| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| ACKNOLEDGMENTS | 第10-11页 |
| TABLE OF CONTENTS | 第11-13页 |
| LIST OF TABLE | 第13-14页 |
| LIST OF FIGURES | 第14-15页 |
| LIST OF APPENDIXES | 第15-16页 |
| Abbreviation | 第16-17页 |
| CHAPTER 1:INTRODUCTION | 第17-32页 |
| 1.1 Endosymbiosis | 第17-19页 |
| 1.2 Chloroplasts and other plastid types | 第19-20页 |
| 1.3 Gene transfer | 第20-21页 |
| 1.4 Why do plastids have genomes? | 第21页 |
| 1.5 Phylogenetic utility of chloroplast genomes | 第21-22页 |
| 1.6 RNA editing in chloroplast genomes | 第22-23页 |
| 1.7 Chloroplast molecular markers | 第23页 |
| 1.8 Plastids and biotechnology | 第23-24页 |
| 1.9 Future trends in chloroplast research | 第24-27页 |
| 1.9.1 Adopting experimental tools from other fields | 第24-25页 |
| 1.9.2 Post-Translational modifications | 第25页 |
| 1.9.3 Prospects of transcriptome analyses | 第25-26页 |
| 1.9.4 Towards the chloroplast interactome | 第26页 |
| 1.9.5 Systems biology | 第26-27页 |
| 1.9.6 Tailored chloroplasts | 第27页 |
| 1.10 Recent advances in cotton genomics | 第27-32页 |
| CHAPTER 2:Materials and Methods | 第32-44页 |
| 2.1 Plant material | 第32-33页 |
| 2.1.1 DNA source | 第32页 |
| 2.1.2 DNA extraction | 第32-33页 |
| 2.2 Primer design | 第33-34页 |
| 2.3 PCR Protocols | 第34-35页 |
| 2.3.1 Standard PCR | 第35页 |
| 2.3.2 Long PCR | 第35页 |
| 2.3.3 Touchdown PCR | 第35页 |
| 2.4 Cloning and sequencing of PCR products | 第35-36页 |
| 2.5 Data analyses | 第36-44页 |
| 2.5.1 Genome assembly | 第36-39页 |
| 2.5.2 Genome annotation | 第39-40页 |
| 2.5.3 Phlogenetic analysis | 第40-43页 |
| 2.5.4 Genome map drawing | 第43-44页 |
| CHAPTER 3:Results | 第44-64页 |
| 3.1 Chloroplast genome | 第44-47页 |
| 3.1.1 Whole DNA extraction and target detection | 第44页 |
| 3.1.2 White and blue clone | 第44-46页 |
| 3.1.3 Cotton chloroplast genome map | 第46-47页 |
| 3.2 Size,gene content,order and organization of the cotton chloroplast genome | 第47-54页 |
| 3.3 SSR Variation among Gossypium chloroplast genomes | 第54-56页 |
| 3.4 IR contraction and expansion | 第56-58页 |
| 3.5 Phylogenetic analysis | 第58-64页 |
| CHAPTER 4:Discussions | 第64-72页 |
| 4.1 Chloroplast DNA | 第64-66页 |
| 4.2 Size,gene content,order and organization of the cotton chloroplast genome | 第66-69页 |
| 4.3 Simple sequence repeats(SSRs) | 第69-70页 |
| 4.4 IR Contraction and expansion | 第70-71页 |
| 4.5 Phylogenetic relationships | 第71-72页 |
| CHAPTER 5:Conclusions | 第72-74页 |
| REFERENCES | 第74-87页 |
| APPENDIXES | 第87-95页 |
