| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| CHAPTER 1 INTRODUCTION | 第15-52页 |
| 1.1 COTTON | 第15-18页 |
| 1.1.1 ECONOMIC VALUE | 第15-17页 |
| 1.1.2 WORLD GDP GROWTH | 第17页 |
| 1.1.3 HABITAT | 第17-18页 |
| 1.2 COTTON EVOLUTIONARY HISTORY | 第18-21页 |
| 1.2.1 THE GENUS GOSSYPIUM | 第19页 |
| 1.2.2 TAXONOMY | 第19-20页 |
| 1.2.3 USE OF EVOLUTIONARY HISTORY OF COTTON | 第20-21页 |
| 1.3 COTTON GENETICS AND BREEDING | 第21-22页 |
| 1.4 PRESENT NEED OF MOLECULAR GENETICS IN COTTON RESEARCH | 第22页 |
| 1.5 GENOME MAPPING | 第22-50页 |
| 1.5.1 PREREQUISITES OF GENETIC MAPPING | 第24-48页 |
| 1.5.1.1 Construction of mapping populations | 第24-31页 |
| 1.5.1.1.1 Second Filial (F_2) populations | 第26页 |
| 1.5.1.1.2 Recombinant inbred lines (RILs) | 第26页 |
| 1.5.1.1.3 Backcross populations(BC) | 第26-27页 |
| 1.5.1.1.4 Near isogenic lines (NILs) | 第27-28页 |
| 1.5.1.1.5 Double haploids(DHs) | 第28-29页 |
| 1.5.1.1.6 Introgression Lines(ILs) | 第29页 |
| 1.5.1.1.7 Size of population | 第29-31页 |
| 1.5.1.2 Genetic markers and their applications in plant breeding | 第31-46页 |
| 1.5.1.2.1 Morphological(or physiological)markers | 第31-32页 |
| 1.5.1.2.2 Biochemical or protein base markers | 第32-33页 |
| 1.5.1.2.3 DNA-based Molecular markers | 第33-45页 |
| 1.5.1.2.3.1 Status of molecular markers techniques in cotton | 第35-36页 |
| 1.5.1.2.3.2 Restriction Fragment Length Polymorphism(RFLP) | 第36-37页 |
| 1.5.1.2.3.3 Random Amplified Polymorphic DNA(RAPD) | 第37-38页 |
| 1.5.1.2.3.4 Sequence Characterized Amplified Region(SCAR) | 第38-39页 |
| 1.5.1.2.3.5 Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) | 第39-40页 |
| 1.5.1.2.3.6 Simple-Sequence Repeat(SSRs) | 第40-42页 |
| 1.5.1.2.3.7 Inter Simple Sequence Repeats(ISSR) | 第42页 |
| 1.5.1.2.3.8 Single Nucleotide Polymorphism(SNP) | 第42-45页 |
| 1.5.1.2.4 Comparison of markers | 第45-46页 |
| 1.5.1.3 Linkage Analysis and Genetic map construction | 第46-48页 |
| 1.5.1.3.1 Parental screening and genotyping of the populations | 第46页 |
| 1.5.1.3.2 Construction of Linkage map and analyses | 第46-48页 |
| 1.5.1.3.2.1 Test of segregation distortion | 第47页 |
| 1.5.1.3.2.2 Determination of linkage groups | 第47-48页 |
| 1.5.1.3.2.3 Genetic distances,locus order and mapping functions | 第48页 |
| 1.5.2 GENETIC MAPS IN COTTON | 第48-50页 |
| 1.6 OBJECTIVES OF THE RESEARCH | 第50-52页 |
| CHAPTER 2 MATERIALS AND METHODS | 第52-64页 |
| 2.1 PLANT MATERIALS | 第52页 |
| 2.1.1 PARENTS | 第52页 |
| 2.1.2 POPULATION DEVELOPMENT | 第52页 |
| 2.2 GENOMIC DNA EXTRACTION | 第52-54页 |
| 2.2.1 REAGENTS AND STOCK SOLUTIONS NEEDED | 第52-53页 |
| 2.2.1.1 CTAB DNA extraction buffer | 第52-53页 |
