基于高通量测序平台的未知病原微生物检测系统
| 缩略词表 | 第6-8页 |
| 中文摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-14页 |
| 第一章 前言 | 第15-24页 |
| 1.1 论文研究背景 | 第15-22页 |
| 1.1.1 研究意义 | 第15-18页 |
| 1.1.2 国内外研究现状 | 第18-22页 |
| 1.1.3 课题的独创性 | 第22页 |
| 1.2 技术路线 | 第22页 |
| 1.3 论文组织结构 | 第22-24页 |
| 第二章 高通量测序平台和高性能计算平台 | 第24-34页 |
| 2.1 研究背景 | 第24页 |
| 2.2 高通量测序平台 | 第24-28页 |
| 2.2.1 测序仪器 | 第24-27页 |
| 2.2.2 实验操作流程 | 第27页 |
| 2.2.3 已完成的测序任务 | 第27-28页 |
| 2.3 高性能计算平台 | 第28-33页 |
| 2.3.1 计算平台搭建 | 第28-29页 |
| 2.3.2 数据库和软件平台 | 第29-30页 |
| 2.3.3 性能测试 | 第30-33页 |
| 2.4 总结 | 第33-34页 |
| 第三章 未知病原体检测的实验预处理方法 | 第34-50页 |
| 3.1 研究背景 | 第34页 |
| 3.2 实验方法 | 第34-36页 |
| 3.2.1 核酸提取和构建混合样品 | 第34-35页 |
| 3.2.2 去除rRNA和mRNA | 第35页 |
| 3.2.3 反转录 | 第35页 |
| 3.2.4 全转录组扩增 | 第35页 |
| 3.2.5 建库测序 | 第35页 |
| 3.2.6 生物信息学分析 | 第35-36页 |
| 3.3 实验结果 | 第36-49页 |
| 3.3.1 测序概况 | 第36-37页 |
| 3.3.2 样品中流感核酸比例 | 第37-38页 |
| 3.3.3 样品中核酸组成 | 第38-40页 |
| 3.3.4 流感血清型分型 | 第40页 |
| 3.3.5 De novo拼接与序列鉴定 | 第40-45页 |
| 3.3.6 基因组覆盖均匀度 | 第45-46页 |
| 3.3.7 核酸motif分析 | 第46页 |
| 3.3.8 基因组复原效率 | 第46-49页 |
| 3.4 结论 | 第49-50页 |
| 第四章 未知病原体检测的生物信息学分析流程 | 第50-66页 |
| 4.1 研究背景 | 第50页 |
| 4.2 实验方法 | 第50-52页 |
| 4.2.1 工作流模块 | 第50-51页 |
| 4.2.2 NGS测序数据集 | 第51-52页 |
| 4.2.3 待评估的软件 | 第52页 |
| 4.2.4 参考基因组库 | 第52页 |
| 4.2.5 计算资源 | 第52页 |
| 4.3 实验结果 | 第52-64页 |
| 4.3.1 计算工作流程概况 | 第52-53页 |
| 4.3.2 测序数据概况 | 第53页 |
| 4.3.3 常规案例分析 | 第53-58页 |
| 4.3.4 突变率对病原体检测的影响 | 第58-59页 |
| 4.3.5 测序深度对病原体检测的影响 | 第59-61页 |
| 4.3.6 测序读长对病原体检测的影响 | 第61-62页 |
| 4.3.7 数据量不充分时检测病原体 | 第62-64页 |
| 4.3.8 其他情况 | 第64页 |
| 4.4 结论 | 第64-66页 |
| 第五章 头颈癌样本中检测可疑病原体 | 第66-72页 |
| 5.1 研究背景 | 第66页 |
| 5.2 实验方法 | 第66-67页 |
| 5.2.1 样本收集 | 第67页 |
| 5.2.2 样本处理与建库测序 | 第67页 |
| 5.2.3 生物信息学分析 | 第67页 |
| 5.3 实验结果 | 第67-71页 |
| 5.3.1 样本测序 | 第67-68页 |
| 5.3.2 组织样本中微生物检测 | 第68-71页 |
| 5.4 结论 | 第71-72页 |
| 第六章 全文总结和展望 | 第72-74页 |
| 6.1 全文总结 | 第72页 |
| 6.2 研究展望 | 第72-74页 |
| 参考文献 | 第74-81页 |
| 个人简历 | 第81-82页 |
| 致谢 | 第82页 |
