| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 缩略词表 | 第9-10页 |
| 第一章 前言 | 第10-28页 |
| 1.1 植物免疫系统的完整性 | 第10-15页 |
| 1.1.1 植物免疫受体蛋白高度的特异性和多样性 | 第11-13页 |
| 1.1.2 植物体防止自身免疫的策略 | 第13-14页 |
| 1.1.3 植物的系统获得抗性和代际记忆 | 第14-15页 |
| 1.2 植物抗病基因的进化 | 第15-20页 |
| 1.2.1 植物抗病基因的起源 | 第15-17页 |
| 1.2.2 Zig-Zag模型 | 第17页 |
| 1.2.3 植物抗病基因的保守与变异 | 第17-19页 |
| 1.2.4 进化生物学指导下克隆和利用抗病基因 | 第19-20页 |
| 1.3 由小分子RNA参与的植物免疫 | 第20-25页 |
| 1.3.1 植物小分子RNA的种类 | 第20-21页 |
| 1.3.2 植物vsiRNA参与的抗病毒过程 | 第21-22页 |
| 1.3.3 植物microRNA和phasiRNA参与的植物免疫 | 第22-25页 |
| 1.4 植物小分子RNA的进化 | 第25-28页 |
| 1.4.1 植物miRNA及其调控抗病基因的起源 | 第25-26页 |
| 1.4.2 植物miRNA的产生模型及进化特征 | 第26-28页 |
| 第二章 抗病基因的基因组共线性 | 第28-36页 |
| 2.1 目的与意义 | 第28页 |
| 2.2 材料与方法 | 第28-30页 |
| 2.2.1 抗病基因的鉴定 | 第28-29页 |
| 2.2.2 抗病基因位点有无多态性和共线性分析 | 第29-30页 |
| 2.2.3 抗病基因整合图谱的建立 | 第30页 |
| 2.2.4 抗病基因表达量和小RNA分析 | 第30页 |
| 2.3 结果与分析 | 第30-33页 |
| 2.3.1 禾本科抗病基因位点的整合 | 第30-31页 |
| 2.3.2 抗病基因的频繁易位 | 第31-32页 |
| 2.3.3 抗病基因位点附近较差的共线性 | 第32-33页 |
| 2.3.4 抗病基因的表达量和产生的小RNA | 第33页 |
| 2.4 讨论 | 第33-36页 |
| 第三章 植物基因组抗病基因及miRNA的共进化研究 | 第36-56页 |
| 3.1 目的与意义 | 第36页 |
| 3.2 材料与方法 | 第36-38页 |
| 3.2.1 抗病基因直系同源/旁系同源基因家族的鉴定 | 第36-37页 |
| 3.2.2 抗病基因的拷贝数变异、基因组分布和谱系 | 第37页 |
| 3.2.3 靶标抗病基因miRNA的鉴定 | 第37页 |
| 3.2.4 靶标抗病基因miRNA及靶位点的进化分析 | 第37-38页 |
| 3.3 结果与分析 | 第38-52页 |
| 3.3.1 禾本科和十字花科抗病基因的异质性较高 | 第38-41页 |
| 3.3.2 miRNA靶标高度复制的抗病基因 | 第41-44页 |
| 3.3.3 起源于抗病基因的mi RNA的趋同进化 | 第44-47页 |
| 3.3.4 P-loop蛋白水平的多样性决定mi RNA的进化 | 第47-52页 |
| 3.4 讨论 | 第52-56页 |
| 第四章 植物小RNA位点GC含量特征分析 | 第56-66页 |
| 4.1 目的与意义 | 第56页 |
| 4.2 材料与方法 | 第56-58页 |
| 4.2.1 小RNA序列的拼贴和注释 | 第56-57页 |
| 4.2.2 GC波动的计算和统计 | 第57-58页 |
| 4.3 结果与分析 | 第58-64页 |
| 4.3.1 小RNA位点边界剧烈的小RNA变化 | 第58-61页 |
| 4.3.2 微小转座元件产生的小RNA与GC含量相关 | 第61-63页 |
| 4.3.3 phasiRNA位点的GC波动较低 | 第63-64页 |
| 4.4 讨论 | 第64-66页 |
| 参考文献 | 第66-79页 |
| 附录 | 第79-89页 |
| 作者简介及博士期间成果 | 第89-90页 |
| 致谢 | 第90-91页 |