| 2.2.1.2 IM Tris-HCl | 第53页 |
| 2.2.1.3 0.5 M EDTA(pH8.0) | 第53页 |
| 2.2.2 DNA extraction steps | 第53-54页 |
| 2.3 DNA QUANTIFICATION | 第54-56页 |
| 2.3.1 AGAROSE GEL ELECTROPHORESIS | 第54-55页 |
| 2.3.1.1 0.5X TBE buffer(Tris-Borate-EDTA) | 第54页 |
| 2.3.1.2 preparation of 0.8% Agarose Gel | 第54-55页 |
| 2.3.1.3 Run Agarose Gel | 第55页 |
| 2.3.1.4 Visualizing DNA bands | 第55页 |
| 2.3.2 UV SPECTROPHOTOMETER DNA CONCENTRATION | 第55-56页 |
| 2.4 PCR PRIMERS AND ASSAYS | 第56-61页 |
| 2.4.1 PCR MIXTURE | 第56页 |
| 2.4.2 PCR PROGRAM | 第56页 |
| 2.4.3 PAGE(POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS) | 第56-58页 |
| 2.4.3.1 Stock Solutions required | 第57页 |
| 2.4.3.2 Preparation for PAGE | 第57-58页 |
| 2.4.3.3 Loading of PCR products and running Gel | 第58页 |
| 2.4.3.4 Silver Staining | 第58页 |
| 2.4.4 SSR PRIMERS USED IN THE STUDY | 第58-59页 |
| 2.4.5 PARENTAL SCREENING | 第59-60页 |
| 2.4.6 SCREENING OF POPULATION WITH THE SELECTED SSR PRIMER PAIRS | 第60页 |
| 2.4.7 MARKER DATA ACQUISITION/GENOTYPING | 第60-61页 |
| 2.4.7.1 Gel scoring | 第60页 |
| 2.4.7.2 Polymorphic primer naming | 第60-61页 |
| 2.5 MAP CONSTRUCTION | 第61-62页 |
| 2.5.1 CODING | 第61页 |
| 2.5.2 RUNNING JOINMAP 4.0 | 第61-62页 |
| 2.5.2.1 Segregation distortion | 第62页 |
| 2.5.2.2 Genetic distances,locus order and mappingfunctions | 第62页 |
| 2.5.2.3 Chromosome assignments and nomenclature | 第62页 |
| 2.6 DEVELOPMENT OF SSR PRIMERS FROM SCAFFOLD | 第62-64页 |
| CHAPTER 3 RESULTS | 第64-91页 |
| 3.1 PARENTAL POLYMORPHISMS | 第64-65页 |
| 3.2 CRI 12-2×G.TOMENTOSUM F_1 CONFIRMATION | 第65-66页 |
| 3.3 F_2 POPULATION DNA EXTRACTION AND QUANTIFICATION | 第66页 |
| 3.4 POPULATION GENOTYPING | 第66-67页 |
| 3.5 GENETIC MAP | 第67页 |
| 3.6 GENETIC LINKAGE MAP FEATURES | 第67-68页 |
| 3.7 CHARACTERISTICS OF DISTORTED SEGREGATION MARKERS | 第68-69页 |
| 3.8 DUPLICATION,REARRANGEMENT AND TRANSLOCATION IN COTTONS | 第69-71页 |
| 3.9 DEVELOPMENT OF GSSR FROM G.RAIMINDII | 第71页 |
| 3.10 POLYMORPHISM OF ICRC SSRS AND THEIR USE IN GENETIC MAP | 第71-91页 |
| CHAPTER 4 DISCUSSION | 第91-98页 |
| 4.1 CHOICE OF MAPPING POPULATION | 第91-93页 |
| 4.1.1 CHOICE OF PARENTAL MATERIAL | 第91-92页 |
| 4.1.2 MAPPING POPULATIONS | 第92-93页 |
| 4.1.3 POPULATIONS SIZE | 第93页 |
| 4.2 CHOICE OF MOLECULAR MARKERS | 第93-94页 |
| 4.3 SEGREGATION DISTORTION | 第94-95页 |
| 4.4 HIGH DENSITY GENETIC MAP | 第95-98页 |
| CHAPTER 5 CONCLUSIONS AND FUTURE PROSPECTS | 第98-100页 |
| 5.1 RAIMONDII-DERIVED SSRS | 第98页 |
| 5.2 HIGH DENSITY GENETIC MAP | 第98-99页 |
| 5.3 FUTURE PROSPECTS | 第99-100页 |
| REFERENCES | 第100-121页 |
| APPENDIX | 第121-136页 |
| ACKNOWLEDGEMENT | 第136-138页 |
| CURRICULUM VITAE | 第138页 |
