| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 目录 | 第9-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-41页 |
| 1.1 抗生素简介 | 第13-17页 |
| 1.1.1 抗生素及其作用机制 | 第14-16页 |
| 1.1.2 抗生素研究 | 第16-17页 |
| 1.2 tetronate类天然产物研究进展 | 第17-31页 |
| 1.2.1 聚酮类化合物及聚酮合酶 | 第17-19页 |
| 1.2.2 tetronate类天然产物背景介绍 | 第19-21页 |
| 1.2.3 tetronate类化合物碳骨架在生物合成途径中的来源 | 第21-23页 |
| 1.2.4 tetronate类天然产物生物合成基因簇的克隆及生物合成途径 | 第23-26页 |
| 1.2.5 tetronate类天然产物中甘油来源的三碳单位的生物合成 | 第26-29页 |
| 1.2.6 tetronate类天然产物中tetronate环生物合成机制推测模型 | 第29-31页 |
| 1.3 RK-682的生物合成途径研究 | 第31-39页 |
| 1.3.1 RK-682及其产生菌简介 | 第31-32页 |
| 1.3.2 RK-682的体外生物合成 | 第32-33页 |
| 1.3.3 与RkD催化形成tetronate环类似反应的研究进展 | 第33-37页 |
| 1.3.4 tetronate类化合物生物合成中FabH-like蛋白分析 | 第37-39页 |
| 1.4 本研究的目的与意义 | 第39-41页 |
| 第二章 课题设计 | 第41-48页 |
| 2.1 引言 | 第41-43页 |
| 2.2 课题设计思路 | 第43-48页 |
| 2.2.1 体外催化反应的底物及小分子模拟底物的设计 | 第44-46页 |
| 2.2.2 体外RkD催化反应的设计 | 第46-48页 |
| 第三章 材料与方法 | 第48-60页 |
| 3.1 实验仪器 | 第48-49页 |
| 3.1.1 化学实验中用到的主要仪器设备 | 第48页 |
| 3.1.2 生物实验中用到的主要仪器设备 | 第48-49页 |
| 3.2 化学试剂、培养基及缓冲液 | 第49-52页 |
| 3.2.1 化学试剂 | 第49页 |
| 3.2.2 培养基 | 第49-50页 |
| 3.2.3 缓冲液配制 | 第50-52页 |
| 3.3 菌种及质粒 | 第52页 |
| 3.4 PCR引物 | 第52-53页 |
| 3.5 生物实验方法 | 第53-60页 |
| 3.5.1 大肠杆菌的培养及菌种保存 | 第53页 |
| 3.5.2 大肠杆菌感受态细胞的制备 | 第53-54页 |
| 3.5.3 质粒DNA在大肠杆菌感受态细胞中的转化 | 第54页 |
| 3.5.4 大肠杆菌中重组质粒DNA的提取 | 第54-55页 |
| 3.5.5 重组质粒DNA的酶切验证 | 第55页 |
| 3.5.6 蛋白表达及纯化的操作步骤 | 第55-57页 |
| 3.5.7 定点突变 | 第57页 |
| 3.5.8 高效液相质谱的检测 | 第57-60页 |
| 第四章 小分子底物的化学合成 | 第60-74页 |
| 4.1 前言 | 第60页 |
| 4.2 小分子底物的化学合成与结构鉴定 | 第60-73页 |
| 4.2.1 化合物1和6的合成 | 第61-64页 |
| 4.2.2 化合物2的合成 | 第64-66页 |
| 4.2.3 化合物3的合成 | 第66-67页 |
| 4.2.4 化合物4的合成 | 第67-68页 |
| 4.2.5 化合物5的合成 | 第68-69页 |
| 4.2.6 化合物7的合成 | 第69-71页 |
| 4.2.7 化合物8的合成 | 第71-73页 |
| 4.2.8 化合物9的合成 | 第73页 |
| 4.3 本章小结 | 第73-74页 |
| 第五章 蛋白底物的体外合成 | 第74-91页 |
| 5.1 前言 | 第74页 |
| 5.2 蛋白RkD以及apo-ACP的表达和纯化 | 第74-81页 |
| 5.2.1 质粒的验证及结果分析 | 第75-76页 |
| 5.2.2 蛋白的表达和纯化结果及分析 | 第76-81页 |
| 5.3 蛋白底物的转化生成 | 第81-91页 |
| 5.3.1 蛋白底物P-1的体外合成 | 第81-83页 |
| 5.3.2 蛋白底物P-2的体外合成 | 第83-85页 |
| 5.3.3 蛋白底物P-5的体外合成 | 第85-87页 |
| 5.3.4 蛋白底物P-6的体外合成 | 第87-89页 |
| 5.3.5 蛋白底物P-7体外合成 | 第89-91页 |
| 第六章 RkD蛋白催化的酶反应 | 第91-131页 |
| 6.1 前言 | 第91-92页 |
| 6.2 RkD催化产生RK-682反应体系的构建 | 第92-93页 |
| 6.3 使用蛋白修饰底物对RkD催化成环反应机制的探索 | 第93-98页 |
| 6.3.1 RkD催化蛋白底物P-2和修饰底物P-5的反应 | 第94-96页 |
| 6.3.2 RkD催化蛋白底物P-2和修饰底物P-6的反应 | 第96页 |
| 6.3.3 RkD催化蛋白底物P-1和修饰底物P-7的反应 | 第96-98页 |
| 6.4 使用小分子模拟底物对RkD催化成环反应机制的探索 | 第98-119页 |
| 6.4.1 小分子模拟底物在RkD催化下产生RK-682的反应 | 第99-113页 |
| 6.4.2 小分子修饰底物在RkD催化下成环机制的探索 | 第113-119页 |
| 6.5 RkD蛋白的分子模拟及点突变结果 | 第119-131页 |
| 6.5.1 RkD及其类似蛋白氨基酸序列分析 | 第119-122页 |
| 6.5.2 基于FabH蛋白结构的RkD蛋白的分子模拟 | 第122-125页 |
| 6.5.3 RkD预测活性位点的定点突变及结果 | 第125-131页 |
| 第七章 RkD蛋白催化tetronate环成环机制模型 | 第131-135页 |
| 7.1 结果总结 | 第131-133页 |
| 7.2 RkD蛋白催化成环反应机制模型 | 第133-134页 |
| 7.3 总结和展望 | 第134-135页 |
| 参考文献 | 第135-148页 |
| 发表的文章 | 第148-149页 |
| 致谢 | 第149-151页 |
| 附录Ⅰ | 第151-166页 |
| 附录Ⅱ | 第166页 |
