基于Hadoop的分子动力学模拟的研究与实现
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 目录 | 第6-8页 |
| 第一章 绪论 | 第8-12页 |
| 1.1 课题研究背景及意义 | 第8-10页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第10-11页 |
| 1.3 论文的框架 | 第11-12页 |
| 第二章 分子动力学模拟 | 第12-18页 |
| 2.1 分子动力学模拟概述 | 第12-13页 |
| 2.2 势能函数 | 第13-14页 |
| 2.3 数值积分算法 | 第14-15页 |
| 2.4 截断半径法和周期性边界条件 | 第15-17页 |
| 2.5 本章小结 | 第17-18页 |
| 第三章 Hadoop 平台架构 | 第18-24页 |
| 3.1 Hadoop 概述 | 第18-19页 |
| 3.2 分布式文件系统 HDFS | 第19-20页 |
| 3.3 MapReduce 编程框架 | 第20-23页 |
| 3.4 本章小结 | 第23-24页 |
| 第四章 基于 Hadoop 的分子动力学模拟 | 第24-34页 |
| 4.1 分子动力学模拟的串行算法 | 第24-25页 |
| 4.2 分子动力学模拟方法的并行算法 | 第25-26页 |
| 4.3 基于 Hadoop 的分子间作用力实现 | 第26-30页 |
| 4.3.1 分子间作用力并行计算的分析 | 第26-27页 |
| 4.3.2 分子间作用力的算法流程 | 第27-30页 |
| 4.4 基于 HADOOP的热力学量提取 | 第30-32页 |
| 4.4.1 热力学量基本概念 | 第30页 |
| 4.4.2 热力学量的并行实现 | 第30-32页 |
| 4.5 基于 HADOOP的径向分布函数计算 | 第32-33页 |
| 4.5.1 径向分布函数计算 | 第32页 |
| 4.5.2 径向分布函数的并行算法 | 第32-33页 |
| 4.6 本章小结 | 第33-34页 |
| 第五章 系统部署与测试 | 第34-41页 |
| 5.1 方案部署 | 第34-36页 |
| 5.2 实验结果与分析 | 第36-39页 |
| 5.2.1 分子间作用力实验结果及分析 | 第36-37页 |
| 5.2.2 热力学量提取的实验结果及分析 | 第37-39页 |
| 5.2.3 径向分布函数的实验结果及分析 | 第39页 |
| 5.3 本章小结 | 第39-41页 |
| 第六章 结论 | 第41-43页 |
| 6.1 本文工作总结 | 第41页 |
| 6.2 下一步的工作展望 | 第41-43页 |
| 参考文献 | 第43-46页 |
| 致谢 | 第46-47页 |
| 附录 A 攻读学位期间发表的论文 | 第47-48页 |
| 详细摘要 | 第48-52页 |
