小变异 | 第39-40页 |
| 4.4 基因组大小作为物种鉴定依据的适用性 | 第40页 |
| 4.5 燕麦多倍化进程中基因组大小的进化趋势 | 第40-42页 |
| 第三章 基于SNP芯片的燕麦属物种种间亲缘关系研究 | 第42-55页 |
| 1. 前言 | 第42-43页 |
| 2. 材料和方法 | 第43-48页 |
| 2.1 供试材料 | 第43页 |
| 2.2 SNP芯片杂交及数据处理 | 第43-47页 |
| 2.3 PCA分析及系统发育树构建 | 第47-48页 |
| 3. 结果分析 | 第48-51页 |
| 3.1 基于杂交信号强度数据的样品间的遗传距离 | 第48页 |
| 3.2 基于X+Y的PCA分析及NJ系统发育树构建 | 第48-51页 |
| 4. 讨论 | 第51-55页 |
| 4.1 SNP芯片在燕麦种间亲缘关系研究中的适用性 | 第51-52页 |
| 4.2 SNP芯片揭示的燕麦各物种之间的亲缘关系 | 第52-55页 |
| 第四章 GBS揭示燕麦属物种种间亲缘关系及六倍体D基因组来源 | 第55-85页 |
| 1. 前言 | 第55-56页 |
| 2. 材料与方法 | 第56-64页 |
| 2.1 植物材料 | 第56-59页 |
| 2.2 DNA提取,GBS文库构建及上机测序 | 第59-61页 |
| 2.3 Tag数目文件生成及Tag水平的单倍型分析(六倍体模型) | 第61-62页 |
| 2.4 待测样品异常值鉴定 | 第62页 |
| 2.5 物种和祖先种群(ancestral group)水平的tag合并和标准化 | 第62-63页 |
| 2.6 De novo单倍型分析 | 第63页 |
| 2.7 In silico多倍体分析 | 第63页 |
| 2.8 基于物种和祖先种群的染色体电子涂染(chromosome E-painting) | 第63-64页 |
| 3. 结果分析 | 第64-77页 |
| 3.1 原始数据和GBS tag | 第64-65页 |
| 3.2 样品异常值鉴定 | 第65页 |
| 3.3 燕麦物种关系基因组关系 | 第65-67页 |
| 3.4 In silico多倍体分析 | 第67-71页 |
| 3.5 基于共享六倍体单倍型密度的染色体电子涂染 | 第71-76页 |
| 3.6 基于共享单倍型多态性指数的染色体电子涂染 | 第76-77页 |
| 4. 讨论 | 第77-85页 |
| 4.1 两种GBS分析方法的论证和比较 | 第78-79页 |
| 4.2 六倍体物种的D基因组来源 | 第79-81页 |
| 4.3 六倍体一致性图谱连锁群的染色体来源 | 第81-82页 |
| 4.4 六倍体燕麦中D基因组的二倍体供体 | 第82-83页 |
| 4.5 C基因组二倍体物种间亲缘关系 | 第83页 |
| 4.6 AB基因组四倍体物种及A、B基因组之间的关系 | 第83-84页 |
| 4.7 GBS分析的适用性 | 第84-85页 |
| 第五章 基于GBS的燕麦皮裸性状全基因组关联分析 | 第85-101页 |
| 1. 前言 | 第85-86页 |
| 2. 材料与方法 | 第86-88页 |
| 2.1 供试材料 | 第86页 |
| 2.2 实验方法 | 第86-88页 |
| 2.2.1 DNA提取、GBS文库构建及测序 | 第86页 |
| 2.2.2 Tag水平的单倍型分析 | 第86-87页 |
| 2.2.3 遗传多样性分析 | 第87页 |
| 2.2.4 群体结构分析 | 第87-88页 |
| 2.2.5 Fst检验 | 第88页 |
| 2.2.6 皮裸性状全基因组关联分析 | 第88页 |
| 3. 结果分析 | 第88-97页 |
| 3.1 单倍型标记基本统计 | 第88-89页 |
| 3.2 遗传多样性 | 第89页 |
| 3.3 种质群体结构及类群划分 | 第89-95页 |
| 3.4 皮裸性状关联分析 | 第95-97页 |
| 4. 讨论 | 第97-101页 |
| 4.1 现代育种对燕麦遗传多样性和群体结构的影响 | 第97-99页 |
| 4.2 皮裸性状全基因组关联分析 | 第99-101页 |
| 结语 | 第101-103页 |
| 参考文献 | 第103-119页 |
| 致谢 | 第119-121页 |
| 附录 | 第121-137页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第137页 |
